C++ (Cpp) HWE_EMの例

コード例 #1

ファイル: analysisHWE.cpp プロジェクト: libor-m/angsd

void hwe::estHWE(double *x,double *loglike,int nInd){
  double l=HWE_like(x,loglike,nInd);
  int iter=50;
  double d=l;
  int printer=0;
  for(int i=0;i<iter;i++){
    HWE_EM(x,loglike,nInd);
    l=HWE_like(x,loglike,nInd);
    if(d>l+0.01){
      //   fprintf(stderr,"d %f\tl %f\n",d,l);
      printer=1;
    }
    d=l;
  }
  if(printer & 0){
    x[0]=0.05;
    x[1]=0.05;
    l=HWE_like(x,loglike,nInd);
    for(int i=0;i<iter;i++){
      fprintf(stderr,"like %d\t%f\tf %f\tF %f\t%d\n",i,l,x[0],x[1],nInd);
      HWE_EM(x,loglike,nInd);
      l=HWE_like(x,loglike,nInd);
    }

    for(int ind=0;ind<nInd;ind++){
      fprintf(stdout,"likes %f, %f, %f\n",loglike[ind*3+0],loglike[ind*3+1],loglike[ind*3+2]);
    }
    fflush(stderr);
    exit(0);

  }

  //print here
  //  fprintf(stderr,"like %d\t%f\tf %f\tF %f\t%d\n",iter,l,x[0],x[1],nInd);
}

コード例 #2

ファイル: abcHWE.cpp プロジェクト: rafalcode/angsd

void abcHWE::estHWE(double *x,double *loglike,int nInd){

  double y[2];// = new double[2];
  y[0] = x[0]+2;
  y[1] = x[1]+2;
  int iter=50;
  double dif;
  //fprintf(stderr,"%f\n",differ(x,y));
  int printer=0;
  for(int i=0;i<iter;i++){
    HWE_EM(x,loglike,nInd);
    dif = differ(x,y);
    // fprintf(stderr,"%f\n",dif);
    if(dif<tolStop)
      break;
    y[0] = x[0];
    y[1] = x[1];

  }

}