C++ (Cpp) MolAtomPtr::getConfIDの例

コード例 #1

ファイル: MolCoord.cpp プロジェクト: CueMol/cuemol2

/// Convert aid to (persistent) string representation
LString MolCoord::toStrAID(int atomid) const
{
  MolAtomPtr pAtom = getAtom(atomid);
  if (pAtom.isnull()) return LString();
  
  LString value = LString::format("%s.%s.%s",
                                  pAtom->getChainName().c_str(),
                                  pAtom->getResIndex().toString().c_str(),
                                  pAtom->getName().c_str());
  
  char conf_id = pAtom->getConfID();
  if (conf_id)
    value += ":" + LString(conf_id);

  return value;
}

コード例 #2

ファイル: MolCoord.cpp プロジェクト: CueMol/cuemol2

bool MolCoord::removeAtom(int atomid)
{
  MolAtomPtr pAtom = getAtom(atomid);

  if (pAtom.isnull() || pAtom->getParentUID()!=getUID())
    return false;
  
  m_atomPool.remove(atomid);

  // invalidate ID
  pAtom->setID(-1);

  const LString &aname = pAtom->getName();
  char cConfID = pAtom->getConfID();
  ResidIndex nresid = pAtom->getResIndex();
  const LString &cname = pAtom->getChainName();

  MolChainPtr pCh = getChain(cname);
  if (pCh.isnull())
    return false;
  
  MolResiduePtr pRes = getResidue(cname, nresid);
  if (pRes.isnull())
    return false;

  // remove atom
  if (!pRes->removeAtom(aname, cConfID))
    return false;
  if (pRes->getAtomSize()>0)
    return true;

  // purge the empty residue
  if (!pCh->removeResidue(nresid))
    return false;
  // delete pRes;
  if (pCh->getSize()>0)
    return true;

  // purge the empty chain
  if (!removeChain(cname))
    return false;
  // delete pCh;

  return true;
}

コード例 #3

ファイル: PDBFileWriter.cpp プロジェクト: CueMol/cuemol2

LString PDBFileWriter::formatAtomName(MolAtomPtr pAtom)
{
  LString atomnam = pAtom->getName();
  char cConfID = pAtom->getConfID();
  int elem = pAtom->getElement();
  
  if (cConfID=='\0')
    cConfID = ' ';

  // invalid name case
  if (atomnam.length()>=4||
      elem==ElemSym::XX) {
    return LString::format("%4s%c", atomnam.c_str(), cConfID);
  }

  LString elenam = ElemSym::symID2Str(elem);
  elenam = elenam.toUpperCase();
  int elepos = atomnam.indexOf(elenam);
  if (elepos<0) {
    return LString::format("%4s%c", atomnam.c_str(), cConfID);
  }
  
  LString atommod;
  // if (atomnam.equals(elenam)) {
  // // atom name==elem name
  // shead += LString::format(" %2s  ", elenam.c_str());
  // break;
  // }
  
  elepos += elenam.length();
  atommod = atomnam.substr(elepos);
  elenam = atomnam.substr(0, elepos);
  
  if (atommod.length()<=2) {
    return LString::format("%2s%-2s%c",
                           elenam.c_str(), atommod.c_str(), cConfID);
  }
  
  return LString::format("%4s%c", atomnam.c_str(), cConfID);
}