void set_bound() {
int len = _seq.size();
init_bound(len);
set_bound_constraints();
for (auto && pair : NASS::instance().paired_keys) {
auto ss = _ss;
for (auto && c : ss) {
if (c == pair.first) {
c = '(';
} else if (c == pair.second) {
c = ')';
} else {
c = '.';
}
}
Debug::print(ss, '\n');
if (std::any_of(ss.begin(), ss.end(), [](auto &&c){return c != '.';})) {
SSTree ss_tree;
ss_tree.make(_seq, ss);
LOOP_TRAVERSE(ss_tree.head(),
set_bound_loop(_dist_bound, _dih_bound, L);
set_bound_helix(_dist_bound, _dih_bound, L->s)
);
} else {
break;
int main (int argc, char** argv)
{
bound_t* limit; /* limites globais */
cdf_t* dict; /* o dicionario com simbolos */
FILE* msg; /* o arquivo com a mensagem codificada */
FILE* dmsg; /* o arquivo com a mensagem decodificada */
fifo_t* coded; /* a mensagem codificada */
unsigned long buff; /* caracter decodificado */
clock_t start, end; /* cronometro */
double cpu_time_used;
unsigned long lsize; /* um contador */
#ifdef DEBUGGING
mtrace();
#endif
if (argc != 3) {
fprintf(stderr, "uso: %s <dicionario> <arquivo-codificada>\n", argv[0]);
exit(1);
}
/* carrega dicionario */
dict = cdf_load(argv[1]);
/* inicializa limites */
limit = init_bound(); /* ajusta limites para 0 e 1 */
cdf_min_ulimit(dict,limit); /* ajusta limite */
/* inicializa fifo com a mensagem a ser decodificada */
coded = init_fifo();
if ( (msg = fopen(argv[2],"r")) == NULL ) {
perror("[test_encode] *ERROR* ");
exit(1);
}
fifo_load(coded, msg);
fclose(msg);
#ifdef DEBUGGING
fprintf(stderr, "[test_decode] fifo inicializada.\n");
#endif
/* decodifica mensagem */
if ( (dmsg = fopen("decoded.mesg","w")) == NULL ) {
perror("[test_encode] *ERROR* ");
exit(1);
}
lsize = 0;
start = clock();
for (;;) /* forever */ {
arith_decode(dict, coded, limit, &buff);
if ( buff == cdf_terminator(dict) ) break;
++lsize;
fprintf(dmsg, "%lu\n", buff);
}
end = clock();
cpu_time_used = ((double) (end - start)) / CLOCKS_PER_SEC;
fclose(dmsg);
fprintf(stderr, "[test_decode] mensagem decodificada,");
fprintf(stderr, " %lu simbolos\n", lsize);
fprintf(stderr, "[test_cdf] Tempo total = %e s\n",cpu_time_used);
fprintf(stderr, "[test_cdf] Por simbolo ~= %e s\n",cpu_time_used/lsize);
/* libera memoria alocada */
free_bound(limit);
free_cdf(dict);
free_fifo(coded);
return 0;
}
