static void remap_read_equiv(AjPFile *equfile, AjPTable *table,
AjBool commercial)
{
AjPStr line;
AjPStr key;
AjPStr value;
const char *p;
line = ajStrNew();
while(ajReadlineTrim(*equfile,&line))
{
p = ajStrGetPtr(line);
if(!*p || *p=='#' || *p=='!')
continue;
p = ajSysFuncStrtok(p," \t\n");
key = ajStrNewC(p);
p = ajSysFuncStrtok(NULL," \t\n");
value = ajStrNewC(p);
if(!commercial)
ajStrTrimEndC(&value,"*");
ajTablePut(*table,(void *)key, (void *)value);
}
ajFileClose(equfile);
ajStrDel(&line);
return;
}
AjBool embPropGetProperties(const EmbPPropAmino prop, AjPStr* Pstr)
{
ajStrAssignC(Pstr, "");
if(prop->tiny)
ajStrAppendC(Pstr, "tiny,");
if(prop->sm_all)
ajStrAppendC(Pstr, "small,");
if(prop->aliphatic)
ajStrAppendC(Pstr, "aliphatic,");
if(prop->aromatic)
ajStrAppendC(Pstr, "aromatic,");
if(prop->polar)
ajStrAppendC(Pstr, "polar,");
if(prop->nonpolar)
ajStrAppendC(Pstr, "nonpolar,");
ajStrTrimEndC(Pstr, ",");
if(!ajStrGetLen(*Pstr))
return ajFalse;
return ajTrue;
}
static AjBool dbxflat_ParseEmbl(EmbPBtreeEntry entry, AjPFile inf)
{
AjPStr line = NULL;
ajlong pos = 0L;
line = ajStrNewC("");
while(!ajStrPrefixC(line,"//"))
{
pos = ajFileResetPos(inf);
if(!ajReadlineTrim(inf,&line))
{
ajStrDel(&line);
return ajFalse;
}
if(ajStrPrefixC(line,"ID"))
{
entry->fpos = pos;
ajFmtScanS(line,"%*S%S",&entry->id);
ajStrTrimEndC(&entry->id, ";");
/*
++global;
printf("%d. %s\n",global,ajStrGetPtr(entry->id));
*/
if(svfield)
embBtreeEmblSV(line,svfield->data);
}
if(svfield)
if(ajStrPrefixC(line,"SV") ||
ajStrPrefixC(line,"IV")) /* emblcds database format */
embBtreeEmblAC(line,svfield->data);
if(accfield)
if(ajStrPrefixC(line,"AC") ||
ajStrPrefixC(line,"PA")) /* emblcds database format */
embBtreeEmblAC(line,accfield->data);
if(keyfield)
if(ajStrPrefixC(line,"KW"))
embBtreeEmblKW(line,keyfield->data,keyfield->len);
if(desfield)
if(ajStrPrefixC(line,"DE"))
embBtreeEmblDE(line,desfield->data,desfield->len);
if(orgfield)
if(ajStrPrefixC(line,"OC") || ajStrPrefixC(line,"OS"))
embBtreeEmblTX(line,orgfield->data,orgfield->len);
}
ajStrDel(&line);
return ajTrue;
}
static AjBool dbxflat_ParseEmbl(EmbPBtreeEntry entry, AjPFile inf)
{
AjPStr line = NULL;
ajlong pos = 0L;
line = ajStrNewC("");
while(!ajStrPrefixC(line,"//"))
{
pos = ajFileResetPos(inf);
if(!ajReadlineTrim(inf,&line))
{
ajStrDel(&line);
return ajFalse;
}
if(ajStrPrefixC(line,"ID"))
{
entry->fpos = pos;
ajFmtScanS(line,"%*S%S",&entry->id);
ajStrTrimEndC(&entry->id, ";");
/*
++global;
printf("%d. %s\n",global,ajStrGetPtr(entry->id));
*/
if(entry->do_sv)
embBtreeEmblSV(line,entry->sv);
}
if(entry->do_sv)
if(ajStrPrefixC(line,"SV") ||
ajStrPrefixC(line,"IV")) /* emblcds database format */
embBtreeEmblAC(line,entry->sv);
if(entry->do_accession)
if(ajStrPrefixC(line,"AC") ||
ajStrPrefixC(line,"PA")) /* emblcds database format */
embBtreeEmblAC(line,entry->ac);
if(entry->do_keyword)
if(ajStrPrefixC(line,"KW"))
embBtreeEmblKW(line,entry->kw,entry->kwlen);
if(entry->do_description)
if(ajStrPrefixC(line,"DE"))
embBtreeEmblDE(line,entry->de,entry->delen);
if(entry->do_taxonomy)
if(ajStrPrefixC(line,"OC") || ajStrPrefixC(line,"OS"))
embBtreeEmblTX(line,entry->tx,entry->txlen);
}
ajStrDel(&line);
return ajTrue;
}
