int init_matrix_from_file(struct Matrix* m, const char* f) {
if (0 != get_matrix_size(m, f)) {
return -1;
}
m->m = (double**)malloc(sizeof(double*) * m->row);
int ii = 0;
for (ii = 0; ii < m->row; ++ii) {
m->m[ii] = malloc(sizeof(double) * m->col);
}
FILE* fp = fopen(f, "r");
if (NULL == fp) {
printf("can't open file!\n");
return -1;
}
char* line = NULL;
size_t linecap = 0;
ssize_t linelen = 0;
int i = 0;
int j = 0;
while ((linelen = getline(&line, &linecap, fp)) > 0) {
char* tmp = line;
j = 0;
while ((tmp = strtok(tmp, " ")) != NULL)
{
m->m[i][j] = atof(tmp);
tmp = NULL;
j++;
}
i++;
}
fclose(fp);
return 0;
}
void DiscreteProblem::create_matrix()
{
// remove any previous matrix
free_matrix_indices();
free_matrix_values();
// calculate the total number of DOFs
ndofs = 0;
for (int i = 0; i < neq; i++)
ndofs += spaces[i]->get_num_dofs();
if (!quiet) verbose("Ndofs: %d", ndofs);
if (!ndofs) return;
// get row and column indices of nonzero matrix elements
Page** pages = new Page*[ndofs];
memset(pages, 0, sizeof(Page*) * ndofs);
if (!quiet) { verbose("Calculating matrix sparse structure..."); begin_time(); }
precalculate_sparse_structure(pages);
// initialize the arrays Ap and Ai
Ap = (int*) malloc(sizeof(int) * (ndofs+1));
int aisize = get_num_indices(pages, ndofs);
Ai = (int*) malloc(sizeof(int) * aisize);
if (Ai == NULL) error("Out of memory. Could not allocate the array Ai.");
// sort the indices and remove duplicities, insert into Ai
int i, pos = 0, num;
for (i = 0; i < ndofs; i++)
{
Ap[i] = pos;
pos += sort_and_store_indices(pages[i], Ai + pos, Ai + aisize);
}
Ap[i] = pos;
if (!quiet) verbose(" Nonzeros: %d\n Total matrix size: %0.1lf MB\n (time: %g sec)",
pos, (double) get_matrix_size() / (1024*1024), end_time());
delete [] pages;
// shrink Ai to the actual size
int* oldAi = Ai;
Ai = (int*) realloc(Ai, sizeof(int) * pos);
if (oldAi != Ai) warn("Realloc moved Ai when shrinking."); // this should not happen
// UMFPACK: perform symbolic analysis of the matrix
if (!quiet) { verbose("Performing UMFPACK symbolic analysis..."); begin_time(); }
int status = umfpack_symbolic(ndofs, ndofs, Ap, Ai, NULL, &Symbolic, NULL, NULL);
if (status != UMFPACK_OK) umfpack_status(status);
if (!quiet) verbose(" (time: %g sec)", end_time());
equi = (double*) malloc(sizeof(double) * ndofs);
if (equi == NULL) error("Out of memory. Error allocating the equilibration vector.");
for (int i = 0; i < ndofs; i++)
equi[i] = 1.0;
is_equi = false;
}
int main(int argc, char* argv[])
{
/* Start the timer */
uglyTime(NULL);
printf("\nQUBIC %.1f: greedy biclustering (compiled "__DATE__" "__TIME__")\n\n", VER);
rows = cols = 0;
/* get the program options defined in get_options.c */
get_options(argc, argv);
/*get the size of input expression matrix*/
get_matrix_size(po->FP);
progress("File %s contains %d genes by %d conditions", po -> FN, rows, cols);
if (rows < 3 || cols < 3)
{
/*neither rows number nor cols number can be too small*/
errAbort("Not enough genes or conditions to make inference");
}
genes = alloc2c(rows, LABEL_LEN);
conds = alloc2c(cols, LABEL_LEN);
/* Read in the gene names and condition names */
read_labels(po -> FP);
/* Read in the expression data */
if (po->IS_DISCRETE)
read_discrete(po -> FP);
else
{
read_continuous(po -> FP);
/* formatting rules */
discretize(addSuffix(po->FN, ".rules"));
}
fclose(po->FP);
/*we can do expansion by activate po->IS_SWITCH*/
if (po->IS_SWITCH)
{
read_and_solve_blocks(po->FB, addSuffix(po->BN, ".expansion"));
}
else
{
/* formatted file */
write_imported(addSuffix(po->FN, ".chars"));
/* the file that stores all blocks */
make_graph(addSuffix(po->FN, ".blocks"));
}/* end of main else */
free(po);
return 0;
}
void main(int argc, char **argv) {
FILE *file, *fout, *mask_file; // arquivos de entrada e saída
char line[MAX], header_type[MAX]; // strings
int matrix_width, matrix_height, grayscale, weight, soma, mask_size; // colunas, linhas, escala de cinza, weight da máscara, soma dos elementos
int i, j, w, z, x, y; // contadores e auxiliares
int **array, **output, **mask; // matriz da imagem original, matriz da imagem de saída, matriz da mascara
int c, r = 0; // colunas, linhas
// verifica se os argumentos foram passados corretamente
if (argc != 5 && argc != 4) {
printf(
"Os argumentos foram passados incorretamente. Por favor, consulte a documentação.");
exit(EXIT_FAILURE);
} else {
if (!(file = fopen(argv[1], "r"))) {
printf("Não foi possível abrir a imagem.");
exit(EXIT_FAILURE);
}
if (!(fout = fopen(argv[argc - 1], "w+"))) {
printf("Não foi possível abrir a imagem.");
exit(EXIT_FAILURE);
}
}
// se for utilizado o filtro de média, abre a imagem
if (argc == 4) {
if (!(mask_file = fopen(argv[2], "r"))) {
printf("Não foi possível abrir a máscara.");
exit(EXIT_FAILURE);
}
}
// tipo da imagem: P5 ou P2
get_image_type(file, &header_type);
// tamanho da matrix: col lin
get_matrix_size(file, &matrix_width, &matrix_height);
// maior valor da escala de cinza
get_grayscale(file, &grayscale);
// verifica se o nível de cinza é o permitido
if (grayscale > MAX_GRAYSCALE) {
printf("O valor da escala de cinza é maior do que o permitido.");
exit(EXIT_FAILURE);
}
// escreve o cabeçalho da imagem no arquivo
write_image_header(fout, header_type, matrix_width, matrix_height,
grayscale);
// aloca memória para a imagem de saída
output = (int **) (mallocc(sizeof(int *) * matrix_height));
for (i = 0; i < matrix_height; i++) {
output[i] = (int *) (mallocc(sizeof(int) * matrix_width));
}
// copia o corpo da imagem para a matriz
array = read_matrix_elements(file, matrix_width, matrix_height);
output = read_matrix_elements(file, matrix_width, matrix_height);
// filtro da média
mask_size = get_mask_size(mask_file);
if(argc == 4){
// aloca memória para a imagem de saída
mask = (int **) (mallocc(sizeof(int *) * mask_size));
for (i = 0; i < mask_size; i++) {
mask[i] = (int *) (mallocc(sizeof(int) * mask_size));
}
// passa os elementos do arquivo para uma array
mask = read_matrix_elements(mask_file, mask_size, mask_size);
// verifica se o tamanho da mascara está correto
if ((mask_size % 2 == 0) || mask_size < 3) {
printf("Tamanho da máscara incorreto.");
exit(EXIT_FAILURE);
}
// calcula o weight da máscara
for (i = 0; i < mask_size; i++) {
for (j = 0; j < mask_size; j++) {
weight = weight + mask[i][j];
}
}
// aplica o filtro
media( matrix_height, matrix_width, mask_size, weight, array, output );
} else
mediana(matrix_height, matrix_width, mask_size, array, output);
// grava imagem
write_image_body(fout, matrix_width, matrix_height, output);
// libera a memória alocada
free(array);
free(output);
// fecha o buffer dos arquivos
fclose(file);
fclose(fout);
return;
}
