/*generic IO function for one condenseq unique entry*/
static int condenseq_uniqueentry_io(GtCondenseqUnique* unique,
FILE* fp,
GtIOFunc io_func,
GtError *err)
{
int had_err = 0;
gt_assert (unique != NULL);
had_err = gt_condenseq_io_one(unique->orig_startpos);
if (!had_err)
had_err = gt_condenseq_io_one(unique->len);
return had_err;
}
/*generic IO function for one condenseq link entry*/
static int condenseq_linkentry_io(GtCondenseqLink* link,
FILE* fp,
GtIOFunc io_func,
GtError *err)
{
int had_err = 0;
gt_assert (link != NULL);
had_err = gt_condenseq_io_one(link->orig_startpos);
if (!had_err)
had_err = gt_condenseq_io_one(link->len);
if (!had_err)
had_err = gt_condenseq_io_one(link->unique_id);
if (!had_err)
had_err = gt_condenseq_io_one(link->unique_offset);
if (!had_err) {
link->editscript = gt_editscript_io(link->editscript, fp, err);
if (link->editscript == NULL) {
had_err = 1;
}
}
return had_err;
}
/*generic IO function for condenseq data structure*/
static int condenseq_io(GtCondenseq *condenseq,
FILE* fp,
GtIOFunc io_func,
GtError *err)
{
int had_err = 0;
int file_format = GT_CONDENSEQ_VERSION;
GtUword idx;
had_err = gt_condenseq_io_one(condenseq->orig_length);
if (!had_err)
had_err = gt_condenseq_io_one(file_format);
if (!had_err && file_format != GT_CONDENSEQ_VERSION) {
gt_error_set(err, "condenseq index is format version %d, current is "
"%d -- please re-encode",
file_format, GT_CONDENSEQ_VERSION);
had_err = -1;
}
if (!had_err)
had_err = gt_condenseq_io_one(condenseq->orig_num_seq);
if (!had_err)
had_err = gt_condenseq_io_one(condenseq->ldb_nelems);
if (!had_err) {
gt_assert(condenseq->ldb_nelems > 0);
if (condenseq->links == NULL) {
condenseq->links = gt_calloc((size_t) condenseq->ldb_nelems,
sizeof (*condenseq->links));
condenseq->ldb_allocated = condenseq->ldb_nelems;
}
had_err = gt_condenseq_io_one(condenseq->udb_nelems);
}
if (!had_err) {
gt_assert(condenseq->udb_nelems > 0);
if (condenseq->uniques == NULL) {
condenseq->uniques = gt_malloc(sizeof (*condenseq->uniques) *
condenseq->udb_nelems );
condenseq->udb_allocated = condenseq->udb_nelems;
}
}
for (idx = 0; !had_err && idx < condenseq->ldb_nelems; idx++) {
had_err = condenseq_linkentry_io(&condenseq->links[idx], fp, io_func, err);
}
for (idx = 0; !had_err && idx < condenseq->udb_nelems; idx++) {
had_err = condenseq_uniqueentry_io(&condenseq->uniques[idx], fp, io_func,
err);
}
if (!had_err && condenseq->orig_num_seq > (GtUword) 1) {
condenseq->ssptab = gt_intset_io(condenseq->ssptab, fp, err);
if (condenseq->ssptab == NULL)
had_err = 1;
}
if (!had_err)
had_err = gt_condenseq_io_one(condenseq->id_len);
if (!had_err) {
if (condenseq->id_len == GT_UNDEF_UWORD) {
condenseq->sdstab = gt_intset_io(condenseq->sdstab, fp, err);
if (condenseq->sdstab == NULL)
had_err = 1;
}
}
if (!had_err)
had_err = gt_condenseq_io_one(condenseq->ids_total_len);
if (!had_err) {
condenseq->orig_ids = gt_realloc(condenseq->orig_ids,
(size_t) condenseq->ids_total_len);
had_err = io_func(condenseq->orig_ids, sizeof (*condenseq->orig_ids),
(size_t) condenseq->ids_total_len, fp, err);
}
return had_err;
}
static int condenseq_io(GtCondenseq *condenseq,
FILE* fp,
GtIOFunc io_func,
GtError *err)
{
int had_err = 0;
int file_format = GT_CONDENSEQ_VERSION;
GtUword idx;
had_err = gt_condenseq_io_one(condenseq->orig_length);
if (!had_err)
had_err = gt_condenseq_io_one(file_format);
if (!had_err && file_format != GT_CONDENSEQ_VERSION) {
gt_error_set(err, "condenseq index is format version %d, current is "
"%d -- please re-encode",
file_format, GT_CONDENSEQ_VERSION);
had_err = -1;
}
if (!had_err)
had_err = gt_condenseq_io_one(condenseq->orig_num_seq);
if (!had_err)
had_err = gt_condenseq_io_one(condenseq->ldb_nelems);
if (!had_err) {
if (condenseq->ldb_nelems == 0) {
gt_warning("compression of condenseq did not succeed in finding any "
"compressable similarities, maybe the input is to small or "
"the chosen parameters should be reconsidered.");
}
if (condenseq->links == NULL) {
condenseq->links = gt_calloc((size_t) condenseq->ldb_nelems,
sizeof (*condenseq->links));
condenseq->ldb_allocated = condenseq->ldb_nelems;
}
had_err = gt_condenseq_io_one(condenseq->udb_nelems);
}
if (!had_err) {
gt_assert(condenseq->udb_nelems > 0);
if (condenseq->uniques == NULL) {
condenseq->uniques = gt_malloc(sizeof (*condenseq->uniques) *
condenseq->udb_nelems );
condenseq->udb_allocated = condenseq->udb_nelems;
}
}
for (idx = 0; !had_err && idx < condenseq->ldb_nelems; idx++) {
had_err = condenseq_linkentry_io(&condenseq->links[idx], fp, io_func, err);
}
for (idx = 0; !had_err && idx < condenseq->udb_nelems; idx++) {
had_err = condenseq_uniqueentry_io(&condenseq->uniques[idx], fp, io_func,
err);
}
if (!had_err && condenseq->orig_num_seq > (GtUword) 1) {
condenseq->ssptab = gt_intset_io(condenseq->ssptab, fp, err);
if (condenseq->ssptab == NULL)
had_err = 1;
}
if (!had_err)
had_err = gt_condenseq_io_one(condenseq->id_len);
if (!had_err) {
if (condenseq->id_len == GT_UNDEF_UWORD) {
condenseq->sdstab = gt_intset_io(condenseq->sdstab, fp, err);
if (condenseq->sdstab == NULL)
had_err = 1;
}
}
if (!had_err)
had_err = gt_condenseq_io_one(condenseq->ids_total_len);
if (!had_err) {
condenseq->orig_ids = gt_realloc(condenseq->orig_ids,
(size_t) condenseq->ids_total_len);
had_err = io_func(condenseq->orig_ids, sizeof (*condenseq->orig_ids),
(size_t) condenseq->ids_total_len, fp, err);
}
return had_err;
}
