// Philox RNG for Xeon Phi cards
__forceinline
void philox2x32_mic(uint64_t counter, uint32_t key, __m512i& rnd1, __m512i& rnd2)
{
#ifdef __MIC__
const __m512i m = _mm512_set1_epi32(0xD256D193);
const __m512i w = _mm512_set1_epi32(0x9E3779B9);
const __m512i incr = _mm512_set_epi32(15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1, 0);
__m512i r = _mm512_set1_epi32(counter & 0xFFFFFFFF);
__m512i l = _mm512_set1_epi32(counter >> 32);
__m512i keyV = _mm512_set1_epi32(key);
keyV = _mm512_add_epi32(keyV, incr);
#pragma unroll(10)
for(int i = 0; i < 10; ++i)
{
__m512i l_old = l;
l = _mm512_mullo_epi32(r, m);
r = _mm512_xor_epi32(_mm512_xor_epi32(_mm512_mulhi_epu32(r, m), keyV), l_old);
keyV = _mm512_add_epi32(keyV, w);
}
rnd1 = r;
rnd2 = l;
#endif
}
inline void mic_sincos_ps(mic_m512_t x, mic_m512_t *s, mic_m512_t *c) {
__m512i sign_bit = _mm512_and_epi32(_mm512_castps_si512(x), _pi32_sign_mask);
x = _mm512_castsi512_ps(_mm512_and_epi32(_mm512_castps_si512(x), _pi32_inv_sign_mask));
mic_m512_t y = _mm512_mul_ps(x, _ps_cephes_FOPI);
__m512i emm2 = _mm512_cvtfxpnt_round_adjustps_epi32(y, _MM_FROUND_TO_NEAREST_INT, _MM_EXPADJ_NONE);
emm2 = _mm512_add_epi32(emm2, _pi32_1);
emm2 = _mm512_and_epi32(emm2, _pi32_inv1);
y = _mm512_cvtfxpnt_round_adjustepu32_ps(emm2, _MM_FROUND_TO_NEAREST_INT, _MM_EXPADJ_NONE);
__m512i cos_emm2 = _mm512_sub_epi32(emm2, _pi32_2);
__m512i emm0 = _mm512_and_epi32(emm2, _pi32_4);
__m512i cos_emm0 = _mm512_andnot_epi32(cos_emm2, _pi32_4);
emm0 = _mm512_slli_epi32(emm0, 29);
cos_emm0 = _mm512_slli_epi32(cos_emm0, 29);
sign_bit = _mm512_xor_epi32(sign_bit, emm0);
emm2 = _mm512_and_epi32(emm2, _pi32_2);
cos_emm2 = _mm512_and_epi32(cos_emm2, _pi32_2);
__mmask16 mask = _mm512_cmp_epi32_mask(emm2, _pi32_0, _MM_CMPINT_EQ);
emm2 = _mm512_mask_add_epi32(_pi32_0, mask, _pi32_ffff, _pi32_0);
__mmask16 cos_mask = _mm512_cmp_epi32_mask(cos_emm2, _pi32_0, _MM_CMPINT_EQ);
cos_emm2 = _mm512_mask_add_epi32(_pi32_0, cos_mask, _pi32_ffff, _pi32_0);
x = _mm512_fmadd_ps(y, _ps_minus_cephes_DP123, x);
mic_m512_t x2 = _mm512_mul_ps(x, x);
mic_m512_t x3 = _mm512_mul_ps(x2, x);
mic_m512_t x4 = _mm512_mul_ps(x2, x2);
y = _mm512_fmadd_ps(_ps_coscof_p0, x2, _ps_coscof_p1);
y = _mm512_fmadd_ps(y, x2, _ps_coscof_p2);
mic_m512_t temp_2 = _mm512_fmsub_ps(x2, _ps_0point5, _ps_1);
y = _mm512_fmsub_ps(y, x4, temp_2);
mic_m512_t y2 = _mm512_fmadd_ps(_ps_sincof_p0, x2, _ps_sincof_p1);
y2 = _mm512_fmadd_ps(y2, x2, _ps_sincof_p2);
y2 = _mm512_fmadd_ps(y2, x3, x);
mic_m512_t cos_y = y;
mic_m512_t cos_y2 = y2;
y = _mm512_castsi512_ps(_mm512_andnot_epi32(emm2, _mm512_castps_si512(y)));
cos_y = _mm512_castsi512_ps(_mm512_andnot_epi32(cos_emm2, _mm512_castps_si512(cos_y)));
y2 = _mm512_castsi512_ps(_mm512_and_epi32(emm2, _mm512_castps_si512(y2)));
cos_y2 = _mm512_castsi512_ps(_mm512_and_epi32(cos_emm2, _mm512_castps_si512(cos_y2)));
y = _mm512_add_ps(y, y2);
cos_y = _mm512_add_ps(cos_y, cos_y2);
*s = _mm512_castsi512_ps(_mm512_xor_epi32(_mm512_castps_si512(y), sign_bit));
*c = _mm512_castsi512_ps(_mm512_xor_epi32(_mm512_castps_si512(cos_y), cos_emm0));
} // sincos_ps()
// sin()
static inline mic_m512_t mic_sin_ps(mic_m512_t x) {
__m512i sign_bit;
sign_bit = _mm512_and_epi32(_mm512_castps_si512(x), _pi32_sign_mask);
x = _mm512_castsi512_ps(_mm512_and_epi32(_mm512_castps_si512(x), _pi32_inv_sign_mask));
mic_m512_t y = _mm512_mul_ps(x, _ps_cephes_FOPI);
__m512i emm2 = _mm512_cvtfxpnt_round_adjustps_epi32(y, _MM_FROUND_TO_NEAREST_INT, _MM_EXPADJ_NONE);
emm2 = _mm512_add_epi32(emm2, _pi32_1);
emm2 = _mm512_and_epi32(emm2, _pi32_inv1);
y = _mm512_cvtfxpnt_round_adjustepu32_ps(emm2, _MM_FROUND_TO_NEAREST_INT, _MM_EXPADJ_NONE);
__m512i emm0 = _mm512_and_epi32(emm2, _pi32_4);
emm0 = _mm512_slli_epi32(emm0, 29);
emm2 = _mm512_and_epi32(emm2, _pi32_2);
__mmask16 mask = _mm512_cmp_epi32_mask(emm2, _pi32_0, _MM_CMPINT_EQ);
emm2 = _mm512_mask_add_epi32(_pi32_0, mask, _pi32_ffff, _pi32_0);
sign_bit = _mm512_xor_epi32(sign_bit, emm0);
mic_m512_t temp = _ps_minus_cephes_DP123;
temp = _mm512_mul_ps(y, temp);
x = _mm512_add_ps(x, temp);
mic_m512_t x2 = _mm512_mul_ps(x, x);
mic_m512_t x3 = _mm512_mul_ps(x2, x);
mic_m512_t x4 = _mm512_mul_ps(x2, x2);
y = _mm512_mul_ps(_ps_coscof_p0, x2);
mic_m512_t y2 = _mm512_mul_ps(_ps_sincof_p0, x2);
y = _mm512_add_ps(y, _ps_coscof_p1);
y2 = _mm512_add_ps(y2, _ps_sincof_p1);
y = _mm512_mul_ps(y, x2);
y2 = _mm512_mul_ps(y2, x2);
y = _mm512_add_ps(y, _ps_coscof_p2);
y2 = _mm512_add_ps(y2, _ps_sincof_p2);
y = _mm512_mul_ps(y, x4);
y2 = _mm512_mul_ps(y2, x3);
temp = _mm512_mul_ps(x2, _ps_0point5);
temp = _mm512_sub_ps(temp, _ps_1);
y = _mm512_sub_ps(y, temp);
y2 = _mm512_add_ps(y2, x);
y = _mm512_castsi512_ps(_mm512_andnot_epi32(emm2, _mm512_castps_si512(y)));
y2 = _mm512_castsi512_ps(_mm512_and_epi32(emm2, _mm512_castps_si512(y2)));
y = _mm512_add_ps(y, y2);
y = _mm512_castsi512_ps(_mm512_xor_epi32(_mm512_castps_si512(y), sign_bit));
return y;
} // sin_ps()
inline static int16_t smith_waterman_farrar(Objeto*o, char *sec_database, int16_t long_sec_database){
int32_t * aux_Max;
int16_t ret_max = 0;
__m512i vGapOpen, vGapExtend, zero;
__m512i vF, vH, vMax, vE_j, vAux0;
int segLen = (64 / sizeof(int32_t));
int numSeg = (long_sec_ref + 63 / sizeof(int32_t)) / (64 / sizeof(int32_t));
int32_t cog[segLen] __attribute__((aligned(64)));
int32_t ceg[segLen] __attribute__((aligned(64)));
//
for(int x=0;x<segLen;x++) {
cog[x] = coste_open_gap;
ceg[x] = coste_extend_gap;
}
vGapOpen = _mm512_load_epi32(cog);
vGapExtend = _mm512_load_epi32(ceg);
zero = _mm512_xor_epi32(zero, zero);
vMax = _mm512_xor_epi32(vMax, vMax); // vMax = <0, 0, ..., 0>
for(int j=0; j<long_profile; j++){
o->columnaPrevia_Max[j] = 0;
//o->columna_Up[j] = 0;
o->columna_Left[j] = 0;
}
for(int x=0; x<long_sec_database; x++){
// vF = <0, 0, ..., 0>
vF = _mm512_xor_epi32(vF, vF);
// vH = vHStore[numSeg - 1] << 1
vH = _mm512_load_epi32(o->columnaPrevia_Max + (numSeg - 1) * segLen);
vH = shiftRight(vH);
//
int8_t pos_letra_database = letras[(int)(sec_database[x])];
//printf("Letra %d %c %d\n", x, sec_database[x], pos_letra_database);
int32_t offset = pos_letra_database * long_profile;
int j;
for(j=0; j<numSeg; j++){
// vH = vH + vProfile[letra][j]
int32_t * valor_match = profile + offset;
offset += segLen;
vAux0 = _mm512_load_epi32(valor_match);
vH = _mm512_add_epi32(vH, vAux0);
// vMax = max(vMax, vH);
vMax = _mm512_max_epi32(vMax, vH);
// vE[j] = max(vH, vE[j])
// vH = max(vH, vF)
vE_j = _mm512_load_epi32(o->columna_Left + j*segLen);
vH = _mm512_max_epi32(vH, vE_j);
vH = _mm512_max_epi32(vH, vF);
// vHStore[j] = vH
_mm512_store_epi32(o->columnaActual_Max + j*segLen, vH);
// vAux = vH - vGapOpen
vAux0 = _mm512_sub_epi32(vH, vGapOpen);
vAux0 = _mm512_max_epi32(vAux0, zero);
// vE[j] = vE[j] - vGapExtend
vE_j = _mm512_sub_epi32(vE_j, vGapExtend);
vE_j = _mm512_max_epi32(vE_j, zero);
// vE[j] = max(vE[j], vAux)
vE_j = _mm512_max_epi32(vE_j, vAux0);
_mm512_store_epi32(o->columna_Left + j*segLen, vE_j);
// vF = vF - vGapExtend
vF = _mm512_sub_epi32(vF, vGapExtend);
vF = _mm512_max_epi32(vF, zero);
// vF = max(vF, vAux)
vF = _mm512_max_epi32(vF, vAux0);
// vH = vHLoad[j]
vH = _mm512_load_epi32(o->columnaPrevia_Max + j*segLen);
}
// Optimización de SWAT
/*
for(int x=0; x<long_profile; x++){
printf("vMax[%d]=%d\n", x, o->columnaActual_Max[x]);
}
printf("Numseg: %d\n", numSeg);
displayV("F", vF);
*/
// vF = vF << 1
vF = shiftRight(vF);
j = 0;
do { // while(AnyElement(vF > vHStore[j] - vGapOpen
vH = _mm512_load_epi32(o->columnaActual_Max + j*segLen);
vAux0 = _mm512_sub_epi32(vH, vGapOpen);
vAux0 = _mm512_max_epi32(vAux0, zero);
__mmask16 mascara = _mm512_cmpgt_epi32_mask (vF, vAux0);
if (mascara == 0) break;
// vHStore[j] = max(vHStore[j], vF)
vH = _mm512_max_epi32(vH, vF);
_mm512_store_epi32(o->columnaActual_Max + j*segLen, vH);
// vF = vF - vGapExtend
vF = _mm512_sub_epi32(vF, vGapExtend);
vF = _mm512_max_epi32(vF, zero);
if (++j >= numSeg) {
// vF = vF << 1
vF = shiftRight(vF);
j = 0;
}
} while(1);
//
aux_Max = o->columnaActual_Max;
o->columnaActual_Max = o->columnaPrevia_Max;
o->columnaPrevia_Max = aux_Max;
//
}
int32_t max[segLen] __attribute__((aligned(64)));
_mm512_store_epi32(max, vMax);
for(int x=1;x<segLen;x++) {
if(max[0] < max[x]) max[0] = max[x];
}
if (max[0] > 32767) max[0] = 32767;
ret_max = max[0];
return ret_max;
}
