C++ (Cpp) aminoacid_from_codonの例

コード例 #1

ファイル: codonmapper.c プロジェクト: mrmckain/RefTrans

void show_CodonFrequency(CodonFrequency * cf,CodonTable * ct,FILE * ofp)
{
  int i;

  for(i=0;i<64;i++)
    fprintf(ofp,"[%3d][%c] %.2f\n",i,aminoacid_from_codon(ct,codon_from_base4_codon(i)),cf->freq[i]);

}

コード例 #2

ファイル: codon.c プロジェクト: LilaJansen/bioperl-ext

char * alloc_aminoacid_from_seq(CodonTable * ct,char * seq)
{
  char buf[2];

  buf[1] = '\0';

  buf[0] = aminoacid_from_codon(ct,codon_from_seq(seq));

  return stringalloc(buf);
}

コード例 #3

ファイル: codonmatrix.c プロジェクト: mrmckain/RefTrans

    void show_CodonMatrixScore(CodonMatrixScore * cms,CodonTable * ct,FILE * ofp)
    {
        int i;
        int j;

        for(i=0; i<125; i++)
            for(j=0; j<125; j++) {
                fprintf(ofp,"%5d %c :%5d %c Score %5d\n",i,aminoacid_from_codon(ct,i),j,aminoacid_from_codon(ct,j),cms->score[i][j]);
            }

    }

コード例 #4

ファイル: codon.c プロジェクト: LilaJansen/bioperl-ext

boolean is_stop_codon(codon c,CodonTable * ct)
{
  aa a;

  a = aminoacid_from_codon(ct,c);

  if( a == 'X' || a == '*') {
    return TRUE;
  }

  return FALSE;
}

コード例 #5

ファイル: codonmapper.c プロジェクト: mrmckain/RefTrans

void show_CodonMapper(CodonMapper * cm,FILE * ofp)
{
  register int i;
  register int j;

  for(i=0;i<125;i++) { 
    fprintf(ofp,"[%3d][%c] %.2f",i,aminoacid_from_codon(cm->ct,i),cm->codon_map[i][0]);
    for(j=1;j<26;j++) 
      fprintf(ofp,",%.2f",cm->codon_map[i][j]);
    fprintf(ofp,"\n");
  }

}

コード例 #6

ファイル: genestats.c プロジェクト: PlantandFoodResearch/wise2

RandomCodon * vanilla_stop_RandomCodon(CodonTable * ct,Probability stop_codon_odd_prob)
{
  int i;
  RandomCodon * out;

  out = RandomCodon_alloc();
  
  for(i=0;i<125;i++) {
    if( aminoacid_from_codon(ct,i) == 'X' ) {
      out->codon[i] = stop_codon_odd_prob;
    } else {
      out->codon[i] = 0.0;
    }
  }
  return out;
}

コード例 #7

ファイル: codon.c プロジェクト: LilaJansen/bioperl-ext

aa aminoacid_from_seq(CodonTable * ct,char * seq)
{
  return aminoacid_from_codon(ct,codon_from_seq(seq));
}