C++ (Cpp) gt_md5_tab_getの例

コード例 #1

ファイル: bioseq.c プロジェクト: ggonnella/genometools

const char* gt_bioseq_get_md5_fingerprint(GtBioseq *bs, GtUword idx)
{
  gt_assert(bs && idx < gt_bioseq_number_of_sequences(bs));
  if (!bs->md5_tab) {
    bs->md5_tab = gt_encseq_get_md5_tab(bs->encseq, NULL);
  }
  gt_assert(gt_md5_tab_get(bs->md5_tab, idx));
  return gt_md5_tab_get(bs->md5_tab, idx);
}

コード例 #2

ファイル: md5_tab.c プロジェクト: AlexWoroschilow/uni_hamburg

static void build_md5map(GtMD5Tab *md5_tab)
{
  GtUword i;
  gt_assert(md5_tab);
  md5_tab->md5map = gt_hashmap_new(GT_HASH_STRING, NULL, NULL);
  for (i = 0; i < md5_tab->num_of_md5s; i++) {
    gt_hashmap_add(md5_tab->md5map, (void*) gt_md5_tab_get(md5_tab, i),
                   (void*) (i + 1));
  }
}

コード例 #3

ファイル: encseq_col.c プロジェクト: kowsky/genometools

static const char* gt_encseq_col_get_md5_fingerprint(const GtSeqCol *sc,
                                                     GtUword filenum,
                                                     GtUword seqnum)
{
  GtEncseqCol *esc;
  esc = gt_encseq_col_cast(sc);
  gt_assert(esc && filenum < gt_encseq_num_of_files(esc->encseq));
  return gt_md5_tab_get(esc->md5_tab,
                        gt_encseq_filenum_first_seqnum(esc->encseq,
                                                       filenum) + seqnum);
}

コード例 #4

ファイル: region_mapping.c プロジェクト: oeigenbrod/genometools

const char* gt_region_mapping_get_md5_fingerprint(GtRegionMapping *rm,
                                                  GtStr *seqid,
                                                  const GtRange *range,
                                                  unsigned long *offset,
                                                  GtError *err)
{
  const char *md5 = NULL;
  int had_err;
  unsigned long filenum, seqnum;
  gt_error_check(err);
  gt_assert(rm && seqid);
  gt_assert(!rm->userawseq); /* not implemented */
  gt_assert(!gt_md5_seqid_has_prefix(gt_str_get(seqid))); /* not implemented */
  had_err = update_seq_col_if_necessary(rm, seqid, err);
  if (!had_err) {
    if (rm->usedesc) {
      gt_assert(rm->seqid2seqnum_mapping);
      had_err = gt_seqid2seqnum_mapping_map(rm->seqid2seqnum_mapping,
                                            gt_str_get(seqid), range, &seqnum,
                                            &filenum, offset, err);
      if (!had_err)
        md5 = gt_seq_col_get_md5_fingerprint(rm->seq_col, filenum, seqnum);
    }
    else if (rm->matchdesc) {
      if (!rm->seq_col) {
        if (rm->encseq) {
          if (!(rm->seq_col = gt_encseq_col_new(rm->encseq, err)))
            had_err = -1;
        } else {
          if (!(rm->seq_col = gt_bioseq_col_new(rm->sequence_filenames, err)))
            had_err = -1;
        }
      }
      if (!had_err)
        (void) gt_seq_col_grep_desc_md5(rm->seq_col, &md5, seqid, err);
      *offset = 1;
    }
    else if (rm->useseqno) {
      GtMD5Tab *tab = NULL;
      unsigned long seqno = GT_UNDEF_ULONG;
      gt_assert(rm->encseq);
      if (1 != sscanf(gt_str_get(seqid), "seq%lu", &seqno)) {
        gt_error_set(err, "seqid '%s' does not have the form 'seqX' "
                          "where X is a sequence number in the encoded "
                          "sequence", gt_str_get(seqid));
        had_err = -1;
      }
      gt_assert(had_err || seqno != GT_UNDEF_ULONG);
      if (!had_err && seqno >= gt_encseq_num_of_sequences(rm->encseq)) {
          gt_error_set(err, "trying to access sequence %lu, but encoded"
                            "sequence contains only %lu sequences",
                            seqno, gt_encseq_num_of_sequences(rm->encseq));
          had_err = -1;
      }
      if (!had_err) {
        tab = gt_encseq_get_md5_tab(rm->encseq, err);
        if (!tab)
          had_err = -1;
      }
      *offset = 1;
      if (!had_err)
        return gt_md5_tab_get(tab, seqno);
      else
        return NULL;
    }
    else {
      if (!had_err)
        md5 = gt_seq_col_get_md5_fingerprint(rm->seq_col, 0, 0);
      *offset = 1;
    }
  }
  return md5;
}