int
profillic_eslx_msafile_Read(ESLX_MSAFILE *afp, ESL_MSA **ret_msa, ProfileType * profile_ptr)
{
ESL_MSA *msa = NULL;
int status = eslOK;
#ifdef eslAUGMENT_SSI
esl_pos_t offset = esl_buffer_GetOffset(afp->bf);
#endif
switch (afp->format) {
case eslMSAFILE_A2M: if ((status = esl_msafile_a2m_Read (afp, &msa)) != eslOK) goto ERROR; break;
case eslMSAFILE_AFA: if ((status = esl_msafile_afa_Read (afp, &msa)) != eslOK) goto ERROR; break;
case eslMSAFILE_CLUSTAL: if ((status = esl_msafile_clustal_Read (afp, &msa)) != eslOK) goto ERROR; break;
case eslMSAFILE_CLUSTALLIKE: if ((status = esl_msafile_clustal_Read (afp, &msa)) != eslOK) goto ERROR; break;
case eslMSAFILE_PFAM: if ((status = esl_msafile_stockholm_Read(afp, &msa)) != eslOK) goto ERROR; break;
case eslMSAFILE_PHYLIP: if ((status = esl_msafile_phylip_Read (afp, &msa)) != eslOK) goto ERROR; break;
case eslMSAFILE_PHYLIPS: if ((status = esl_msafile_phylip_Read (afp, &msa)) != eslOK) goto ERROR; break;
case eslMSAFILE_PSIBLAST: if ((status = esl_msafile_psiblast_Read (afp, &msa)) != eslOK) goto ERROR; break;
case eslMSAFILE_SELEX: if ((status = esl_msafile_selex_Read (afp, &msa)) != eslOK) goto ERROR; break;
case eslMSAFILE_STOCKHOLM: if ((status = esl_msafile_stockholm_Read(afp, &msa)) != eslOK) goto ERROR; break;
case eslMSAFILE_PROFILLIC: if ((status = profillic_esl_msafile_profile_Read(afp, &msa, profile_ptr)) != eslOK) goto ERROR; break;
default: ESL_EXCEPTION(eslEINCONCEIVABLE, "no such msa file format"); break;
}
#ifdef eslAUGMENT_SSI
msa->offset = offset;
#endif
*ret_msa = msa;
return eslOK;
ERROR:
if (msa) esl_msa_Destroy(msa);
*ret_msa = NULL;
return status;
}
static void
read_test_msas_digital(char *a2mfile, char *stkfile)
{
char msg[] = "A2M msa digital read unit test failed";
ESL_ALPHABET *abc = NULL;
ESL_MSAFILE *afp1 = NULL;
ESL_MSAFILE *afp2 = NULL;
ESL_MSA *msa1, *msa2, *msa3, *msa4;
FILE *a2mfp, *stkfp;
char a2mfile2[32] = "esltmpa2m2XXXXXX";
char stkfile2[32] = "esltmpstk2XXXXXX";
if ( esl_msafile_Open(&abc, a2mfile, NULL, eslMSAFILE_A2M, NULL, &afp1) != eslOK) esl_fatal(msg);
if ( !abc || abc->type != eslAMINO) esl_fatal(msg);
if ( esl_msafile_Open(&abc, stkfile, NULL, eslMSAFILE_STOCKHOLM, NULL, &afp2) != eslOK) esl_fatal(msg);
if ( esl_msafile_a2m_Read (afp1, &msa1) != eslOK) esl_fatal(msg);
if ( esl_msafile_stockholm_Read(afp2, &msa2) != eslOK) esl_fatal(msg);
if ( esl_msa_Compare(msa1, msa2) != eslOK) esl_fatal(msg);
if ( esl_msafile_a2m_Read (afp1, &msa3) != eslEOF) esl_fatal(msg);
if ( esl_msafile_stockholm_Read(afp2, &msa3) != eslEOF) esl_fatal(msg);
esl_msafile_Close(afp2);
esl_msafile_Close(afp1);
/* Now write stk to a2m file, and vice versa; then retest */
if ( esl_tmpfile_named(a2mfile2, &a2mfp) != eslOK) esl_fatal(msg);
if ( esl_tmpfile_named(stkfile2, &stkfp) != eslOK) esl_fatal(msg);
if ( esl_msafile_a2m_Write (a2mfp, msa2) != eslOK) esl_fatal(msg);
if ( esl_msafile_stockholm_Write(stkfp, msa1, eslMSAFILE_PFAM) != eslOK) esl_fatal(msg);
fclose(a2mfp);
fclose(stkfp);
if ( esl_msafile_Open(&abc, a2mfile2, NULL, eslMSAFILE_A2M, NULL, &afp1) != eslOK) esl_fatal(msg);
if ( esl_msafile_Open(&abc, stkfile2, NULL, eslMSAFILE_STOCKHOLM, NULL, &afp2) != eslOK) esl_fatal(msg);
if ( esl_msafile_a2m_Read (afp1, &msa3) != eslOK) esl_fatal(msg);
if ( esl_msafile_stockholm_Read(afp2, &msa4) != eslOK) esl_fatal(msg);
if ( esl_msa_Compare(msa3, msa4) != eslOK) esl_fatal(msg);
remove(a2mfile2);
remove(stkfile2);
esl_msafile_Close(afp2);
esl_msafile_Close(afp1);
esl_msa_Destroy(msa1);
esl_msa_Destroy(msa2);
esl_msa_Destroy(msa3);
esl_msa_Destroy(msa4);
esl_alphabet_Destroy(abc);
}
static void
read_test_msas_text(char *a2mfile, char *stkfile)
{
char msg[] = "A2M msa text-mode read unit test failed";
ESL_MSAFILE *afp1 = NULL;
ESL_MSAFILE *afp2 = NULL;
ESL_MSA *msa1, *msa2, *msa3, *msa4;
FILE *a2mfp, *stkfp;
char a2mfile2[32] = "esltmpa2m2XXXXXX";
char stkfile2[32] = "esltmpstk2XXXXXX";
/* vvvv-- everything's the same as the digital utest except these NULLs */
if ( esl_msafile_Open(NULL, a2mfile, NULL, eslMSAFILE_A2M, NULL, &afp1) != eslOK) esl_fatal(msg);
if ( esl_msafile_Open(NULL, stkfile, NULL, eslMSAFILE_STOCKHOLM, NULL, &afp2) != eslOK) esl_fatal(msg);
if ( esl_msafile_a2m_Read (afp1, &msa1) != eslOK) esl_fatal(msg);
if ( esl_msafile_stockholm_Read(afp2, &msa2) != eslOK) esl_fatal(msg);
if ( esl_msa_Compare(msa1, msa2) != eslOK) esl_fatal(msg);
if ( esl_msafile_a2m_Read (afp1, &msa3) != eslEOF) esl_fatal(msg);
if ( esl_msafile_stockholm_Read(afp2, &msa3) != eslEOF) esl_fatal(msg);
esl_msafile_Close(afp2);
esl_msafile_Close(afp1);
if ( esl_tmpfile_named(a2mfile2, &a2mfp) != eslOK) esl_fatal(msg);
if ( esl_tmpfile_named(stkfile2, &stkfp) != eslOK) esl_fatal(msg);
if ( esl_msafile_a2m_Write (a2mfp, msa2) != eslOK) esl_fatal(msg);
if ( esl_msafile_stockholm_Write(stkfp, msa1, eslMSAFILE_PFAM) != eslOK) esl_fatal(msg);
fclose(a2mfp);
fclose(stkfp);
if ( esl_msafile_Open(NULL, a2mfile2, NULL, eslMSAFILE_A2M, NULL, &afp1) != eslOK) esl_fatal(msg);
if ( esl_msafile_Open(NULL, stkfile2, NULL, eslMSAFILE_STOCKHOLM, NULL, &afp2) != eslOK) esl_fatal(msg);
if ( esl_msafile_a2m_Read (afp1, &msa3) != eslOK) esl_fatal(msg);
if ( esl_msafile_stockholm_Read(afp2, &msa4) != eslOK) esl_fatal(msg);
if ( esl_msa_Compare(msa3, msa4) != eslOK) esl_fatal(msg);
remove(a2mfile2);
remove(stkfile2);
esl_msafile_Close(afp2);
esl_msafile_Close(afp1);
esl_msa_Destroy(msa1);
esl_msa_Destroy(msa2);
esl_msa_Destroy(msa3);
esl_msa_Destroy(msa4);
}
