C++ (Cpp) getReferencePositionsの例

コード例 #1

ファイル: OptimalRMSD.cpp プロジェクト: OndrejMarsalek/plumed2

double OptimalRMSD::calc( const std::vector<Vector>& pos, const bool& squared ){
  if( fast ){
     if( getAlign()==getDisplace() ) return myrmsd.optimalAlignment<false,true>(getAlign(),getDisplace(),pos,getReferencePositions(),atom_ders,squared); 
     return myrmsd.optimalAlignment<false,false>(getAlign(),getDisplace(),pos,getReferencePositions(),atom_ders,squared);
  } else {
     if( getAlign()==getDisplace() ) return myrmsd.optimalAlignment<true,true>(getAlign(),getDisplace(),pos,getReferencePositions(),atom_ders,squared);
     return myrmsd.optimalAlignment<true,false>(getAlign(),getDisplace(),pos,getReferencePositions(),atom_ders,squared);
  }
}

コード例 #2

ファイル: SimpleRMSD.cpp プロジェクト: edoardob90/plumed2

double SimpleRMSD::calc( const std::vector<Vector>& pos, ReferenceValuePack& myder, const bool& squared ) const {
  if( myder.getAtomsDisplacementVector().size()!=pos.size() ) myder.getAtomsDisplacementVector().resize( pos.size() );
  double d=myrmsd.simpleAlignment( getAlign(), getDisplace(), pos, getReferencePositions(), myder.getAtomVector(), myder.getAtomsDisplacementVector(), squared );
  myder.clear(); for(unsigned i=0;i<pos.size();++i) myder.setAtomDerivatives( i, myder.getAtomVector()[i] );
  if( !myder.updateComplete() ) myder.updateDynamicLists();
  return d;
}

コード例 #3

ファイル: OptimalRMSD.cpp プロジェクト: epfl-cosmo/plumed2

double OptimalRMSD::calc( const std::vector<Vector>& pos, ReferenceValuePack& myder, const bool& squared ) const {
  double d;
  if( myder.calcUsingPCAOption() ) {
    std::vector<Vector> centeredreference( getNumberOfAtoms () );
    d=myrmsd.calc_PCAelements(pos,myder.getAtomVector(),myder.rot[0],myder.DRotDPos,myder.getAtomsDisplacementVector(),myder.centeredpos,centeredreference,squared);
    unsigned nat = pos.size();
    for(unsigned i=0; i<nat; ++i) { myder.getAtomsDisplacementVector()[i] -= getReferencePosition(i); myder.getAtomsDisplacementVector()[i] *= getDisplace()[i]; }
  } else if( fast ) {
    if( getAlign()==getDisplace() ) d=myrmsd.optimalAlignment<false,true>(getAlign(),getDisplace(),pos,getReferencePositions(),myder.getAtomVector(),squared);
    else d=myrmsd.optimalAlignment<false,false>(getAlign(),getDisplace(),pos,getReferencePositions(),myder.getAtomVector(),squared);
  } else {
    if( getAlign()==getDisplace() ) d=myrmsd.optimalAlignment<true,true>(getAlign(),getDisplace(),pos,getReferencePositions(),myder.getAtomVector(),squared);
    else d=myrmsd.optimalAlignment<true,false>(getAlign(),getDisplace(),pos,getReferencePositions(),myder.getAtomVector(),squared);
  }
  myder.clear(); for(unsigned i=0; i<pos.size(); ++i) myder.setAtomDerivatives( i, myder.getAtomVector()[i] );
  if( !myder.updateComplete() ) myder.updateDynamicLists();
  return d;
}

コード例 #4

ファイル: SimpleRMSD.cpp プロジェクト: edoardob90/plumed2

void SimpleRMSD::extractAtomicDisplacement( const std::vector<Vector>& pos, const bool& anflag, std::vector<Vector>& direction ) const {
  std::vector<Vector> tder( getNumberOfAtoms() );
  double d=myrmsd.simpleAlignment( getAlign(), getDisplace(), pos, getReferencePositions(), tder, direction, true );
  double scale=1.0; if( anflag ) scale = 1.0 / static_cast<double>( pos.size() );
  for(unsigned i=0;i<pos.size();++i) direction[i] = scale*direction[i];
}

コード例 #5

ファイル: SimpleRMSD.cpp プロジェクト: whitead/plumed2

double SimpleRMSD::calc( const std::vector<Vector>& pos, const bool& squared ){
  return myrmsd.simpleAlignment( getAlign(), getDisplace(), pos, getReferencePositions(), atom_ders, displacement, squared );
}