gmx_bool gmx_fio_ndoe_gmx_bool(t_fileio *fio, gmx_bool *item, int n,
const char *desc, const char *srcfile, int line)
{
gmx_bool ret=TRUE;
int i,itmp;
gmx_fio_lock(fio);
for(i=0;i<n;i++)
{
if (fio->bRead)
{
ret=ret && fio->iotp->nread(fio, &itmp, 1, eioINT, desc,
srcfile, line);
item[i] = itmp;
}
else
{
itmp = item[i];
ret=ret && fio->iotp->nwrite(fio, &itmp, 1, eioINT, desc,
srcfile, line);
}
}
gmx_fio_unlock(fio);
return ret;
}
/* Stop looping through the open_files. Unlocks the global lock. */
static void gmx_fio_stop_getting_next(t_fileio *fio)
{
gmx_fio_unlock(fio);
#ifdef GMX_THREAD_MPI
tMPI_Thread_mutex_unlock(&open_file_mutex);
#endif
}
/* get the first open file, or NULL if there is none.
Returns a locked fio. */
static t_fileio *gmx_fio_get_first(void)
{
t_fileio *ret;
/* first lock the big open_files mutex and the dummy's mutex */
#ifdef GMX_THREAD_MPI
/* first lock the big open_files mutex. */
tMPI_Thread_mutex_lock(&open_file_mutex);
#endif
gmx_fio_make_dummy();
gmx_fio_lock(open_files);
ret = open_files->next;
/* check whether there were any to begin with */
if (ret == open_files)
{
/* after this, the open_file pointer should never change */
ret = NULL;
}
else
{
gmx_fio_lock(open_files->next);
}
gmx_fio_unlock(open_files);
return ret;
}
int gmx_fio_close(t_fileio *fio)
{
int rc = 0;
/* first lock the big open_files mutex. */
/* We don't want two processes operating on the list at the same time */
tMPI_Thread_mutex_lock(&open_file_mutex);
if (fio->iFTP == efTNG)
{
gmx_incons("gmx_fio_close should not be called on a TNG file");
}
gmx_fio_lock(fio);
/* first remove it from the list */
gmx_fio_remove(fio);
rc = gmx_fio_close_locked(fio);
gmx_fio_unlock(fio);
sfree(fio->fn);
sfree(fio);
tMPI_Thread_mutex_unlock(&open_file_mutex);
return rc;
}
gmx_bool gmx_fio_reade_double(t_fileio *fio, double *item,
const char *desc, const char *srcfile, int line)
{
gmx_bool ret;
gmx_fio_lock(fio);
ret=fio->iotp->nread(fio, item, 1, eioDOUBLE, desc, srcfile, line);
gmx_fio_unlock(fio);
return ret;
}
gmx_bool gmx_fio_nwritee_rvec(t_fileio *fio, const rvec *item, int n,
const char *desc, const char *srcfile, int line)
{
gmx_bool ret;
gmx_fio_lock(fio);
ret=fio->iotp->nwrite(fio, item, n, eioNRVEC, desc, srcfile, line);
gmx_fio_unlock(fio);
return ret;
}
gmx_bool gmx_fio_nwritee_uchar(t_fileio *fio, const unsigned char *item, int n,
const char *desc, const char *srcfile, int line)
{
gmx_bool ret;
gmx_fio_lock(fio);
ret=fio->iotp->nwrite(fio, item, n, eioNUCHAR, desc, srcfile, line);
gmx_fio_unlock(fio);
return ret;
}
gmx_bool gmx_fio_writee_string(t_fileio *fio, const char *item,
const char *desc, const char *srcfile, int line)
{
gmx_bool ret;
gmx_fio_lock(fio);
ret=fio->iotp->nwrite(fio, item, 1, eioSTRING, desc, srcfile, line);
gmx_fio_unlock(fio);
return ret;
}
gmx_bool gmx_fio_writee_ivec(t_fileio *fio, ivec *item,
const char *desc, const char *srcfile, int line)
{
gmx_bool ret;
gmx_fio_lock(fio);
ret=fio->iotp->nwrite(fio, item, 1, eioIVEC, desc, srcfile, line);
gmx_fio_unlock(fio);
return ret;
}
gmx_bool gmx_fio_writee_ushort(t_fileio *fio, unsigned short item,
const char *desc, const char *srcfile, int line)
{
gmx_bool ret;
gmx_fio_lock(fio);
ret=fio->iotp->nwrite(fio, &item, 1, eioUSHORT, desc, srcfile, line);
gmx_fio_unlock(fio);
return ret;
}
gmx_bool gmx_fio_writee_gmx_large_int(t_fileio *fio, gmx_large_int_t item,
const char *desc, const char *srcfile, int line)
{
gmx_bool ret;
gmx_fio_lock(fio);
ret=fio->iotp->nwrite(fio, &item, 1, eioGMX_LARGE_INT, desc, srcfile, line);
gmx_fio_unlock(fio);
return ret;
}
gmx_bool gmx_fio_writee_float(t_fileio *fio, float item,
const char *desc, const char *srcfile, int line)
{
gmx_bool ret;
gmx_fio_lock(fio);
ret=fio->iotp->nwrite(fio, &item, 1, eioFLOAT, desc, srcfile, line);
gmx_fio_unlock(fio);
return ret;
}
gmx_bool gmx_fio_writee_real(t_fileio *fio, real item,
const char *desc, const char *srcfile, int line)
{
gmx_bool ret;
gmx_fio_lock(fio);
ret=fio->iotp->nwrite(fio, &item, 1, eioREAL, desc, srcfile, line);
gmx_fio_unlock(fio);
return ret;
}
gmx_bool gmx_fio_reade_uchar(t_fileio *fio, unsigned char *item,
const char *desc, const char *srcfile, int line)
{
gmx_bool ret;
gmx_fio_lock(fio);
ret=fio->iotp->nread(fio, item, 1, eioUCHAR, desc, srcfile, line);
gmx_fio_unlock(fio);
return ret;
}
gmx_bool gmx_fio_writee_int64(t_fileio *fio, gmx_int64_t item,
const char *desc, const char *srcfile, int line)
{
gmx_bool ret;
gmx_fio_lock(fio);
ret = fio->iotp->nwrite(fio, &item, 1, eioINT64, desc, srcfile, line);
gmx_fio_unlock(fio);
return ret;
}
gmx_bool gmx_fio_reade_int(t_fileio *fio, int *item,
const char *desc, const char *srcfile, int line)
{
gmx_bool ret;
gmx_fio_lock(fio);
ret=fio->iotp->nread(fio, item, 1, eioINT, desc, srcfile, line);
gmx_fio_unlock(fio);
return ret;
}
char *gmx_fio_getname(t_fileio *fio)
{
char *ret;
gmx_fio_lock(fio);
ret = fio->fn;
gmx_fio_unlock(fio);
return ret;
}
int gmx_fio_flush(t_fileio* fio)
{
int ret;
gmx_fio_lock(fio);
ret = gmx_fio_int_flush(fio);
gmx_fio_unlock(fio);
return ret;
}
int gmx_fio_getftp(t_fileio* fio)
{
int ret;
gmx_fio_lock(fio);
ret = fio->iFTP;
gmx_fio_unlock(fio);
return ret;
}
/* remove a t_fileio into the list. We assume the fio is locked, and we leave
it locked.
NOTE: We also assume that the open_file_mutex has been locked */
static void gmx_fio_remove(t_fileio *fio)
{
t_fileio *prev;
/* lock prev, because we're changing it */
gmx_fio_lock(fio->prev);
/* now set the prev's pointer */
fio->prev->next = fio->next;
gmx_fio_unlock(fio->prev);
/* with the next ptr, we can simply lock while the original was locked */
gmx_fio_lock(fio->next);
fio->next->prev = fio->prev;
gmx_fio_unlock(fio->next);
/* and make sure we point nowhere in particular */
fio->next = fio->prev = fio;
}
gmx_bool gmx_fio_getdebug(t_fileio *fio)
{
gmx_bool ret;
gmx_fio_lock(fio);
ret = fio->bDebug;
gmx_fio_unlock(fio);
return ret;
}
int xtc_seek_time(t_fileio *fio, real time, int natoms, gmx_bool bSeekForwardOnly)
{
int ret;
gmx_fio_lock(fio);
ret = xdr_xtc_seek_time(time, fio->fp, fio->xdr, natoms, bSeekForwardOnly);
gmx_fio_unlock(fio);
return ret;
}
int xtc_seek_frame(t_fileio *fio, int frame, int natoms)
{
int ret;
gmx_fio_lock(fio);
ret = xdr_xtc_seek_frame(frame, fio->fp, fio->xdr, natoms);
gmx_fio_unlock(fio);
return ret;
}
gmx_bool gmx_fio_getread(t_fileio* fio)
{
gmx_bool ret;
gmx_fio_lock(fio);
ret = fio->bRead;
gmx_fio_unlock(fio);
return ret;
}
int gmx_fio_fsync(t_fileio *fio)
{
int rc;
gmx_fio_lock(fio);
rc = gmx_fio_int_fsync(fio);
gmx_fio_unlock(fio);
return rc;
}
/*
* fio: file to compute md5 for
* offset: starting pointer of region to use for md5
* digest: return array of md5 sum
*/
int gmx_fio_get_file_md5(t_fileio *fio, gmx_off_t offset,
unsigned char digest[])
{
int ret;
gmx_fio_lock(fio);
ret = gmx_fio_int_get_file_md5(fio, offset, digest);
gmx_fio_unlock(fio);
return ret;
}
gmx_bool gmx_fio_nreade_int(t_fileio *fio, int *item, int n,
const char *desc, const char *srcfile, int line)
{
gmx_bool ret=TRUE;
int i;
gmx_fio_lock(fio);
for(i=0;i<n;i++)
ret=ret && fio->iotp->nread(fio, &(item[i]), 1, eioINT, desc, srcfile, line);
gmx_fio_unlock(fio);
return ret;
}
gmx_bool gmx_fio_nreade_string(t_fileio *fio, char *item[], int n,
const char *desc, const char *srcfile, int line)
{
gmx_bool ret=TRUE;
int i;
gmx_fio_lock(fio);
for(i=0;i<n;i++)
ret=ret && fio->iotp->nread(fio, item[i], 1, eioSTRING, desc, srcfile, line);
gmx_fio_unlock(fio);
return ret;
}
FILE * gmx_fio_fopen(const char *fn, const char *mode)
{
FILE *fp, *ret;
t_fileio *fio;
fio = gmx_fio_open(fn, mode);
gmx_fio_lock(fio);
ret = fio->fp;
gmx_fio_unlock(fio);
return ret;
}
FILE *gmx_fio_getfp(t_fileio *fio)
{
FILE *ret = NULL;
gmx_fio_lock(fio);
if (fio->fp)
{
ret = fio->fp;
}
gmx_fio_unlock(fio);
return ret;
}
