Ejemplos de IBlastSeqInfoSrc en C++ (Cpp)

Ejemplo n.º 1

Archivo: blast_seqinfosrc_aux.cpp Proyecto: jackgopack4/pico-blast

void GetFilteredRedundantGis(const IBlastSeqInfoSrc & seqinfo_src,
                             int                      oid,
                             vector<int>            & gis)
{
    gis.resize(0);
    
    if (! seqinfo_src.HasGiList()) {
        return;
    }
    
    list< CRef<CSeq_id> > seqid_list = seqinfo_src.GetId(oid);
    gis.reserve(seqid_list.size());
    
    ITERATE(list< CRef<CSeq_id> >, id, seqid_list) {
        if ((**id).IsGi()) {
            gis.push_back((**id).GetGi());
        }
    }

	sort(gis.begin(), gis.end());
}

Ejemplo n.º 2

Archivo: blast_seqinfosrc_aux.cpp Proyecto: svn2github/ncbi_tk

void GetFilteredRedundantSeqids(const IBlastSeqInfoSrc & seqinfo_src,
                             int                      oid,
                             vector<string>            & seqids,
			     bool			use_gi)
{
    seqids.resize(0);
    
    if (! seqinfo_src.HasGiList()) {
        return;
    }
    
    list< CRef<CSeq_id> > seqid_list = seqinfo_src.GetId(oid);
    
    ITERATE(list< CRef<CSeq_id> >, id, seqid_list) {
	if (use_gi)
	{
        	if ((**id).IsGi())
		{
			string sid_string = "gi:" + (*id)->GetSeqIdString(true);
			seqids.push_back(sid_string);
		}
	}
	else
	{
		const CTextseq_id* tsid = (*id)->GetTextseq_Id();
		if (tsid && tsid->IsSetAccession())
		{
			string sid_string = "seqid:" + (*id)->GetSeqIdString(true);
			seqids.push_back(sid_string);
		}
		else if ((*id)->IsPdb())
		{
			string sid_string = "seqid:" + (*id)->GetSeqIdString(true);
			seqids.push_back(sid_string);
		}
	}
    }
}