bool isAlleleCalled(Allele & allele, const float min_acp) {
auto acp = allele.info().getValue<float>("ACP");
if (acp.second) {
if (acp.first >= min_acp) {
return true;
} else {
return false;
}
} else {
return false;
}
}
string getAlleleStringAttribute(Allele & allele, const string attribute) {
auto att_value = allele.info().getValue<string>(attribute);
if (att_value.second) {
if (att_value.first == ".") {
return "NoValue";
} else {
assert(!(allele.isMissing()));
return att_value.first;
}
} else {
return "Reference";
}
}
bool isAlleleAnnotated(Allele & allele) {
auto annotation = allele.info().getValue<string>("AAI");
if (annotation.second) {
assert(!(annotation.first.empty()));
if (annotation.first != ".") {
return true;
} else {
return false;
}
} else {
return false;
}
}