Ejemplos de gt_bwtseqfirstmatch en C++ (Cpp)

Ejemplo n.º 1

Archivo: eis-voiditf.c Proyecto: AnnSeidel/genometools

GtUword gt_voidpackedfindfirstmatchconvert(const FMindex *fmindex,
                                                 GtUword witnessbound,
                                                 GtUword matchlength)
{
  const BWTSeq *bwtseq = (const BWTSeq *) fmindex;
  GtUword startpos;

  startpos = gt_bwtseqfirstmatch(fmindex,witnessbound);
  gt_assert((bwtseq->seqIdx->seqLen-1) >= (startpos + matchlength));
  return (bwtseq->seqIdx->seqLen - 1) - (startpos + matchlength);
}

Ejemplo n.º 2

Archivo: eis-voiditf.c Proyecto: 9beckert/TIR

unsigned long gt_voidpackedfindfirstmatchconvert(const FMindex *fmindex,
                                                 unsigned long witnessbound,
                                                 unsigned long matchlength)
{
  const BWTSeq *bwtseq = (const BWTSeq *) fmindex;
  unsigned long startpos;

  startpos = gt_bwtseqfirstmatch(fmindex,witnessbound);
  gt_assert((bwtseq->seqIdx->seqLen-1) >= (startpos + matchlength));
  return (bwtseq->seqIdx->seqLen - 1) - (startpos + matchlength);
}