积分回火增强采样算法(ITS): [An integrate-over-temperature approach for enhanced sampling] (http://scitation.aip.org/content/aip/journal/jcp/128/6/10.1063/1.2825614)
修改的部分用均用
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包围
its on # on/off, 激活/关闭ITS算法
itsFile its.pdb # pdb文件, 用于指定原子分类
itsCol B # 指定某列用于原子分类, 比如B因子列
groupIdx1 0 # 类1的指标, 原子分类类别1的类标
groupIdx2 2 # 类2的指标, 原子分类类别2的类
itsOutFreq 1000 # ITS输出间隔, 分子模拟步数
itsFirstStep 0 # 何时开始ITS
itsLastStep 100000000 # 合适结束ITS
itsWhamTimes 200 # WHAM的更新次数
itsUpdateFreq 100000 # 每次WHAM的运算步长
itsSamplingFreq 25 # 采样间隔
itsUpdate on # 是否自动更新ITS参数
itsUpdateLog ITSUPDATELOG.DAT # 更新参数日记
#itsInFile ITSINPUT # 如果指明, ITS参数初始值将从这里读入, 不然便采用指定范围内的均匀分布
itsReplicaNum 21 # ITS副本个数
itsLbdMin -0.5 # ITS温度因子重标的最小值
itsLbdMax 0.0 # ITS温度因子重标的最大值
itsIntType vdw # ITS算法只作用于vdw相互作用, 还有elect, elect-vdw选项, 表示短程电, 短程电+vdw
onlyInt off # on表示ITS只用到类1和类2的相互作用上, 自身与自身的作用部分不执行ITS
itsTemp 300 # ITS的工作温度, 通常取同系统模拟温度一样
DENSITYALAPHA 2.0
WCAP 5.0
WHAMSKIP 1
WHAMLOGZERROR 2.0