GpuMatを受け取って自作CUDAカーネルを実行するサンプルです。

筆者は以下の環境にて動作確認を行いました。

• Windows 7 Professional 64bit
• GeForce GTX 980
• Visual Studio 2012 Update 5
• OpenCV 3.1(WITH_CUDA=ON)
• CUDA Toolkit v7.0

このサンプルでは、同梱のプロパティシート(opencv310_with_cuda.props)で

• OpenCVインクルードパス
• ライブラリパス
• リンクライブラリ

を指定しています。このプロパティシートで

<PropertyGroup Label="UserMacros">
  <OPENCV_INSTALL_DIR>C:\dev\opencv-3.1.0\build\install</OPENCV_INSTALL_DIR>
</PropertyGroup>

となっている箇所があるので、必要に応じてご自身の環境にあるOpenCVインストールディレクトリに書き換える必要があります。

同梱のプロジェクトファイル(launchMyKernel.vcxproj)ではCUDA 7.0向けのファイルをインポートしています。

<ImportGroup Label="ExtensionTargets">
  <Import Project="$(VCTargetsPath)\BuildCustomizations\CUDA 7.0.targets" />
</ImportGroup>

お手持ちのCUDA Toolkitのバージョンに合わせて書き換える必要があります。
※例えば、CUDA 7.5の場合はCUDA 7.5.targetsをインポートする必要があります。

また、同梱のプロジェクトファイル(launchMyKernel.vcxproj)ではコード生成を以下のように設定しています。

<CudaCompile>
  <CodeGeneration>compute_35,sm_35;compute_50,sm_50</CodeGeneration>
</CudaCompile>

もし、動作させるGPUが古い場合は適切なCompute Capabilityを指定する必要があります。
※Compute CapabilityはNVIDIAサイトで確認することができます。