Ejemplos de MultiAB en C++ (Cpp)

Ejemplo n.º 1

Archivo: RecalibrationModel.cpp Proyecto: GerritvanNiekerk/TS

void RecalibrationModel::getAB(MultiAB &multi_ab, int x, int y){
     if (!is_enabled_) {
       multi_ab.Null();
    }
    int offsetRegion = stratification.OffsetRegion(x,y);
    //dimension checking
    if (offsetRegion < 0 || offsetRegion >= (int)stratifiedAs.size() || offsetRegion>=(int)stratifiedBs.size())
    {
        multi_ab.Null();
    }
    else{
      multi_ab.aPtr = &(stratifiedAs[offsetRegion]);
      multi_ab.bPtr = &(stratifiedBs[offsetRegion]);
    }
}

Ejemplo n.º 2

Archivo: RecalibrationModel.cpp Proyecto: vswilliamson/TS

void RecalibrationModel::getAB(MultiAB &multi_ab, int x, int y) const
{
     if (!is_enabled_) {
       multi_ab.Null();
    }
    int offsetRegion = stratification.OffsetRegion(x,y);
    if (offsetRegion < 0 || offsetRegion >= (int)stratifiedAs.size() || offsetRegion>=(int)stratifiedBs.size())
    {
        if (verbose_)
    	    cerr << "RecalibrationModel::getAB ERROR: offsetRegion "
                 << offsetRegion << " out of bounds " << stratifiedAs.size() << ',' << stratifiedBs.size()
                 << " for well x=" << x << " y=" << y << endl;
    	multi_ab.Null();
    }
    else{
      multi_ab.aPtr = &(stratifiedAs[offsetRegion]);
      multi_ab.bPtr = &(stratifiedBs[offsetRegion]);
    }
}

Ejemplo n.º 3

Archivo: InputStructures.cpp Proyecto: LeeBergstrand/Torrent_Variant_Caller

void RecalibrationHandler::getAB(MultiAB &multi_ab, const string &found_key, int x, int y) const {
    if (use_recal_model_only)
        recalModel.getAB(multi_ab,x,y);
    else {
      // found_key in map to get iterator
      map<string, RecalibrationModel>::const_iterator it;
      it = bam_header_recalibration.find(found_key);
      if (it!=bam_header_recalibration.end()){ 
        it->second.getAB(multi_ab, x, y);
      } else
        multi_ab.Null();
    }
};

Ejemplo n.º 4

Archivo: InputStructures.cpp Proyecto: Lingrui/TS

void RecalibrationHandler::getAB(MultiAB &multi_ab, const string &found_key, int x, int y) const {
    if (use_recal_model_only)
        recalModel.getAB(multi_ab,x,y);
    else {
      // found_key in map to get iterator
      map<string, LinearCalibrationModel>::const_iterator it;
      it = bam_header_recalibration.find(found_key);
      if (it!=bam_header_recalibration.end()){ 
        it->second.getAB(multi_ab, x, y);
      } else {
        cerr << "Warning in RecalibrationHandler::getAB - block key " << found_key << " not found!" << endl;
        multi_ab.Null();
      }
    }
};