Vegetation model used in my phd last version with incoorpoating Quillow region

##19.03.2009 VM-sensi

• MCMC() -- l271f Schwankung der Parameter verringert (.25)
• main() -- l108 Kettenlänge: 1000 pro pk

##11.03.2009 VM-sensi

• MCMC() -- l271f Schwankung der Parameter verringert ##04.03.2009
• localPops *ohne Angabe von "init" werdne die ersten 200 Jahre nicht dokumentiert

##25.02.2009 VM-090225-loc_getGTa* bzw. *b.exe localPops

• Ausschalten der overflow-Abbrüche

##24.02.2009 VM-090224-loc_getGTa.exe LocalPops

• Rückname der am 30.1. und 16.1. vorgenommenen Änderungen mclasses.cpp
• setPopulations() each chosen cell (all pcInitPop - not depending on MusterCapacity) gets 10000Seeds initially mclasses
• patchDynamics_corr() und oneYear() additional bool argument disables disturbances VM-090224-loc_getGTa.exe *oneRun() -- version without disturbances

##10.02.2009 VM090209a-sensi *general: chain length changed to 200 per pk

##09.02.2009 sensiVM sensiVM.cpp

• MCMC() -- reads a list of pks given in input-file
• general: 5parallel runs and chain length of 50 per PK

##06.02.2009 sensiVM sensiVM.cpp

• MCMCDoc() -- adds mcmc-trial info to a file
• MCMC() -- change only one parameter a time; mcmc length ste to 10 for testing; startfile consists of a)two lines with boundary information and b) a list of pks chosen previosly from chains *MCMC() -- die neue version wird nie übernommen, auch wenn erfolgreich --> mcmcdoc

##30.01.2009 localpops

• Wie V081211a aber mit Beachtung des 'qll_buff_1km-sites-100.aig'- Filters / vorher -points- und Differenz zu mcmc-Version, jetzt kompatibel zu mcmcVersion

##16.01.2009 localPops

• V081211a wie V081211 aber ohne jährliches Monitoring (eigentlich eine allg Version) - damit lifecycle-tests schneller gehen

##15.12.2008 mcmc

• mcmc() -- ändere MH-Vergleich zu adj*(lrisk+1e-3)/(llrisk+1e-3) ##12.12.2008 mcmc
• mcmc() -- ändere MH-Vergleich zu adj*lrisk/llrisk (adj=0.75) ##11.12.2008 all mresults
• class Year, yearly_selcells(), class Run, runly() -- introduced new variable 'crashed', which documents population crashes due to density effects mcmc
• Run::risk() -- mean annual crashing rate
• mcmc() -- Metropolis hastings optimizes for minimum crashing rates

all mclasses

• setPopualtions() -- reset to Poisson(100) localPops
• oneRun() -- Extinction frühestens nach 10 Jahren, wegen Einlaufphase

##10.12.2008 all mclasses

• setPopulations() -- initSeeds sind jetzt Poisson(1000) statt 100, für localPops-Version

##18.11.2008 all species

• germestab() -- etablierung von vorhandenen Keimlingen auch, wenn keine Samen in der Samenbank sind (sollte aber kein wichtiger Bug sein)

##17.11.2008 mcmc_a

• arable fields disturb to .95 again, and overflow treshold is .1 again all mclasses
• OneYear(), patchDynamics_corr() -- implemented autocorrelated disturbances with recursive function NextInPatch(): all cells of the same patch(no diagonal connections) have the same disturbance- and succession events
• LoadLandscape() und LoadResultCells() -- vertausche Einlesen von xmax und ymax um Streifigkeit der Patches zu verhindern == korrektes Einlesen der LS

##14.11.2008 all species.cpp

• stoch() - debug the possibility to return more inds than initially evident localPops
• erstelle Version zur Verfolgung einzelner Populationen all: main.cpp
• Result-Landscape is 'points', not 'sites'

##13.11.2008 all: mclasses

• ValueToDisturbanceRate() -- disturb arable fields to 100%

##10.11.2008 all: mclasses

• Landscape::setSize() -- InitVerteilung(10000) statt 2000 mresults
• Year::yearly_selcells() -- overrun if at least 5% of capacity is filled

##30.10.2008 all: mclasses

• Landscape::LoadResultCells() -- adapted code to new files ('0' is valid for site-file and '1'ff is valid for point-file)

##29.10.2008 mcmc: main

• eingelesene Grids: Landscape-"qll-hgug100-a.aig"; Auswertezellen-"qll_buff_1km-sites-100.aig"

##28.10.2008 mcmc: mcmc()

• Die Standardverteilung der neuen Parameter wurde verdoppelt mcmcVegModel.cpp line 298f

mQ-ph4.dat

• pcInitPop now is .1 all: mresults
• yearly_selcells() -- document visualpops as occupied; #individuals are count without seedlings mclasses
• setPopulations() -- poisson-distributed number of seeds (mean=100) is initially set to pcInitPop cells of arable habitat
• ValueToMaxCap() -- maximum capacities are now tenfold: weight*10000

##27.10.2008 all: mclasses

• ValueToDisturbanceRate() -- aktualisiere Daten nach dem Meeting am 24.10. mit Florian und Michael mresults
• yearly_selcells() -- Abbruch-Kriterien geändert:
  • extinct wenn keine beobachtete Population mehr als 10 sichtbare Individuen hat
  • overflow wenn die Individuenzahl der selektierten Flächen 1/10 ihrer Kapazität übersteigt ##21.10.2008 mcmc: prefs.cpp /.h
• patched the establishing and growing communication in mcmc-parameter-change changeOTransition etc ##14.10.2008 ###V081014b all: mclasses
• Landscape::setPopulations() -- init pops are set in arable habitats exclusively mcmc: mresults
• yearly_selcells() -- Abbruch wenn a) kein arable field mehr occupied oder b) mehr als 10% der Flächen occupied sind ###V081014 mcmc: mcmc:
• trial(5)is standard now
• chain length is 20000; counted are unvalid trials too prefs.cpp
• setOTransition: for estab and growth params -- internally independent variables are used to define new parameters

##10.10.2008 mcmc: prefs.cpp:

• setOTransition() -- ungültige Werte für Etablierung werden jetzt ignoriert statt auf maximalen Wert gesetzt mcmcmodel
• mcmc() --

##08.10.2008 all: random.h:

• g_rnd_range() -- gibt nur Werte innerhalb des Ranges wieder (nicht range-werte selbst)
• g_rnd_log_range() -- bezieht sich auf g_rnd_range()
• rnd_log_range() -- bezieht sich auf rnd_range()

##06.10.2008 all: prefs

• Preferences::MusterCapacity enthält die reinen HGUG-Werte; Interpretation in 'setPopulations()' und 'patchDynamics()' mclasses:
• add function ValueToDisturbanceRate() which interpretes HGUGs to local disturbance rates

new: *.dat file mQ-ph3.dat mit patchDecreaseRate=1.0 und cA={-.99,.99}; distRate ausser Funktion wg. s.o.

##18.09.2008 all: mresults:

• gmlambda() -- calculated based on inds from year 5 to year 25
• fixed some possible bugs in Version(Version*) und Zuweisungsoperatoren ##17.09.2008 all: mresults:
• gmLambda() -- replaced maxTime by timeToExt in min(21,...)
• fixed some possible bugs in classes Run and Version

##15.09.2008 all: Results,Version,Run: omited list of Versions in Results to save ressources; placed some result variables in heap (Freispeicher)-->had lots of trouble by segnemtation faults etc.

##12.09.2008 all: Year:

• class Year() jetzt ohne vector<>cellState und vector<>managed, wegen bad_alloc im bioinf-Cluster (Ressourcen sparen!!)

##09.09.2008 all: fileout:

• runly() -- gebe Abbruchgrund aus [reo] mclasses:
• setPopulations() -- initiale Individuen werden als Samen verteilt

##05.09.2008 main:

• OneRun() -- benutze richtigerweise yearly_selcells() mcmc:
• mcmc() -- werte Zahl erfolgreicher Durchläufe

##02.09.2008 main:

• einmaliges Einlesen der Landschaft und des Analysefilters (Project-->CodeBlocks) all: mclasses:
• Landscape::loadLandscape() -- lese ganze Landschaft ein (nicht nur 1/4) fileout:
• runly() -- wenn overperformed time=time+maxTime mresults:
• yearly() -- erhöhe overperform-Threshold

##01.09.2008 mcmc:

• Kettenlänge auf 10000 erhöht

##29.08.2008 all: species.cpp

• stoch(): if p*number is >level, the result is returned, if lower, the poisson-value is returned mcmc:
• a PK is accepted if 3runs neither go extinct before 300years or overgrowth the landscape in this time scale

##28.08.2008 all: species.cpp

• stoch(): returns poisson_number with lambda (p*number) --> very very fast ##25.08.2008 all: species.cpp
• stoch(): returns 0 when p is zero

##20.08.2008 mcmcversion all:

• zum Debugger CodeBlocks gewechselt
• Einlesen der Buffer-Datei: Auswertung aller sehr guten Habs innerhalb der Pufferzone
• Abbruch wenn Ind/Capacity<0.1
• nur 1/2 der Landschaft eingelesen

##18.08.2008 mcmcversion:

• queue wird fortgesetzt wenn schon eine -n.txt existiert. Dazu wird die letzte PK der Datei eingelesen und als startversion genommen. Parameteränderungen (sigma der Normalverteilung) sind nicht mehr abhängig von der Ausgangsversion. prefs.cpp
• Preferences::getPrefs()

Nachtrag: kleiner Bug in MCMC():Lösung--> trage letzte Version in Ergebnisobjekt ein und lasse sie noch mal laufen

##14.08.2008 all:

• Auslagerung der Auslese des LC-Files mclasses
• new: Landscape::loadLandscape() -- einmaliges Einlesen des LC-Files vor den Läufen
• new: ValueToMaxCap() -- Interpretation der Filedaten in Capacity-Werte methode 'weight' interpretiert Wichtung*1000 als Kapazität

##13.08.2008 mcmcversion:

• set standard landscape file to "qll-hgugdom-200.aig" all: mclasses
• seedDispersal()-->Torus in absorbing boundaries umgewandelt

##09.06.2008 all: mclasses

• setPopulations() read in only first half of landscape to shorten calculation time

##28.05.2008 all: mresults

• yearly()-->exit if (double)reprod/metapopCapacity>0.005 mclasses
• setPopulations()-->read in arcinfo-rastergrid species
• stoch()-->not stochastic if deterministic result exeeds 10 mcmcversion:

##27.05.2008 all: species.cpp

• define stoch-function that returns stochastic numbers for given integer and proportion; and use this function for all relevant (non-fecundity-) matrix transitions mclasses.h *initVerteilung()-->gesamte Gridgröße
• setPopulations()-->erkennt *.aig-files (arc-info grid) mit beliebigen Gridgrößen mainversion:
• die 1-lcfile-version startet automatisch mit einer *.aig-datei (z.Zt. gesamtes Quillow) -->Linker error: mcount; auch wenn ich Main Version auf eine alte Version zurücksetze

##24.04.2008 all: prefs.cpp: * setTransition() and setOTransition() mit Summenabfrage für estab und growth(juv)--> <=1 * get*PrefSet() new 'setOTransition()' included

##23.04.2008 V080422 all: mclasses.cpp: * lc-files are interpreted as 0/5000 for maxCapacity * initial capacity is full for all random.h: * rnd_log_range() and g_rnd_log_range() find new values on log10-basis prefs.cpp: * getNewPrefSet() change dispersed with rnd_log_range() * get*VarPrefSet() change dispersed with g_rnd_log_range() mcmcVersion: * 3 possible arguments: 1) *.dat file name; 2) [1-6] nmb of Landscape type; 3) starting index * MCMC(): if original PC is chosen, it's taken over - not ignored as before mainVersion: * 2 possible arguments: 1) *.dat file name; 2) [1-6] nmb of Landscape type Key for Landscape Type: 1:dim1-ph1; 2:dim2-ph1; 3:dim3-ph1; 4:dim1-ph2; 5:dim2-ph2; 6:dim3-ph2 PotHab 0.55: ph1 PotHab 0.72: ph2 Dimension 2.1: dim1 Dimension 2.3: dim2 Dimension 2.5: dim3

##25.02.2008 all: max length of parameter Combination is set to 52*10; fpos<-tellg zuweisungen geändert zur korrekten Adressierung der PKs (#-> -1; PK ->+-0) mcmcVersion: disable Results::freeMem since program ever fails at this point

##21.02.2008 mcmcVersion: Trial(3) is standard again -- dauert sonst zu lange all: Liste von dispersal-targetCells auf 10000 erhöht (initVerteilung())- für pLDD-Versuche

##20.02.2008 mcmcVersion: Trial(5) is standard now all: run is stopped if #individuals exceed .2 of total capacity (respect to very isolated islands) output of L(20) is added in case of overperformance the true year of exit is reportet

##09:50 19.02.2008 ###Erweiterungen des Modells

• Bedeutung von manmode im Modell ändern --> Frequenz des Managements (jedes Jahr/alle 2-3Jahre etc.)
• manmode={0,1} haben den selben Effekt wie vorher --> 0=freie Sukzession 1=compense (no additional sukzession); Werte dazwischen sind eine Wahrscheinlichkeit für 0/1.

###Aktuelle Modellverwaltung: Versionen zum Simulieren werden in Dev/C++ verändert und anschließend zum Test am Bioinformatik-Cluster compiliert. Klappt ganz gut, auch mit der Batch-Programmierung komme ich zurecht. (Emacs ist allerdings noch ein Problem für mich) Sollte eine 'schicke' Version benötigt werden, wird sie mit BB5 erstellt, aber nur Referenzen zu den 'echten' Klassen benutzt (keine lokalen Kopien erstellen).

##09:23 14.02.2008

• Umwandlung des Modells in eine GNU-kompatible Variante; Erstellung einer 'exe' in Linux --done 080213

##21.11.2007 VegModel071121 -mcmc, -sim, und -loc Populations-initialisierung mit nur 10-50 Individuen (statt 1/10 der actCap. wie bisher) -loc: programmoption "init" ermöglicht Dateiausgabe ab dem ersten Jahr: VegModelxxxxxx-loc.exe datei.dat init

##20.11.2007 ###VegModel071120-mcmc

• MCMC-Version wie in V071119, aber mit 1-(l2-l1) als Kriterium
• -sim, -loc, -mcmc
• alle Kapazitäten ver-10-facht

##19.11.2007 VegModel071119-mcmc

• MCMC-Version mit anderer Optimierung: die maximale/mittlere (meta)Popwachstumsrate der ersten 20 Jahre soll minimiert werden

##16.11.2007 VegModel071116-mcmc

• MCMC-Version mit höherer Akzeptanzschwelle, für höhere Risk-Werte

##05.11.2007 ###VegModel071105-sim und -loc und -mcmc

• Freigabe von Speicherplatz um rätselhafte Abstürze zu verhindern (Results::freeMem(int)) ###Vegmodel071105-loc
• Berücksichtigung der Init-Zeit

##01.11.2007 VegModel071101-sim und -loc und -mcmc !!!Bug!!! Funktion getInds() in species.cpp hat die Samen mitgezählt --> Korrektur (SEED->SEEDL) Fehler existiert mind. seit Mitte 08/07

##15.10.2007 ###VegModel071015-sim.exe Model Version zum Simulieren

• Ausgabe: wie Ve3rsion vom 12.10.07, nur Nmp und IndsPerPop beziehen sich auf Juv-Gen; Abbruchbedingung wie in Version eher als 12.10.

##12.10.2007 ###VegModel071012-sim.exe Model Version zum Simulieren

• Ausgabe: "Nmp" und "IndsPerPop" beziehen sich auf die Sommerpopulation des Jahres (Seed-Gen), statt nur auf die adulten stadien zum Jahresende

##05.10.2007 ###VegModel071005-sim.exe Model Version zum Simulieren

• Ausgabe: "Time", "Nmp", "minAntBes", "AntBes", "IndsPerPop", "ExtRate", "ColRate", "risk" *.txt für Time to Extinction und Mittelwerte für ganzen Run (original) *-s10.txt für 5 slides a 10 Jahre Mittelwert (neu) *-s50.txt für 5 slides a 50 Jahre Mittelwert (ab V 070918)
• Eingabe: *.dat Textfile mit 1 Parameterkombination pro Zeile; Auskommentieren mit '#' möglich (ca. ab v 0708xx)
• Liste der Samenverteilungsfelder 1000 Elemente lang (ca. ab v 0708xx)

###VegModel070829-mcmc-a.exe Model Version für Generation einer MCMC-Kette

• Ausgabe: *-n.dat Liste "erfolgreicher" Parameterkombinationen (n=4000) *.txt Output-variablen für die getesteten Parameterkombinationen (PK)
• Eingabe: *.dat zwei PK, die das untere und obere Limit für die Parameterwahl liefern
• Algorithmus:
  1. Start-PK frei wählen und laufen lassen 1a. drei parallele runs, keiner darf aussterben (Rückgabe 0); Mittelwert der Risk-Werte wird zurückgegeben 2. neue Variante (PK) auswählen 2a. zwei Parameter werden unabhängig entsprechend ihrer Rahmenwerte und ihres derzeitigen Wertes verändert 2b. - neue Version nach 1a) laufen lassen 3. Vergleich der risk-Werte der neuen und der alten pk 3a. wenn zufall(0,1)<risk(k)/risk(k-1) wird neue PK übernommen, sonst die alte beibehalten; dh Übernahme auf jeden Fall, wenn risk(k)>risk(k-1) 4. weiter mit 2) basierend auf alter oder neuer (siehe 3a)) PK