C++ (Cpp) SVLocusSetの例

コード例 #1

ファイル: SVLocusSet.cpp プロジェクト: BadSeby/manta

void
SVLocusSet::
merge(
    const SVLocusSet& inputSet)
{
    // TODO: check for compatible bam headers between inputSet and this

    assert(getMinMergeEdgeCount() == inputSet.getMinMergeEdgeCount());

    for (const SVLocus& locus : inputSet._loci)
    {
        if (locus.empty()) continue;

        try
        {
            merge(locus);
        }
        catch (...)
        {
            log_os << "ERROR: SVLocusSet merge failed.\n"
                   << "\tSVLocusSet source: " << inputSet.getSource() << "\n"
                   << "\tSVLocus index: " << locus.getIndex() << "\n";
            throw;
        }
    }

    _totalCleaned += inputSet._totalCleaned;
    _counts.merge(inputSet._counts);
    _highestSearchCount = std::max(_highestSearchCount, inputSet._highestSearchCount);
    _isMaxSearchCount = (_isMaxSearchCount || inputSet._isMaxSearchCount);
    _highestSearchDensity = std::max(_highestSearchDensity, inputSet._highestSearchDensity);
    _isMaxSearchDensity = (_isMaxSearchDensity || inputSet._isMaxSearchDensity);
    _buildTime.merge(inputSet._buildTime);
    _mergeTime.merge(inputSet._mergeTime); // this one is more of a formality...
}

コード例 #2

ファイル: CheckSVLoci.cpp プロジェクト: BadSeby/manta

static
void
runCSL(const CSLOptions& opt)
{
    SVLocusSet set;
    set.load(opt.graphFilename.c_str());
    set.finalize();
    set.checkState(true,true);
}

コード例 #3

ファイル: CheckSVLoci.cpp プロジェクト: arnoldliaoILMN/manta

static
void
runCSL(const CSLOptions& opt)
{
    log_os << "INFO: loading graph: " << opt.graphFilename << "\n";

    SVLocusSet set;
    set.load(opt.graphFilename.c_str());

    log_os << "INFO: cleaning/finalizing graph: " << opt.graphFilename << "\n";

    set.finalize();

    log_os << "INFO: checking cleaned graph: " << opt.graphFilename << "\n";

    set.checkState(true,true);

    log_os << "INFO: finished checking graph: " << opt.graphFilename << "\n";
}

コード例 #4

ファイル: SummarizeSVLoci.cpp プロジェクト: avilella/manta

static
void
runSSL(const SSLOptions& opt)
{

    SVLocusSet set;

    set.load(opt.graphFilename.c_str());

    std::ostream& os(std::cout);

    if (opt.isGlobalStats)
    {
        set.dumpStats(os);
    }
    else
    {
        set.dumpLocusStats(os);
    }
}

コード例 #5

ファイル: DumpSVLoci.cpp プロジェクト: arnoldliaoILMN/manta

static
void
runDSL(const DSLOptions& opt)
{

    SVLocusSet set;
    set.load(opt.graphFilename.c_str());

    const SVLocusSet& cset(set);

    std::ostream& os(std::cout);

    // add this handy map of chromosome id to chromosome label at the start of all output types:
    os << cset.header << "\n";

    if (! opt.region.empty())
    {
        int32_t tid,beginPos,endPos;
        parse_bam_region(set.header, opt.region, tid, beginPos, endPos); // parse the region

        set.dumpRegion(os,GenomeInterval(tid,beginPos,endPos));
    }
    else if (opt.isLocusIndex)
    {
        const SVLocus& locus(cset.getLocus(opt.locusIndex));
        if (opt.locusFilename.empty())
        {
            os << locus;
        }
        else
        {
            std::ofstream ofs(opt.locusFilename.c_str(), std::ios::binary);
            boost::archive::binary_oarchive oa(ofs);
            oa << locus;
        }
    }
    else
    {
        cset.dump(os);
    }
}

コード例 #6

ファイル: SVLocusSetPrivateTest.cpp プロジェクト: Illumina/manta

static
unsigned
testOverlap(
    SVLocusSet& locusSet,
    const int32_t tid,
    const int32_t beginPos,
    const int32_t endPos)
{
    std::set<SVLocusSet::NodeAddressType> intersect;
    locusSet.getRegionIntersect(GenomeInterval(tid,beginPos,endPos),intersect);
    return intersect.size();
}

コード例 #7

ファイル: SVCandidateProcessor.cpp プロジェクト: ctb/quast

SVCandidateProcessor::
SVCandidateProcessor(
    const GSCOptions& opt,
    const SVLocusScanner& readScanner,
    const char* progName,
    const char* progVersion,
    const SVLocusSet& cset,
    EdgeRuntimeTracker& edgeTracker,
    GSCEdgeStatsManager& edgeStatMan) :
    _opt(opt),
    _cset(cset),
    _edgeTracker(edgeTracker),
    _edgeStatMan(edgeStatMan),
    _svRefine(opt, cset.header, cset.getCounts(), _edgeTracker),
    _svWriter(opt, readScanner, cset, progName, progVersion)
{}