C++ (Cpp) data_partition::IModelの例

コード例 #1

ファイル: likelihood.C プロジェクト: msuchard/BAli-Phy

efloat_t prior_HMM_rootless_scale(const data_partition& P)
{
  const Tree& T = *P.T;

#ifndef NDEBUG
  assert(P.has_IModel());
  check_internal_nodes_connected(*P.A,T);
#endif
  
  efloat_t Pr = 1;

  for(int i=T.n_leaves();i<T.n_nodes();i++) {
    int l = P.seqlength(i);
    efloat_t temp = P.IModel().lengthp(l);
    Pr /= (temp*temp);
  }

  return Pr;
}