E-Cell 3 のモデルファイルおよびユーティリティのコレクションです。

赤血球モデル

• kinoshita_2007: IABが開発した赤血球モデル Kinoshita A et al. FEBS J. 2007;274(6):1449-58. PMID: 17489100.PMID: 17489100.

心筋細胞モデル

• kyoto_model 京都大学が開発した心筋細胞モデル

肝臓モデル

• chalhoub_2007: Chalhoub E et al. Am J Physiol Endocrinol Metab. 2007;293(6):E1676-86. PMID: 17911349. 灌流肝臓の糖新生
• ohno_2008: Ohno H et al. Artif Life. 2008;14(1):3-28. PMID: 18171128. アンモニア代謝の metabolic zonation

モデルファイルは、以下のように ecell3-em2eml を実行して EML ファイルに変換します。EML ファイルを ecell3-session、 ecell3-session-monitor で load してシミュレーションを 実行します。

ecell3-em2eml foo.em

カスタムProcessが含まれる場合、それぞれのモデルのディレクトリ で make を実行すると、同じディレクトリに、Processの 共有オブジェクト（.so）ファイルが生成されます。

make