Система запуска простая и не гибкая, ибо и не надо.

Входной бинарный файл всегда должен называться input [связь с именем файла в simul.cpp, createbin].
Входной файл с асемблерным кодом, чтобы удобнее было писать программы всегда должен называться code.asm [связь с именем файла в createbin]
При большом желании или необходимости имена файлов можно параметризовать, для этого надо отредактировать то, что указано в квадратных скобках выше

Весь вывод симулятора производится на файл stdout
Исполняемый файл принимает два опциональных аргумента без лидирующих дефисов: "log" и "debug". Первый аргумент включает трейс "конвейера" в stdout, второй аргумент приводит к печати полного дампа задействованной в процессе работы программы памяти и к печати информации о полях входного бинарного файла (все тоже в stdout)

###Сборка и запуск с готовым файлом input

{PROJ}$cd src  
{PROJ}/src$make && ./exec

###Сборка и запуск с готовым файлом input и всеми информационными сообщениями

{PROJ}$cd src  
{PROJ}/src$make && ./exec log debug

Для удобства использования (и проверки) можно использовать скрипты ./createbin и ./custombin
Внутри скрипта createbin в соответствующий секциях задаются информация для загрузчика, двухбайтовые поля-параметры. Чтобы изменить из значения, необходимо отредактировать сам скрипт, благо это не сложно
Поле code_sz модифицировать нельзя, как и саму секцию кода. Они автоматически генерируются скриптом translate.py из ассемблерного файла code.asm
Остальные секции и поля можно добавить как угодно.

Скрипт custombin позволяет менять все секции файла вручную. Таким образом можно проверить случаи неправильно собранных инструкций, несоответствия рзаданного и реального размера секции кода в файле

###Сборка и запуск с генерируемым файлом input
Соответственно, запуск можно проводить так

{PROJ}$cd src  
{PROJ}/src$make && ./createbin && ./exec

или так

{PROJ}$cd src  
{PROJ}/src$make && ./custombin && ./exec