image_t *image_create(void)
{
image_t *i;
i = calloc(1, sizeof(*i));
if (i == NULL)
return i;
i->refcount = 1;
i->background_colour = os_COLOUR_TRANSPARENT;
list_add_to_head(&list_anchor, &i->list);
return i;
}
error wire_register(wire_register_flags flags,
wire_callback *cb,
void *opaque,
wire_id *id)
{
wire_client_t *client;
client = malloc(sizeof(*client));
if (client == NULL)
return error_OOM;
client->flags = flags;
client->cb = cb;
client->opaque = opaque;
list_add_to_head(&LOCALS.anchor, &client->list);
if (id)
*id = (unsigned int) client;
return error_OK;
}
/*
* Aggiorna le finestre sulla genomica di list_of_factors con il fattore factor,
* costruendo una lista ordinata per left crescente
*/
plist update_windows(plist list_of_factors, pfactor factor)
{
pfactor copy;
if(list_is_empty(list_of_factors)) {
copy=factor_create();
copy->GEN_start=factor->GEN_start;
copy->GEN_end=factor->GEN_end;
copy->EST_start=-1;
copy->EST_end=-1;
list_add_to_head(list_of_factors, copy);
return list_of_factors;
}
plistit list_it_for_start, list_it_for_end;
pfactor start_current_window, end_current_window;
bool stop_for_start, stop_for_end;
bool start_inside, end_inside;
list_it_for_start=list_first(list_of_factors);
stop_for_start=false;
start_inside=false;
while(stop_for_start == false && listit_has_next(list_it_for_start)) {
start_current_window=listit_next(list_it_for_start);
if(factor->GEN_start <= start_current_window->GEN_end) {
stop_for_start=true;
//lo start di factor cade all'interno di current_factor (sulla genomica)
if(factor->GEN_start >= start_current_window->GEN_start)
start_inside=true;
//altrimenti lo start di factor cade prima dello start di current_factor (sulla genomica)
}
}
//All'uscita da questo ciclo:
//se stop_for_start e' true
//list_it_for_start punta alla finestra in cui cade lo start di factor se start_inside e' true,
//altrimenti lo start di factor cade prima dello start del fattore puntato da list_it_for_start
//e sicuramente dopo l'end della eventuale finestra precedente
//se stop_for_start e' false
//significa che lo start di factor cade dopo l'end dell'ultima finestra di list_of_factors
//Se lo start di factor cade dopo l'end dell'ultima finestra
if(stop_for_start == false) {
copy=factor_create();
copy->GEN_start=factor->GEN_start;
copy->GEN_end=factor->GEN_end;
copy->EST_start=-1;
copy->EST_end=-1;
list_add_to_tail(list_of_factors, copy);
listit_destroy(list_it_for_start);
return list_of_factors;
}
//fprintf(stdout, "%d %d (%d-%d)\n", stop_for_start, start_inside, start_current_window->GEN_start, start_current_window->GEN_end);
list_it_for_end=list_first(list_of_factors);
stop_for_end=false;
end_inside=false;
int count_window=0;
while(stop_for_end == false && listit_has_next(list_it_for_end)) {
end_current_window=listit_next(list_it_for_end);
count_window++;
if(factor->GEN_end <= end_current_window->GEN_end) {
stop_for_end=true;
//l'end di factor cade all'interno di current_factor (sulla genomica)
if(factor->GEN_end >= end_current_window->GEN_start) {
end_inside=true;
}
//altrimenti l'end di factor cade prima dello start di current_factor (sulla genomica)
}
}
//All'uscita da questo ciclo:
//se stop_for_end e' true
//list_it_for_end punta alla finestra in cui cade l'end di factor se end_inside e' true,
//altrimenti l'end factor cade prima dello start del fattore puntato da list_it_for_end
//e sicuramente dopo l'end della eventuale finestra precedente
//se stop_for_end e' false
//significa che l'end di factor cade dopo l'end dell'ultima finestra di list_of_factors
//Se l'end di factor cade prima dello start della prima finestra
if(stop_for_end == true && end_inside == false && count_window == 1) {
copy=factor_create();
copy->GEN_start=factor->GEN_start;
copy->GEN_end=factor->GEN_end;
copy->EST_start=-1;
copy->EST_end=-1;
list_add_to_head(list_of_factors, copy);
listit_destroy(list_it_for_start);
listit_destroy(list_it_for_end);
return list_of_factors;
}
//fprintf(stdout, "%d %d (%d-%d)\n", stop_for_start, start_inside, start_current_window->GEN_start, start_current_window->GEN_end);
if(start_inside == false && end_inside == false) {
//factor sta in mezzo a due finestre senza sovrapporsi ad alcuna di esse (va quindi aggiunto a list_of_factors)
if(stop_for_end == true && start_current_window->GEN_start == end_current_window->GEN_start) {
//Aggiungo factor a list_of_factors appena prima di list_it_for_start
copy=factor_create();
copy->GEN_start=factor->GEN_start;
copy->GEN_end=factor->GEN_end;
copy->EST_start=-1;
copy->EST_end=-1;
list_add_before_iterator(list_it_for_start, list_of_factors, copy);
}
//factor ricopre una o piu' finestre consecutive estendendole a sx e a dx
else {
//Aggiorno la finestra in list_it_for_start con lo start e l'end di factor
start_current_window->GEN_start=factor->GEN_start;
start_current_window->GEN_end=factor->GEN_end;
//Rimuovo le finestre iterando dalla successiva a list_it_for_start
//a quella prima di list_it_for_end
int end_curr_win_start=end_current_window->GEN_start;
bool stop=false;
while(listit_has_next(list_it_for_start) && stop == false) {
pfactor current_window=listit_next(list_it_for_start);
if(current_window->GEN_start >= end_curr_win_start)
stop=true;
else
list_remove_at_iterator(list_it_for_start, (delete_function)factor_destroy);
}
}
}
else {
if(start_inside == true) {
if(end_inside == true) {
//factor ha lo start in una finestra e l'end in un'altra successiva
if(start_current_window->GEN_start != end_current_window->GEN_start) {
//Aggiorno l'end della finestra in list_it_for_start con l'end della finestra in list_it_for_end
start_current_window->GEN_end=end_current_window->GEN_end;
//Rimuovo le finestre iterando dalla successiva a list_it_for_start
//fino alla list_it_for_end (compresa)
int end_curr_win_start=end_current_window->GEN_start;
bool stop=false;
while(stop == false && listit_has_next(list_it_for_start)) {
pfactor current_window=listit_next(list_it_for_start);
/*list_remove_at_iterator(list_of_factors, list_it_for_start, (delete_function)factor_destroy);
if(current_window->GEN_start == end_current_window->GEN_start)
stop=true;*/
if(current_window->GEN_start > end_curr_win_start)
stop=true;
else {
list_remove_at_iterator(list_it_for_start, (delete_function)factor_destroy);
}
}
}
}
//factor ha lo start in una finestra e l'end in mezzo a due finestre o dopo l'end
//dell'ultima
else {
//Aggiorno l'end della finestra in list_it_for_start con l'end di factor
start_current_window->GEN_end=factor->GEN_end;
//Rimuovo le finestre iterando dalla successiva a list_it_for_start
//a quella prima di list_it_for_end (rimuovo anche quella di list_it_for_end
//se stop_for_end e' false (cioe' se l'end di factor e' oltre l'end
//dell'ultima finestra)
int end_curr_win_start=end_current_window->GEN_start;
bool stop=false;
while(listit_has_next(list_it_for_start) && stop == false) {
pfactor current_window=listit_next(list_it_for_start);
if(stop_for_end == true && current_window->GEN_start >= end_curr_win_start)
stop=true;
else
list_remove_at_iterator(list_it_for_start, (delete_function)factor_destroy);
}
}
}
//factor ha lo start in mezzo a due finestre (o prima dello start della prima)
//e l'end in una finestra
else {
//Aggiorno lo start della finestra in list_it_for_start con lo start di factor
start_current_window->GEN_start=factor->GEN_start;
//Aggiorno l'end della finestra in list_it_for_start con l'end di list_it_for_end
start_current_window->GEN_end=end_current_window->GEN_end;
//Rimuovo le finestre iterando dalla successiva a list_it_for_start
//fino alla list_it_for_end (compresa)
int end_curr_win_start=end_current_window->GEN_start;
bool stop=false;
while(listit_has_next(list_it_for_start) && stop == false) {
pfactor current_window=listit_next(list_it_for_start);
/*list_remove_at_iterator(list_of_factors, list_it_for_start, (delete_function)factor_destroy);
if(current_window->GEN_start == end_current_window->GEN_start)
stop=true;*/
if(current_window->GEN_start > end_curr_win_start)
stop=true;
else
list_remove_at_iterator(list_it_for_start, (delete_function)factor_destroy);
}
}
}
listit_destroy(list_it_for_start);
listit_destroy(list_it_for_end);
return list_of_factors;
}
