Ejemplos de bammer_main en C++ (Cpp)

Ejemplo n.º 1

Archivo: multiReader.cpp Proyecto: hrwang/angsd

funkyPars *multiReader::fetch(){
  //  fprintf(stderr,"fetching\n");`
  funkyPars *fp = NULL;
  switch(type){
  case INPUT_PILEUP:{
    fp = mpil->fetch(nLines);
    break;
  }
  case INPUT_GLF:{
    fp = myglf->fetch(nLines); 
    break;
  }
  case INPUT_BEAGLE:{
    fp = bglObj->fetch(nLines); 
    break;
  }
  case INPUT_BAM:{
    bammer_main(args);
    break;
    
  }
    
  default:{
    fprintf(stderr,"whats up\n");
    exit(0);
    break;
  }
  }
  if(fp&&0)
    fprintf(stderr,"numSites:%d\n",fp->numSites);
    
  return fp;

}

Ejemplo n.º 2

Archivo: multiReader.cpp Proyecto: mb3188/angsd

funkyPars *multiReader::fetch(){
  //  fprintf(stderr,"fetching\n");`
  funkyPars *fp = NULL;
  switch(type){
  case INPUT_PILEUP:{
    fp = mpil->fetch(nLines);
    break;
  }
  case INPUT_GLF:{
    fp = myglf->fetch(nLines); 
    break;
  }
  case INPUT_VCF_GL:{
    fp = myvcf->fetch(nLines); 
    break;
  }
  case INPUT_VCF_GP:{
    fp = myvcf->fetch(nLines); 
    break;
  }
  case INPUT_BEAGLE:{
    fp = bglObj->fetch(nLines); 
    break;
  }
  case INPUT_BAM:{
    bammer_main(args);
    break;
    
  }
    
  default:{
    fprintf(stderr,"Unkown inputformat: %d\n",type);
#if 1
  fprintf(stderr,"bam:%d\n",INPUT_BAM);
  fprintf(stderr,"glf:%d\n",INPUT_GLF);
  fprintf(stderr,"blg:%d\n",INPUT_BEAGLE);
  fprintf(stderr,"plp:%d\n",INPUT_PILEUP);
  fprintf(stderr,"vcf_GP:%d\n",INPUT_VCF_GP);
  fprintf(stderr,"vcf_GL:%d\n",INPUT_VCF_GL);
#endif

    exit(0);
    break;
  }
  }
  if(fp&&0)
    fprintf(stderr,"numSites:%d\n",fp->numSites);
    
  return fp;

}

Ejemplo n.º 3

Archivo: multiReader.cpp Proyecto: ANGSD/angsd

funkyPars *multiReader::fetch(){
  //  fprintf(stderr,"fetching\n");`
  funkyPars *fp = NULL;
  switch(args->inputtype){
  case INPUT_PILEUP:{
    fp = mpil->fetch(nLines);
    break;
  }
  case INPUT_GLF:
  case INPUT_GLF3:{
    fp = myglf->fetch(nLines); 
    break;
  }
  case INPUT_GLF10_TEXT:{
    fp = myglf_text->fetch(nLines); 
    break;
  }
    
  case INPUT_VCF_GL:{
    fp = myvcf->fetch(nLines); 
    break;
  }
  case INPUT_VCF_GP:{
    fp = myvcf->fetch(nLines); 
    break;
  }
  case INPUT_BEAGLE:{
    fp = bglObj->fetch(nLines); 
    break;
  }
  case INPUT_BAM:{
    bammer_main(args);
    break;
    
  }
    
  default:{
    fprintf(stderr,"Unknown inputformat: %d\n",args->inputtype);
#if 1
  fprintf(stderr,"bam:%d\n",INPUT_BAM);
  fprintf(stderr,"glf:%d\n",INPUT_GLF);
  fprintf(stderr,"glf3:%d\n",INPUT_GLF3);
  fprintf(stderr,"blg:%d\n",INPUT_BEAGLE);
  fprintf(stderr,"plp:%d\n",INPUT_PILEUP);
  fprintf(stderr,"vcf_GP:%d\n",INPUT_VCF_GP);
  fprintf(stderr,"vcf_GL:%d\n",INPUT_VCF_GL);
#endif

    exit(0);
    break;
  }
  }
  if(fp&&0)
    fprintf(stderr,"numSites:%d\n",fp->numSites);
  if(fp!=NULL && fp->refId==-1){
    fprintf(stderr,"\n\t-> Unkown refid found will close program refid:%d\n",fp->refId);
    return NULL;
  }
  return fp;

}