static gmx_bool do_trnheader(t_fileio *fio, gmx_bool bRead, t_trnheader *sh, gmx_bool *bOK)
{
int magic = GROMACS_MAGIC;
static gmx_bool bFirst = TRUE;
char buf[256];
*bOK = TRUE;
gmx_fio_checktype(fio);
if (!gmx_fio_do_int(fio, magic) || magic != GROMACS_MAGIC)
{
return FALSE;
}
if (bRead)
{
*bOK = *bOK && gmx_fio_do_string(fio, buf);
if (bFirst)
{
fprintf(stderr, "trn version: %s ", buf);
}
}
else
{
sprintf(buf, "GMX_trn_file");
*bOK = *bOK && gmx_fio_do_string(fio, buf);
}
*bOK = *bOK && gmx_fio_do_int(fio, sh->ir_size);
*bOK = *bOK && gmx_fio_do_int(fio, sh->e_size);
*bOK = *bOK && gmx_fio_do_int(fio, sh->box_size);
*bOK = *bOK && gmx_fio_do_int(fio, sh->vir_size);
*bOK = *bOK && gmx_fio_do_int(fio, sh->pres_size);
*bOK = *bOK && gmx_fio_do_int(fio, sh->top_size);
*bOK = *bOK && gmx_fio_do_int(fio, sh->sym_size);
*bOK = *bOK && gmx_fio_do_int(fio, sh->x_size);
*bOK = *bOK && gmx_fio_do_int(fio, sh->v_size);
*bOK = *bOK && gmx_fio_do_int(fio, sh->f_size);
*bOK = *bOK && gmx_fio_do_int(fio, sh->natoms);
if (!*bOK)
{
return *bOK;
}
sh->bDouble = (nFloatSize(sh) == sizeof(double));
gmx_fio_setprecision(fio, sh->bDouble);
if (bRead && bFirst)
{
fprintf(stderr, "(%s precision)\n", sh->bDouble ? "double" : "single");
bFirst = FALSE;
}
*bOK = *bOK && gmx_fio_do_int(fio, sh->step);
*bOK = *bOK && gmx_fio_do_int(fio, sh->nre);
*bOK = *bOK && gmx_fio_do_real(fio, sh->t);
*bOK = *bOK && gmx_fio_do_real(fio, sh->lambda);
return *bOK;
}
int get_tpr_version(const char *infile)
{
char buf[STRLEN];
gmx_bool bDouble;
int precision,fver;
t_fileio *fio;
fio = open_tpx(infile,"r");
gmx_fio_checktype(fio);
precision = sizeof(real);
gmx_fio_do_string(fio,buf);
if (strncmp(buf,"VERSION",7))
gmx_fatal(FARGS,"Can not read file %s,\n"
" this file is from a Gromacs version which is older than 2.0\n"
" Make a new one with grompp or use a gro or pdb file, if possible",
gmx_fio_getname(fio));
gmx_fio_do_int(fio,precision);
bDouble = (precision == sizeof(double));
if ((precision != sizeof(float)) && !bDouble)
gmx_fatal(FARGS,"Unknown precision in file %s: real is %d bytes "
"instead of %d or %d",
gmx_fio_getname(fio),precision,sizeof(float),sizeof(double));
gmx_fio_setprecision(fio,bDouble);
fprintf(stderr,"Reading file %s, %s (%s precision)\n",
gmx_fio_getname(fio),buf,bDouble ? "double" : "single");
gmx_fio_do_int(fio,fver);
close_tpx(fio);
return fver;
}
void
gmx_mtxio_read (const char * filename,
int * nrow,
int * ncol,
real ** full_matrix,
gmx_sparsematrix_t ** sparse_matrix)
{
t_fileio *fio;
XDR * xd;
int i,j,prec;
gmx_bool bDum = TRUE;
gmx_bool bRead = TRUE;
char gmxver[256];
size_t sz;
fio = gmx_fio_open(filename,"r");
gmx_fio_checktype(fio);
xd = gmx_fio_getxdr(fio);
/* Read and check magic number */
i = GMX_MTXIO_MAGIC_NUMBER;
gmx_fio_do_int(fio, i);
if(i!=GMX_MTXIO_MAGIC_NUMBER)
{
gmx_fatal(FARGS,
"No matrix data found in file. Note that the Hessian matrix format changed\n"
"in Gromacs 3.3 to enable portable files and sparse matrix storage.\n");
}
/* Read generating Gromacs version */
gmx_fio_do_string(fio, gmxver);
/* Write 1 for double, 0 for single precision */
if(sizeof(real)==sizeof(double))
prec = 1;
else
prec = 0;
gmx_fio_do_int(fio, prec);
fprintf(stderr,"Reading %s precision matrix generated by Gromacs %s\n",
(prec == 1) ? "double" : "single",gmxver);
gmx_fio_do_int(fio, i);
*nrow=i;
gmx_fio_do_int(fio, i);
*ncol=i;
gmx_fio_do_int(fio, i);
if(i==GMX_MTXIO_FULL_MATRIX)
{
printf("Full matrix storage format, nrow=%d, ncols=%d\n",*nrow,*ncol);
sz = (*nrow) * (*ncol);
snew((*full_matrix),sz);
bDum=gmx_fio_ndo_real(fio, (*full_matrix),sz);
}
else
{
/* Sparse storage */
printf("Sparse matrix storage format, nrow=%d, ncols=%d\n",*nrow,*ncol);
snew((*sparse_matrix),1);
gmx_fio_do_gmx_bool(fio, (*sparse_matrix)->compressed_symmetric);
gmx_fio_do_int(fio, (*sparse_matrix)->nrow);
if((*sparse_matrix)->nrow != *nrow)
{
gmx_fatal(FARGS,"Internal inconsistency in sparse matrix.\n");
}
snew((*sparse_matrix)->ndata,(*sparse_matrix)->nrow);
snew((*sparse_matrix)->nalloc,(*sparse_matrix)->nrow);
snew((*sparse_matrix)->data,(*sparse_matrix)->nrow);
bDum=gmx_fio_ndo_int(fio, (*sparse_matrix)->ndata,
(*sparse_matrix)->nrow);
for(i=0;i<(*sparse_matrix)->nrow;i++)
{
(*sparse_matrix)->nalloc[i] = (*sparse_matrix)->ndata[i] + 10;
snew(((*sparse_matrix)->data[i]),(*sparse_matrix)->nalloc[i]);
for(j=0;j<(*sparse_matrix)->ndata[i];j++)
{
gmx_fio_do_int(fio, (*sparse_matrix)->data[i][j].col);
gmx_fio_do_real(fio, (*sparse_matrix)->data[i][j].value);
}
}
}
gmx_fio_close(fio);
}