C++ (Cpp) torsionAngleRadians Exemples

Exemple #1

Fichier : oplscalculation.cpp Projet : de4sh/chemkit

std::vector<chemkit::Vector3> OplsTorsionCalculation::gradient() const
{
    const chemkit::ForceFieldAtom *a = atom(0);
    const chemkit::ForceFieldAtom *b = atom(1);
    const chemkit::ForceFieldAtom *c = atom(2);
    const chemkit::ForceFieldAtom *d = atom(3);

    chemkit::Float v1 = parameter(0);
    chemkit::Float v2 = parameter(1);
    chemkit::Float v3 = parameter(2);

    chemkit::Float phi = torsionAngleRadians(a, b, c, d);

    // dE/dphi
    chemkit::Float de_dphi = (1.0/2.0) * (-v1 * sin(phi) + 2.0 * v2 * sin(2.0 * phi) - 3.0 * v3 * sin(3.0 * phi));

    std::vector<chemkit::Vector3> gradient = torsionAngleGradientRadians(a, b, c, d);

    gradient[0] *= de_dphi;
    gradient[1] *= de_dphi;
    gradient[2] *= de_dphi;
    gradient[3] *= de_dphi;

    return gradient;
}

Exemple #2

Fichier : uffcalculation.cpp Projet : armando-2011/chemkit

std::vector<chemkit::Vector3> UffTorsionCalculation::gradient() const
{
    const chemkit::ForceFieldAtom *a = atom(0);
    const chemkit::ForceFieldAtom *b = atom(1);
    const chemkit::ForceFieldAtom *c = atom(2);
    const chemkit::ForceFieldAtom *d = atom(3);

    chemkit::Real V = parameter(0);
    chemkit::Real n = parameter(1);
    chemkit::Real phi0 = parameter(2);

    chemkit::Real phi = torsionAngleRadians(a, b, c, d);

    // dE/dphi
    chemkit::Real de_dphi = 0.5 * V * n * cos(n * phi0) * sin(n * phi);

    std::vector<chemkit::Vector3> gradient = torsionAngleGradientRadians(a, b, c, d);

    gradient[0] *= de_dphi;
    gradient[1] *= de_dphi;
    gradient[2] *= de_dphi;
    gradient[3] *= de_dphi;

    return gradient;
}

Exemple #3

Fichier : oplscalculation.cpp Projet : de4sh/chemkit

chemkit::Float OplsTorsionCalculation::energy() const
{
    const chemkit::ForceFieldAtom *a = atom(0);
    const chemkit::ForceFieldAtom *b = atom(1);
    const chemkit::ForceFieldAtom *c = atom(2);
    const chemkit::ForceFieldAtom *d = atom(3);

    chemkit::Float v1 = parameter(0);
    chemkit::Float v2 = parameter(1);
    chemkit::Float v3 = parameter(2);

    chemkit::Float phi = torsionAngleRadians(a, b, c, d);

    return (1.0/2.0) * (v1 * (1.0 + cos(phi)) + v2 * (1.0 - cos(2.0 * phi)) + v3 * (1.0 + cos(3.0 * phi)));
}

Exemple #4

Fichier : mmffcalculation.cpp Projet : armando-2011/chemkit

chemkit::Real MmffTorsionCalculation::energy() const
{
    const MmffAtom *a = atom(0);
    const MmffAtom *b = atom(1);
    const MmffAtom *c = atom(2);
    const MmffAtom *d = atom(3);

    chemkit::Real angle = torsionAngleRadians(a, b, c, d);
    chemkit::Real V1 = parameter(0);
    chemkit::Real V2 = parameter(1);
    chemkit::Real V3 = parameter(2);

    // equation 7
    return 0.5 * (V1 * (1.0 + cos(angle)) + V2 * (1.0 - cos(2.0 * angle)) + V3 * (1.0 + cos(3.0 * angle)));
}

Exemple #5

Fichier : uffcalculation.cpp Projet : armando-2011/chemkit

chemkit::Real UffTorsionCalculation::energy() const
{
    const chemkit::ForceFieldAtom *a = atom(0);
    const chemkit::ForceFieldAtom *b = atom(1);
    const chemkit::ForceFieldAtom *c = atom(2);
    const chemkit::ForceFieldAtom *d = atom(3);

    chemkit::Real V = parameter(0);
    chemkit::Real n = parameter(1);
    chemkit::Real phi0 = parameter(2);

    chemkit::Real phi = torsionAngleRadians(a, b, c, d);

    return 0.5 * V * (1 - cos(n * phi0) * cos(n * phi));
}

Exemple #6

Fichier : mmffcalculation.cpp Projet : armando-2011/chemkit

std::vector<chemkit::Vector3> MmffTorsionCalculation::gradient() const
{
    const MmffAtom *a = atom(0);
    const MmffAtom *b = atom(1);
    const MmffAtom *c = atom(2);
    const MmffAtom *d = atom(3);

    chemkit::Real phi = torsionAngleRadians(a, b, c, d);
    chemkit::Real V1 = parameter(0);
    chemkit::Real V2 = parameter(1);
    chemkit::Real V3 = parameter(2);

    // dE/dphi
    chemkit::Real de_dphi = 0.5 * (-V1 * sin(phi) + 2 * V2 * sin(2 * phi) - 3 * V3 * sin(3 * phi));

    std::vector<chemkit::Vector3> gradient = torsionAngleGradientRadians(a, b, c, d);

    gradient[0] *= de_dphi;
    gradient[1] *= de_dphi;
    gradient[2] *= de_dphi;
    gradient[3] *= de_dphi;

    return gradient;
}