Kompileerimine:
cd src/
make

Maskeerimisprogrammi käivitamine vaikemudeli ja etteantud k-meeride tabelitega:
cd src/
./masker -lp ../test_andmed/test ../test_andmed/jarjestus.fa

Primer3-e käivitamine (maskeerimine on sisse lülitatud, vt ../test_andmed/primer3_test_input):
./primer3-core < ../test_andmed/primer3_test_input