Exemplo n.º 1
0
static void test_central_extraction() {
    engine::InputPlane traits;
    traits.image.size.fill( 100 * camera::pixel );
    traits.image.set_resolution( 0, 230 * si::nanometre / camera::pixel );
    traits.image.set_resolution( 1, 120 * si::nanometre / camera::pixel );
    traits.optics.set_projection_factory(  traits::test_scaled_projection() );
    traits.create_projection();

    Spot max_distance( Spot::Constant( 1.6 ) );
    Optics optics( max_distance, traits );

    Spot position;
    position.x() = 5.6;
    position.y() = 3.0;

    dStorm::engine::Image2D image( traits.image.size );
    for (int x = 0; x < traits.image.size.x().value(); ++x)
        for (int y = 0; y < traits.image.size.y().value(); ++y)
            image(x,y) = x + y;

    PlaneCreatorImpl< nonlinfit::plane::xs_disjoint<double,14>::type > extractor(optics);
    std::auto_ptr<Plane> data = extractor.extract_data( image, position );
    BOOST_CHECK_CLOSE( data->pixel_size, 230E-3 * 120E-3, 1 );
    BOOST_CHECK_CLOSE( data->highest_pixel.x(), 7130E-3, 1 );
    BOOST_CHECK_CLOSE( data->highest_pixel.y(), 4560E-3, 1 );
    BOOST_CHECK_CLOSE( data->integral, 18711, 1 );
    BOOST_CHECK_CLOSE( data->peak_intensity, 69, 1 );
    BOOST_CHECK_CLOSE( data->background_estimate, 43, 1 );
    BOOST_CHECK_CLOSE( data->standard_deviation[0], 870E-3, 1 );
    BOOST_CHECK_CLOSE( data->standard_deviation[1], 636E-3, 1 );
    BOOST_CHECK_EQUAL( data->pixel_count, 378 );
}
Exemplo n.º 2
0
int main(int argc, char *argv[]) 
{ 
#ifdef __linux
	feenableexcept(2);
	feenableexcept(3);
#endif

	FILE * matrici_iniziali=fopen("Matrici_Iniziali.txt","w");
	FILE * posizionePart=fopen("Posizione_Particelle.txt","w");
	FILE * ellissi=fopen("Parametri_Ellissi_Funz_Ottiche.txt","w");
	FILE * funzioni_ottiche=fopen("Funzioni_Ottiche.txt","w");
	FILE * confronti=fopen("Math_rilevati.txt","w");
#ifdef TEST_OPTICAL_FUNCTIONS
	FILE * funzioni_ottiche_t=fopen("Funzioni_Ottiche_T.txt","w");
	FILE * ellissi_t=fopen("Parametri_Ellissi_Funz_Ottiche_T.txt","w");
	FILE * confronti_t=fopen("Math_rilevati_T.txt","w");
#endif

#ifdef DEBUG
	FILE * outputDEBUG=fopen("DEBUG.txt","w");
#endif

	bool fallita_lettura_parametri = true;
	bool fallita_lettura_inputdistr = true;
	bool do_transport = false;
	bool do_optics = false;
	bool posso_fare_funzioni_ottiche = false;
	ifstream parametri;
	ifstream inputdistr;
	int nstep = 1;

	double gnuplot_ymax_opt=0.;
	bool calcola_ymax_opt = true;
#ifdef TEST_OPTICAL_FUNCTIONS
	double gnuplot_ymax_opt_T=0.;
	bool calcola_ymax_opt_T = true;
#endif
	double gnuplot_ymax_pos=0.;
	bool calcola_ymax_pos = true;
	double gnuplot_xmax_opt=0.;
	double gnuplot_xmax_pos=0.;
	bool calcola_ymax_ell = true;
	double gnuplot_ymax_ell=0.;
	double percentuale=0.03;
	int conto_per_confronto=0;

	double *compare_x=new double[2];
	double *compare_y=new double[2];
	bool confronto_pos_x=false;
	bool confronto_pos_y=false;

	double *paramIniz_X=new double[2];
	double *paramIniz_Y=new double[2];

#ifdef TEST_OPTICAL_FUNCTIONS
	int conto_per_confronto_t_x=0;
	int conto_per_confronto_t_y=0;
	bool confronto_pos_t_y=false;
	bool confronto_pos_t_x=false;
	bool fai_da_te_x=false;
	bool fai_da_te_y=false;
#endif

	for (int i = 1; i < argc; i++)
	{
		if (string(argv[i]) == "-p")
		{
			parametri.open(argv[i+1]);
			fallita_lettura_parametri=parametri.fail();
			i++;
		}
		else if (string(argv[i]) == "-i")
		{
			inputdistr.open(argv[i+1]);
			fallita_lettura_inputdistr=inputdistr.fail();
			i++;
		}
		else if (string(argv[i]) == "-transport")
		{
			do_transport=true;
		}
		else if (string(argv[i]) == "-xmax_opt")
		{
			gnuplot_xmax_opt=atof(argv[i+1]);
			i++;
		}
		else if (string(argv[i]) == "-xmax_pos")
		{
			gnuplot_xmax_pos=atof(argv[i+1]);
			i++;
		}
		else if (string(argv[i]) == "-ymax_opt")
		{
			gnuplot_ymax_opt=atof(argv[i+1]);
			calcola_ymax_opt = false;
			i++;
		}
#ifdef TEST_OPTICAL_FUNCTIONS
		else if (string(argv[i]) == "-ymax_opt_T")
		{
			gnuplot_ymax_opt_T=atof(argv[i+1]);
			calcola_ymax_opt_T = false;
			i++;
		}
#endif
		else if (string(argv[i]) == "-ymax_pos")
		{
			gnuplot_ymax_pos=atof(argv[i+1]);
			calcola_ymax_pos = false;
			i++;
		}
		else if (string(argv[i]) == "-ymax_ell")
		{
			gnuplot_ymax_ell=atof(argv[i+1]);
			calcola_ymax_ell = false;
			i++;
		}
		else if (string(argv[i]) == "-compare_X")
		{
			compare_x[0]=atof(argv[i+1]);
			compare_x[1]=atof(argv[i+2]);
			i+=2;
		}
		else if (string(argv[i]) == "-compare_Y")
		{
			compare_y[0]=atof(argv[i+1]);
			compare_y[1]=atof(argv[i+2]);

			i+=2;
		}
		else if (string(argv[i]) == "-perc")
		{
			percentuale=atof(argv[i+1]);
			fprintf(matrici_iniziali,"\n%f\n",percentuale);
			i++;
		}
		else if (string(argv[i]) == "-optics")
		{
			do_optics=true;
		}
		else if (string(argv[i]) == "-nstep")
		{
			nstep = atoi(argv[i+1]);
			i++;
		}
#ifdef TEST_OPTICAL_FUNCTIONS
		else if (string(argv[i]) == "-paramIniz_X")
		{
			paramIniz_X[0] = atoi(argv[i+1]);
			paramIniz_X[1] = atoi(argv[i+2]);
			fai_da_te_x=true;
			i+=2;
		}
		else if (string(argv[i]) == "-paramIniz_Y")
		{
			paramIniz_Y[0] = atoi(argv[i+1]);
			paramIniz_Y[1] = atoi(argv[i+2]);
			fai_da_te_y=true;
			i+=2;
		}
#endif
		else
		{
			printf("Impossibile riconoscere il parametro %s\n",argv[i]);
		}
	}

	string utile_per_contare;
	int conta_righe_parametri = 0;
	if (fallita_lettura_parametri || fallita_lettura_inputdistr)
	{
		printf("Impossibile aprire (o non definito) il file contenente i parametri\no il file contenente la distribuzione/particella iniziale\n");
		exit(204);
	}

	double * dati_iniziali = new double[6];	// emittanza, energia, x, y, px, py
	for (int i = 0; i < 6; i++)
	{
		if(inputdistr.eof())
		{
			printf("Mancano dei dati iniziali!\n");
			exit(123);
		}
		inputdistr >> dati_iniziali[i];
	}
	inputdistr.clear();
	inputdistr.seekg(0,std::ios::beg);

	double emittanza = dati_iniziali[0];
	double energia = dati_iniziali[1];
	double *vett_i=new double[4];
	vett_i[0]=dati_iniziali[2];
	vett_i[1]=dati_iniziali[4];
	vett_i[2]=dati_iniziali[3];
	vett_i[3]=dati_iniziali[5];

	do
	{
		parametri >> utile_per_contare;
		if(parametri.eof()) break;
		parametri.ignore(1000, '\n');
		conta_righe_parametri++;
	}
	while(!parametri.eof());
	parametri.clear();
	parametri.seekg(0,std::ios::beg);

	// qui di leggono tutti i dati
//	char *elemento=new char[conta_righe_parametri];
	string *elemento=new string[conta_righe_parametri];
	double * lunghezza= new double[conta_righe_parametri];
	double * gradiente= new double[conta_righe_parametri];
	int contatore=0;
	for (int i = 0; i < conta_righe_parametri; i++)
	{
		parametri >> elemento[i];
		parametri >> gradiente[i];
		parametri >> lunghezza[i];
#ifdef DEBUG
		cout << "Tipo elemento: " << elemento[i] << ", gradiente: " << gradiente[i] << ", lunghezza: " << lunghezza[i] << endl;
#endif
		contatore++;
	}

#ifdef DEBUG
	printf("contatore: %d",contatore);
#endif

	vector <vector <double> > I(4,vector<double>(4,0.0));
	vector <vector <double> > K(4,vector<double>(4,0.0));
	vector <vector <double> > F(4,vector<double>(4,0.0));
	vector <vector <vector <double> > > Fx(contatore,vector <vector <double> > (4, vector <double> (4,0.0)));
	vector <vector <vector <double> > > Dx(contatore,vector <vector <double> > (4, vector <double> (4,0.0)));
	vector <vector <vector <double> > > OI(contatore,vector <vector <double> > (4, vector <double> (4,0.0)));
	vector <vector <vector <double> > > FxI(contatore,vector <vector <double> > (4, vector <double> (4,0.0)));
	vector <vector <vector <double> > > DxI(contatore,vector <vector <double> > (4, vector <double> (4,0.0)));
	vector <vector <vector <double> > > O(contatore,vector <vector <double> > (4, vector <double> (4,0.0)));

	double *alpha = new double[2];
	double *beta = new double[2];
	double *aminmax = new double[2];
	double *bminmax = new double[2];
	bool alpha_calcolato_con_successo=false;
	bool beta_calcolato_con_successo=false;

#ifdef TEST_OPTICAL_FUNCTIONS
	double *ottiche_x_t = new double[2];
	double *ottiche_y_t = new double[2];
	double *aminmax_x_t = new double[2];
	double *bminmax_y_t = new double[2];
	for (int i = 0; i < 2; i++) ottiche_x_t[i] = ottiche_y_t[i] = aminmax_x_t[i] = bminmax_y_t[i] = 0.;
#endif


	double gamma_beta=sqrt(2.0*energia/MP_MEV);
	double gamma_v=gamma_beta*SPEED_OF_LIGHT;
	double *f1 =new double [contatore];
	double *d1 =new double [contatore];
	for (int i=0;i<contatore;i++)
	{
		if (elemento[i]=="F")
			f1[i]=sqrt(gradiente[i]*CHARGE/(MP_KG*gamma_v));
		if (elemento[i]=="D")
			d1[i]=sqrt(gradiente[i]*CHARGE/(MP_KG*gamma_v));
	}

#ifdef DEBUG
	for (int i=0;i<contatore;i++)
	{
		fprintf(outputDEBUG,"\ngrad. foc.    %+20.10f ", f1[i]*f1[i]);
		fprintf(outputDEBUG,"\ngrad. defoc.  %+20.10f ", d1[i]*d1[i]);
	}
#endif

	for (int i=0;i<contatore;i++)
	{
#ifdef DEBUG
		if (elemento[i]=="F")
			Fx[i]=focusing(Fx[i],f1[i],lunghezza[i],matrici_iniziali,i);
		else if (elemento[i]=="D")
			Dx[i]=defocusing(Dx[i],d1[i],lunghezza[i],matrici_iniziali,i);
		else if (elemento[i]=="O")
			O[i]=drift(O[i],lunghezza[i],matrici_iniziali,i);
		else
			fprintf(outputDEBUG,"Elemento[%d] non riconosciuto\n", i);
#else
		if (elemento[i]=="F")
			Fx[i]=focusing(Fx[i],f1[i],lunghezza[i]);
		else if (elemento[i]=="D")
			Dx[i]=defocusing(Dx[i],d1[i],lunghezza[i]);
		else if (elemento[i]=="O")
			O[i]=drift(O[i],lunghezza[i]);
#endif
	}

#ifdef DEBUG

	for (int i=0;i<contatore;i++)
	{
		if (elemento[i]=="O")
		{
//			if (O[i][0][0] == 0.0) continue;
			fprintf(matrici_iniziali,"\nMATRICE DRIFT");
			scrivimatr2D(O[i],matrici_iniziali);
			fprintf(matrici_iniziali,"\n");
		}
		else if (elemento[i]=="F")
		{
//			if (Fx[i][0][0] == 0.0) continue;
			fprintf(matrici_iniziali,"\nMATRICE FOC.");
			scrivimatr2D(Fx[i],matrici_iniziali);
			fprintf(matrici_iniziali,"\n");
		}
		else if (elemento[i]=="D")
		{
//			if (Dx[i][0][0] == 0.0) continue;
			fprintf(matrici_iniziali,"\nMATRICE DEFOC.");
			scrivimatr2D(Dx[i],matrici_iniziali);
			fprintf(matrici_iniziali,"\n");
		}

	}

#endif	

/************************************************************************/
	
	if (do_optics)
	{
		vector <vector <double> > compos(4,vector<double>(4,0));

		if (elemento[0]=="O")
		{
			for (int k=0; k<4; k++)
				for (int j=0; j<4; j++)
					compos[k][j]=O[0][k][j];
		}
		else if (elemento[0]=="F")
		{
			for (int k=0; k<4; k++)
				for (int j=0; j<4; j++)
					compos[k][j]=Fx[0][k][j];
		}
		else if (elemento[0]=="D")
		{
			for (int k=0; k<4; k++)
				for (int j=0; j<4; j++)
					compos[k][j]=Dx[0][k][j];
		}

		for (int i=1;i<contatore;i++)
		{
			if (elemento[i]=="O")
				compos=prodo(O[i],compos,4);
			else if (elemento[i]=="F")
				compos=prodo(Fx[i],compos,4);
			else if (elemento[i]=="D")
				compos=prodo(Dx[i],compos,4);
		}
	
		for (int i=0;i<4;i++)
			for(int a=0;a<4;a++)
				F[i][a]=compos[i][a];

//		Calcolo Funzioni OTTICHE

		for (int i = 0; i < 2; i++) alpha[i] = beta[i] = aminmax[i] = bminmax[i] = 0.;

		if ( (fabs((F[FOC][FOC]+F[FOC+1][FOC+1])*0.5) <= 1.) && (fabs((F[DEFOC][DEFOC]+F[DEFOC+1][DEFOC+1])*0.5) <= 1.))
			posso_fare_funzioni_ottiche = true;
		else cout << "Impossibile calcolare le funzioni ottiche!" << endl;
		//cout << "posso_fare_funzioni_ottiche="<<posso_fare_funzioni_ottiche<<endl;

		//if ((((F[FOC][FOC]+F[FOC+1][FOC+1])*(F[FOC][FOC]+F[FOC+1][FOC+1])-4)<=0) && (((F[DEFOC][DEFOC]+F[DEFOC+1][DEFOC+1])*(F[DEFOC][DEFOC]+F[DEFOC+1][DEFOC+1])-4)<=0) )
		//		posso_fare_funzioni_ottiche = true;
		//else cout << "Impossibile calcolare le funzioni ottiche!" << endl;
		if (posso_fare_funzioni_ottiche)
		{
			alpha=optics(F,FOC,&alpha_calcolato_con_successo);
			beta=optics(F,DEFOC,&beta_calcolato_con_successo);
			aminmax = assi_ellissi(alpha, emittanza);
			bminmax = assi_ellissi(beta, emittanza);

			if (calcola_ymax_opt) massimo_opt(alpha,beta,&gnuplot_ymax_opt);
			if (calcola_ymax_pos) massimo_pos(vett_i,&gnuplot_ymax_pos);
			if (calcola_ymax_ell) massimo_opt(aminmax,bminmax,&gnuplot_ymax_ell);
			fprintf(funzioni_ottiche,"# alpha_successo %d beta_successo %d\n",(int)(alpha_calcolato_con_successo),(int)(beta_calcolato_con_successo));
			if (alpha_calcolato_con_successo&&beta_calcolato_con_successo)
			{
				fprintf(funzioni_ottiche,"\n#%7c",'S');
				fprintf(funzioni_ottiche,"%10.8s","Alpha x");
				fprintf(funzioni_ottiche,"%10.7s","Beta x");
				fprintf(funzioni_ottiche,"%12.8s","Alpha y");
				fprintf(funzioni_ottiche,"%10.7s","Beta y");
				fprintf(ellissi,"%10s","x");
				fprintf(ellissi,"%11s","p_x");
				fprintf(ellissi,"%11s","y");
				fprintf(ellissi,"%11s","p_y");
			}

			scrividati(0.0,alpha,beta,funzioni_ottiche);
			scrividati_ellissi(0.0,aminmax,bminmax,ellissi);


#ifdef TEST_OPTICAL_FUNCTIONS
			for (int i=0;i<2;i++)
			{
				if (fai_da_te_x&&fai_da_te_y)
				{
					ottiche_x_t[i]=paramIniz_X[i];
					ottiche_y_t[i]=paramIniz_Y[i];
				}
				else if (fai_da_te_x)
				{
					ottiche_x_t[i]=paramIniz_X[i];
					ottiche_y_t[i]=paramIniz_X[i];

				}
				else if (fai_da_te_y)
				{
					ottiche_x_t[i]=paramIniz_Y[i];
					ottiche_y_t[i]=paramIniz_Y[i];
				}
				else
				{
					ottiche_x_t[i]=alpha[i];
					ottiche_y_t[i]=beta[i];
				}
			}
			aminmax_x_t = assi_ellissi(ottiche_x_t, emittanza);
			bminmax_y_t = assi_ellissi(ottiche_y_t, emittanza);
			scrividati(0.0,ottiche_x_t,ottiche_y_t,funzioni_ottiche_t);
			scrividati_ellissi(0.0,aminmax_x_t,bminmax_y_t,ellissi_t);
			if (calcola_ymax_opt_T) massimo_opt(ottiche_x_t,ottiche_y_t,&gnuplot_ymax_opt_T);
#endif
		}
	}

	if(do_transport)
	{
		fprintf(posizionePart," %+10.5f",0.0);
		fprintf(posizionePart," %+10.5f",vett_i[0]);
		fprintf(posizionePart," %+10.5f",vett_i[1]);
		fprintf(posizionePart," %+10.5f",vett_i[2]);
		fprintf(posizionePart," %+10.5f\n",vett_i[3]);
	}
#ifdef DEBUG
		fprintf(outputDEBUG, "\nFODO:");
		scrivimatr2D(F,outputDEBUG);
#endif

/************************************************************************/

//ora primi dell'iterazione mi calcolo le micromappe Li di lunghezza S=L/n

	double lunghezzatotale=0.;
	for (int i = 0 ;i < contatore;i++)
		lunghezzatotale+=lunghezza[i];

#ifdef DEBUG
	for (int i=0; i < contatore; i++)
	{
		fprintf(outputDEBUG,"\n#step in elemento %d = %d",i, dsMap(lunghezza[i],lunghezzatotale,nstep));
	}
	fprintf(outputDEBUG,"\n");
#endif

	double S = 0.;
	//Calcolo MICROMAPPE per il Drift
	for (int i=0; i < contatore; i++)
	{
		S=lunghezza[i]/dsMap(lunghezza[i],lunghezzatotale,nstep);
#ifdef DEBUG
		if (elemento[i] == "O")
		{
			O[i]=drift(O[i],S,matrici_iniziali,i);
			OI[i]=drift(OI[i],-S,matrici_iniziali,i);
		}
		else if (elemento[i] == "F")
		{
			Fx[i]=focusing(Fx[i],f1[i],S,matrici_iniziali,i);
			FxI[i]=focusing(FxI[i],f1[i],-S,matrici_iniziali,i);
		}
		else if (elemento[i] == "D")
		{
			Dx[i]=defocusing(Dx[i],d1[i],S,matrici_iniziali,i);
			DxI[i]=defocusing(DxI[i],d1[i],-S,matrici_iniziali,i);
		}
#else
		if (elemento[i] == "O")
		{
			O[i]=drift(O[i],S);
			OI[i]=drift(OI[i],-S);
		}
		else if (elemento[i] == "F")
		{
			Fx[i]=focusing(Fx[i],f1[i],S);
			FxI[i]=focusing(FxI[i],f1[i],-S);
		}
		else if (elemento[i] == "D")
		{
			Dx[i]=defocusing(Dx[i],d1[i],S);
			DxI[i]=defocusing(DxI[i],d1[i],-S);
		}
#endif
	}

/***********************************************************************/


	double dl=0.;
	double lunghezza_accumulata=0.0;

	for (int i=0;i<contatore;i++)
	{
		dl=lunghezza[i]/dsMap(lunghezza[i],lunghezzatotale,nstep);
		if (elemento[i]=="O")
		{
			fprintf(matrici_iniziali,"\n#Drift #%d, dl = %f",i,dl);
			fprintf(funzioni_ottiche,"\n#Drift #%d, dl = %f",i,dl);
			while(S<=(lunghezza_accumulata+lunghezza[i]))
			{
				fprintf(matrici_iniziali,"\n\n Num_Step %f", S);
				scrivimatr2D(F,matrici_iniziali);
				if (do_transport)
				{
#ifdef DEBUG
					prod(vett_i,O[i],S);
#else
					prod(vett_i,O[i]);
#endif
					if (calcola_ymax_pos) massimo_pos(vett_i,&gnuplot_ymax_pos);
					scrivi_pos_part(posizionePart,vett_i,S);
				}
				if (do_optics)
				{
					F=simil(F,OI[i],O[i]);
					if (posso_fare_funzioni_ottiche)
					{	
					alpha=optics(F,FOC,&alpha_calcolato_con_successo);
					beta=optics(F,DEFOC,&beta_calcolato_con_successo);
					aminmax = assi_ellissi(alpha, emittanza);
					bminmax = assi_ellissi(beta, emittanza);
					confronto(compare_x,aminmax,S,percentuale,confronti,&confronto_pos_x,&conto_per_confronto);
					confronto(compare_y,bminmax,S,percentuale,confronti,&confronto_pos_y,&conto_per_confronto);
					scrividati(S,alpha,beta,funzioni_ottiche);
					scrividati_ellissi(S,aminmax,bminmax,ellissi);
					if (calcola_ymax_ell) massimo_opt(aminmax,bminmax,&gnuplot_ymax_ell);
					if (calcola_ymax_opt) massimo_opt(alpha,beta,&gnuplot_ymax_opt);
#ifdef TEST_OPTICAL_FUNCTIONS
					ottiche_x_t=optics_T(ottiche_x_t,FOC,O[i]);
					ottiche_y_t=optics_T(ottiche_y_t,DEFOC,O[i]);
					aminmax_x_t = assi_ellissi(ottiche_x_t, emittanza);
					bminmax_y_t = assi_ellissi(ottiche_y_t, emittanza);
					confronto(paramIniz_X,aminmax_x_t,S,percentuale,confronti_t,&confronto_pos_t_x,&conto_per_confronto_t_x);
					confronto(paramIniz_Y,bminmax_y_t,S,percentuale,confronti_t,&confronto_pos_t_y,&conto_per_confronto_t_y);
					scrividati(S,ottiche_x_t,ottiche_y_t,funzioni_ottiche_t);
					scrividati_ellissi(S,aminmax_x_t,bminmax_y_t,ellissi_t);	
					if (calcola_ymax_opt_T) massimo_opt(ottiche_x_t,ottiche_y_t,&gnuplot_ymax_opt_T);
#endif
					}
				}
				S+=dl;
			}
			lunghezza_accumulata+=lunghezza[i];
		}
		else if (elemento[i]=="F")
		{
			fprintf(matrici_iniziali,"\n#Foc. #%d, dl = %f",i,dl);			
			fprintf(funzioni_ottiche,"\n#Foc. #%d, dl = %f",i,dl);
			while(S<=(lunghezza_accumulata+lunghezza[i]))
			{
				fprintf(matrici_iniziali,"\n\n Num_Step %f", S);
				scrivimatr2D(F,matrici_iniziali);
				if (do_transport)
				{
#ifdef DEBUG
					prod(vett_i,Fx[i],S);
#else
					prod(vett_i,Fx[i]);
#endif
					if (calcola_ymax_pos) massimo_pos(vett_i,&gnuplot_ymax_pos);
					scrivi_pos_part(posizionePart,vett_i,S);
				}
				if (do_optics)
				{
					if (posso_fare_funzioni_ottiche)
					{
						F=simil(F,FxI[i],Fx[i]);
						alpha=optics(F,FOC,&alpha_calcolato_con_successo);
						beta=optics(F,DEFOC,&beta_calcolato_con_successo);		
						aminmax = assi_ellissi(alpha, emittanza);
						bminmax = assi_ellissi(beta, emittanza);
						confronto(compare_x,aminmax,S,percentuale,confronti,&confronto_pos_x,&conto_per_confronto);
						confronto(compare_y,bminmax,S,percentuale,confronti,&confronto_pos_y,&conto_per_confronto);
						scrividati(S,alpha,beta,funzioni_ottiche);
						scrividati_ellissi(S,aminmax,bminmax,ellissi);
						if (calcola_ymax_ell) massimo_opt(aminmax,bminmax,&gnuplot_ymax_ell);
						if (calcola_ymax_opt) massimo_opt(alpha,beta,&gnuplot_ymax_opt);
#ifdef TEST_OPTICAL_FUNCTIONS
						ottiche_x_t=optics_T(ottiche_x_t,FOC,Fx[i]);
						ottiche_y_t=optics_T(ottiche_y_t,DEFOC,Fx[i]);
						aminmax_x_t = assi_ellissi(ottiche_x_t, emittanza);
						bminmax_y_t = assi_ellissi(ottiche_y_t, emittanza);
						confronto(paramIniz_X,aminmax_x_t,S,percentuale,confronti_t,&confronto_pos_t_x,&conto_per_confronto_t_x);
						confronto(paramIniz_Y,bminmax_y_t,S,percentuale,confronti_t,&confronto_pos_t_y,&conto_per_confronto_t_y);
						scrividati(S,ottiche_x_t,ottiche_y_t,funzioni_ottiche_t);
						scrividati_ellissi(S,aminmax_x_t,bminmax_y_t,ellissi_t);
						if (calcola_ymax_opt_T) massimo_opt(ottiche_x_t,ottiche_y_t,&gnuplot_ymax_opt_T);
#endif
					}
				}
				S+=dl;
			}
			lunghezza_accumulata+=lunghezza[i];
		}
		else if (elemento[i]=="D")
		{
			fprintf(matrici_iniziali,"\n#Defoc. #%d, dl = %f",i,dl);
			fprintf(funzioni_ottiche,"\n#Defoc. #%d, dl = %f",i,dl);
			while (S<=(lunghezza_accumulata+lunghezza[i]))
			{
				fprintf(matrici_iniziali,"\n\n Num_Step %f", S);
				scrivimatr2D(F,matrici_iniziali);
				if (do_transport)
				{
#ifdef DEBUG
					prod(vett_i,Dx[i],S);
#else
					prod(vett_i,Dx[i]);
#endif
					if (calcola_ymax_pos) massimo_pos(vett_i,&gnuplot_ymax_pos);
					scrivi_pos_part(posizionePart,vett_i,S);
				}
				if (do_optics)
				{
					if (posso_fare_funzioni_ottiche)
					{
						F=simil(F,DxI[i],Dx[i]);
						alpha=optics(F,FOC,&alpha_calcolato_con_successo);
						beta=optics(F,DEFOC,&beta_calcolato_con_successo);
						aminmax = assi_ellissi(alpha, emittanza);
						bminmax = assi_ellissi(beta, emittanza);
						confronto(compare_x,aminmax,S,percentuale,confronti,&confronto_pos_x,&conto_per_confronto);
						confronto(compare_y,bminmax,S,percentuale,confronti,&confronto_pos_y,&conto_per_confronto);
						scrividati(S,alpha,beta,funzioni_ottiche);
						scrividati_ellissi(S,aminmax,bminmax,ellissi);
						if (calcola_ymax_ell) massimo_opt(aminmax,bminmax,&gnuplot_ymax_ell);
						if (calcola_ymax_opt) massimo_opt(alpha,beta,&gnuplot_ymax_opt);
#ifdef TEST_OPTICAL_FUNCTIONS
						ottiche_x_t=optics_T(ottiche_x_t,FOC,Dx[i]);
						ottiche_y_t=optics_T(ottiche_y_t,DEFOC,Dx[i]);
						aminmax_x_t = assi_ellissi(ottiche_x_t, emittanza);
						bminmax_y_t = assi_ellissi(ottiche_y_t, emittanza);
						confronto(paramIniz_X,aminmax_x_t,S,percentuale,confronti_t,&confronto_pos_t_x,&conto_per_confronto_t_x);
						confronto(paramIniz_Y,bminmax_y_t,S,percentuale,confronti_t,&confronto_pos_t_y,&conto_per_confronto_t_y);
						scrividati(S,ottiche_x_t,ottiche_y_t,funzioni_ottiche_t);
						scrividati_ellissi(S,aminmax_x_t,bminmax_y_t,ellissi_t);
						if (calcola_ymax_opt_T) massimo_opt(ottiche_x_t,ottiche_y_t,&gnuplot_ymax_opt_T);
#endif
						}
					}
				S+=dl;
			}
			lunghezza_accumulata+=lunghezza[i];
		}
	}

	fclose(funzioni_ottiche);
	fclose(matrici_iniziali);
	fclose(posizionePart);
	fclose(ellissi);
	fclose(confronti);
	parametri.close();
	inputdistr.close();

#ifdef TEST_OPTICAL_FUNCTIONS
	fclose(funzioni_ottiche_t);
	fclose(ellissi_t);
#endif

	string *etichette_posizione = new string[8];
	string *etichette_ottiche = new string[8];
	string *etichette_ellissi = new string[8];
#ifdef TEST_OPTICAL_FUNCTIONS
	string *etichette_ottiche_T = new string[8];
	string *etichette_ellissi_T = new string[8];
#endif

	etichette_posizione[0] = "Posizione_Particelle";
	etichette_posizione[1] = "Posizione Particelle";
	etichette_posizione[2] = "z (m)";
	etichette_posizione[3] = "x/y (m), p_x/p_y";
	etichette_posizione[4] = "x";
	etichette_posizione[5] = "y";
	etichette_posizione[6] = "p_x";
	etichette_posizione[7] = "p_y";

	etichette_ottiche[0] = "Funzioni_Ottiche";
	etichette_ottiche[1] = "Funzioni Ottiche";
	etichette_ottiche[2] = "z (m)";
#if defined (CREATE_EPS)
	etichette_ottiche[3] = "{/Symbol a}, {/Symbol b}";
	etichette_ottiche[4] = "{/Symbol a}_x";
	etichette_ottiche[5] = "{/Symbol a}_y";
	etichette_ottiche[6] = "{/Symbol b}_x";
	etichette_ottiche[7] = "{/Symbol b}_y";
#else
	etichette_ottiche[3] = "Alpha, Beta";
	etichette_ottiche[4] = "Alpha_x";
	etichette_ottiche[5] = "Alpha_y";
	etichette_ottiche[6] = "Beta_x";
	etichette_ottiche[7] = "Beta_y";
#endif

	etichette_ellissi[0] = "Parametri_Ellissi_Funz_Ottiche";
	etichette_ellissi[1] = "Parametri Ellissi Funz Ottiche";
	etichette_ellissi[2] = "z (m)";
	etichette_ellissi[3] = "X , P";
	etichette_ellissi[4] = "Xmax";
	etichette_ellissi[5] = "Pmax_x";
	etichette_ellissi[6] = "Ymax";
	etichette_ellissi[7] = "Pmax_y";

#ifdef TEST_OPTICAL_FUNCTIONS
	etichette_ottiche_T[0] = "Funzioni_Ottiche_T";
	etichette_ottiche_T[1] = "Funzioni ottiche test";
	etichette_ottiche_T[2] = "z (m)";
#if defined (CREATE_EPS)
	etichette_ottiche_T[3] = "{/Symbol a}, {/Symbol b}";
	etichette_ottiche_T[4] = "{/Symbol a}_x";
	etichette_ottiche_T[5] = "{/Symbol a}_y";
	etichette_ottiche_T[6] = "{/Symbol b}_x";
	etichette_ottiche_T[7] = "{/Symbol b}_y";
#else
	etichette_ottiche_T[3] = "Alpha, Beta";
	etichette_ottiche_T[4] = "Alpha_x";
	etichette_ottiche_T[5] = "Alpha_y";
	etichette_ottiche_T[6] = "Beta_x";
	etichette_ottiche_T[7] = "Beta_y";
#endif

	etichette_ellissi_T[0] = "Parametri_Ellissi_Funz_Ottiche_T";
	etichette_ellissi_T[1] = "Parametri Ellissi Funz Ottiche_T";
	etichette_ellissi_T[2] = "z (m)";
	etichette_ellissi_T[3] = "X , P";
	etichette_ellissi_T[4] = "Xmax";
	etichette_ellissi_T[5] = "Pmax_x";
	etichette_ellissi_T[6] = "Ymax";
	etichette_ellissi_T[7] = "Pmax_y";
#endif

/***********************************************************/

	//cout << "conto_per_confronto= "<<conto_per_confronto;
	double *dati_rilevati=new double [conto_per_confronto];
	for (int a=0;a<conto_per_confronto;a++)
		dati_rilevati[a]=0.;
	if (confronto_pos_x||confronto_pos_y)
	{
		ifstream confro;
		confro.open("Math_rilevati.txt");
		for (int i=0;i<conto_per_confronto;i++)
		{
			confro >> dati_rilevati[i];
		}
	}