void SingleSampleCCE::prepare_bath_state() {/*{{{*/ vector<cSPIN> sl = _bath_spins.getSpinList(); srand(_bath_state_seed); for(int i=0; i<sl.size(); ++i) { PureState psi_i(sl[i]); psi_i.setComponent( rand()%2, 1.0); _bath_state_list.push_back(psi_i); } //cache_dipole_field(); }/*}}}*/
// mcmc_helper(im,im_prev,buf,int(xwho),int(xwho2)); void mexFunction(int nlhs, mxArray *plhs[], int nrhs, const mxArray *prhs[]){ // trw_bprop_helper2(model, psi_ij_rho, psi_i, rho, maxiter, n, m1, m2, b_i,... // dm1, dm2, dn, dpsi_i, dpsi_ij); int i=0; int nnodes = mapdouble(mxGetField(prhs[i],0,"nnodes"))(0); int ncliques = mapdouble(mxGetField(prhs[i],0,"ncliques"))(0); int nvals = mapdouble(mxGetField(prhs[i],0,"nvals"))(0); MatrixXi pairs = mapdouble(mxGetField(prhs[i],0,"pairs")).cast<int>(); pairs.array() -= 1; MatrixXi N1 = mapdouble(mxGetField(prhs[i],0,"N1")).cast<int>(); N1.array() -= 1; MatrixXi N2 = mapdouble(mxGetField(prhs[i],0,"N2")).cast<int>(); N2.array() -= 1; i++; MatrixMd psi_ij = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd psi_i = mapdouble(prhs[i++]); double rho = mapdouble(prhs[i++])(0); int maxiter = mapdouble(prhs[i++])(0); MatrixMd n = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd m1 = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd m2 = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd b_i = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd mstor = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd dm1 = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd dm2 = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd dn = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd dpsi_i = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd dpsi_ij = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd b_ij0 = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd db_ij0 = mapdouble(prhs[i++]); int dorec = mapdouble(prhs[i++]).cast<int>()(0); int w = mstor.rows()-1; MatrixXd S (nvals,nvals); MatrixXd m0(nvals,1); for(int c=0; c<ncliques; c++){ int i = pairs(c, 0); int j = pairs(c, 1); for(int yi=0; yi<nvals; yi++){ for(int yj=0; yj<nvals; yj++){ int index = yi + yj*nvals; //b_ij0(index,c) = b_ij0(index,c)*psi_i(yi,i)*psi_i(yj,j)*n(yi,i)*n(yj,j)/m1(yi,c)/m2(yj,c); dpsi_i(yi, i) = dpsi_i(yi, i) + db_ij0(index, c)*b_ij0(index, c)/psi_i(yi, i); dpsi_i(yj, j) = dpsi_i(yj, j) + db_ij0(index, c)*b_ij0(index, c)/psi_i(yj, j); dn(yi, i) = dn(yi, i) + db_ij0(index, c)*b_ij0(index, c)/n(yi, i); dn(yj, j) = dn(yj, j) + db_ij0(index, c)*b_ij0(index, c)/n(yj, j); dm1(yi, c) = dm1(yi, c) - db_ij0(index, c)*b_ij0(index, c)/m1(yi, c); dm2(yj, c) = dm2(yj, c) - db_ij0(index, c)*b_ij0(index, c)/m2(yj, c); } } } for(int i=0; i<b_i.cols(); i++){ for(int yi=0; yi<nvals; yi++){ for(int k=0; k<N1.cols(); k++){ int d = N1(i, k); if(d==-2) continue; //n(yi, i) *= m1(yi, d); dm1(yi,d) += rho * dn(yi,i)*n(yi,i)/m1(yi,d); } for(int k=0; k<N2.cols(); k++){ int d = N2(i, k); if(d==-2) continue; //n(yi, i) *= m2(yi, d); dm2(yi,d) += rho * dn(yi,i)*n(yi,i)/m2(yi,d); } } } int reps; double conv; for(reps=0; reps<maxiter; reps++){ for(int c0=2*ncliques-1; c0>=0; c0--){ int c, mode; if(c0<ncliques){ c = c0; mode = 1; } else{ c = ncliques - 1 - (c0-ncliques); mode = 2; } int i = pairs(c,0); int j = pairs(c,1); if( mode==1 ){ for(int yi=0; yi<nvals; yi++) n(yi, i) = 1; for(int k=0; k<N1.cols(); k++){ int d = N1(i, k); if(d==-2) continue; for(int yi=0; yi<nvals; yi++) n(yi, i) *= m1(yi, d); } for(int k=0; k<N2.cols(); k++){ int d = N2(i, k); if(d==-2) continue; for(int yi=0; yi<nvals; yi++) n(yi, i) *= m2(yi, d); } // n.col(i) = n.col(i).array().pow(rho); if(rho==1){ //nothing } else if(rho==.5){ n.col(i) = n.col(i).array().sqrt(); } else n.col(i) = n.col(i).array().pow(rho); // compute m(y_j) for(int yj=0; yj<nvals; yj++){ m0(yj) = 0; for(int yi=0; yi<nvals; yi++){ int index = yi + yj*nvals; S(yi,yj) = psi_ij(index, c)*psi_i(yi, i)*n(yi, i)/m1(yi, c); m0(yj) += S(yi,yj); } } double k = S.sum(); MatrixXd dm0 = dm2.col(c)/k; dm0.array() -= (dm2.col(c).array()*m0.array()).sum()/(k*k); MatrixXd dn = 0*n.col(i); //#pragma omp parallel for num_threads(2) for(int yj=0; yj<nvals; yj++){ for(int yi=0; yi<nvals; yi++){ int index = yi + yj*nvals; dpsi_ij(index,c) += dm0(yj)*S(yi,yj)/psi_ij(index,c); dpsi_i(yi,i) += dm0(yj)*S(yi,yj)/psi_i(yi,i); dn(yi) += dm0(yj)*S(yi,yj)/n(yi,i); dm1(yi,c) -= dm0(yj)*S(yi,yj)/m1(yi,c); } } for(int yi=0; yi<nvals; yi++){ for(int k=0; k<N1.cols(); k++){ int d = N1(i, k); if(d==-2) continue; dm1(yi,d) += rho*dn(yi)*n(yi,i)/m1(yi,d); } for(int k=0; k<N2.cols(); k++){ int d = N2(i, k); if(d==-2) continue; dm2(yi,d) += rho*dn(yi)*n(yi,i)/m2(yi,d); } } dm2.col(c) *= 0.0; if( dorec ) for(int yj=nvals-1; yj>=0; yj--){ m2(yj,c)=mstor(w); w--;} } else{ for( int yj=0; yj<nvals; yj++) n(yj, j) = 1; for(int k=0; k<N1.cols(); k++){ int d = N1(j, k); if(d==-2) continue; for( int yj=0; yj<nvals; yj++) n(yj, j) *= m1(yj, d); } for(int k=0; k<N2.cols(); k++){ int d = N2(j, k); if(d==-2) continue; for( int yj=0; yj<nvals; yj++) n(yj, j) *= m2(yj, d); } // n.col(j) = n.col(j).array().pow(rho); if(rho==1){ //nothing } else if(rho==.5){ n.col(j) = n.col(j).array().sqrt(); } else n.col(j) = n.col(j).array().pow(rho); for(int yi=0; yi<nvals; yi++){ m0(yi) = 0; for(int yj=0; yj<nvals; yj++){ int index = yi + yj*nvals; S(yi,yj) = psi_ij(index, c)*psi_i(yj, j)*n(yj, j)/m2(yj, c); m0(yi) += S(yi,yj); } } double k = S.sum(); MatrixXd dm0 = dm1.col(c)/k; dm0.array() -= (dm1.col(c).array()*m0.array()).sum()/(k*k); MatrixXd dn = 0*n.col(i); for(int yj=0; yj<nvals; yj++){ for(int yi=0; yi<nvals; yi++){ int index = yi + yj*nvals; dpsi_ij(index,c) += dm0(yi)*S(yi,yj)/psi_ij(index,c); dpsi_i(yj,j) += dm0(yi)*S(yi,yj)/psi_i(yj,j); dn(yj) += dm0(yi)*S(yi,yj)/n(yj,j); dm2(yj,c) -= dm0(yi)*S(yi,yj)/m2(yj,c); } } for(int yj=0; yj<nvals; yj++){ for(int k=0; k<N1.cols(); k++){ int d = N1(j, k); if(d==-2) continue; dm1(yj, d) += rho*dn(yj)*n(yj, j)/m1(yj, d); } for(int k=0; k<N2.cols(); k++){ int d = N2(j, k); if(d==-2) continue; dm2(yj, d) += rho*dn(yj)*n(yj, j)/m2(yj, d); } } dm1.col(c) *= 0.0; if( dorec ) for(int yi=nvals-1; yi>=0; yi--){ m1(yi,c)=mstor(w); w--;} } } } }
void mexFunction(int nlhs, mxArray *plhs[], int nrhs, const mxArray *prhs[]) { // trw_bprop_helper2(model, psi_ij_rho, psi_i, rho, maxiter, n, m1, m2, b_i,... // dm1, dm2, dn, dpsi_i, dpsi_ij); int i=0; int nnodes = mapdouble(mxGetField(prhs[i],0,"nnodes"))(0); int ncliques = mapdouble(mxGetField(prhs[i],0,"ncliques"))(0); int nvals = mapdouble(mxGetField(prhs[i],0,"nvals"))(0); MatrixXi pairs = mapdouble(mxGetField(prhs[i],0,"pairs")).cast<int>(); pairs.array() -= 1; MatrixXi N1 = mapdouble(mxGetField(prhs[i],0,"N1")).cast<int>(); N1.array() -= 1; MatrixXi N2 = mapdouble(mxGetField(prhs[i],0,"N2")).cast<int>(); N2.array() -= 1; MatrixXi tree2clique = mapdouble(mxGetField(prhs[i],0,"tree2clique")).cast<int>(); tree2clique.array() -= 1; MatrixXi treeschedule = mapdouble(mxGetField(prhs[i],0,"treeschedule")).cast<int>(); treeschedule.array() -= 1; i++; MatrixMd psi_ij = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd psi_i = mapdouble(prhs[i++]); double rho = mapdouble(prhs[i++])(0); int maxiter = mapdouble(prhs[i++])(0); MatrixMd n = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd m1 = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd m2 = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd b_i = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd mstor = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd dm1 = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd dm2 = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd dn = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd dpsi_i = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd dpsi_ij = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd b_ij0 = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd db_ij0 = mapdouble(prhs[i++]); int dorec = mapdouble(prhs[i++]).cast<int>()(0); MatrixMi w = mapint32(prhs[i++]); #pragma omp parallel for num_threads(NTHREAD) for(int c=0; c<ncliques; c++) { int i = pairs(c, 0); int j = pairs(c, 1); for(int yi=0; yi<nvals; yi++) { for(int yj=0; yj<nvals; yj++) { int index = yi + yj*nvals; //b_ij0(index,c) = b_ij0(index,c)*psi_i(yi,i)*psi_i(yj,j)*n(yi,i)*n(yj,j)/m1(yi,c)/m2(yj,c); dpsi_i(yi, i) = dpsi_i(yi, i) + db_ij0(index, c)*b_ij0(index, c)/psi_i(yi, i); dpsi_i(yj, j) = dpsi_i(yj, j) + db_ij0(index, c)*b_ij0(index, c)/psi_i(yj, j); dn(yi, i) = dn(yi, i) + db_ij0(index, c)*b_ij0(index, c)/n(yi, i); dn(yj, j) = dn(yj, j) + db_ij0(index, c)*b_ij0(index, c)/n(yj, j); dm1(yi, c) = dm1(yi, c) - db_ij0(index, c)*b_ij0(index, c)/m1(yi, c); dm2(yj, c) = dm2(yj, c) - db_ij0(index, c)*b_ij0(index, c)/m2(yj, c); } } } #pragma omp parallel for num_threads(NTHREAD) for(int i=0; i<b_i.cols(); i++) { for(int yi=0; yi<nvals; yi++) { for(int k=0; k<N1.cols(); k++) { int d = N1(i, k); if(d==-2) continue; //n(yi, i) *= m1(yi, d); dm1(yi,d) += rho * dn(yi,i)*n(yi,i)/m1(yi,d); } for(int k=0; k<N2.cols(); k++) { int d = N2(i, k); if(d==-2) continue; //n(yi, i) *= m2(yi, d); dm2(yi,d) += rho * dn(yi,i)*n(yi,i)/m2(yi,d); } } } //tree_ncliques = sum(double(model.tree2clique>0),1); //ntree = length(tree_ncliques); int ntree = tree2clique.cols(); MatrixXi tree_ncliques = MatrixXi::Zero(ntree,1); for(int tree=0; tree<tree2clique.cols(); tree++) for(i=0; i<tree2clique.rows(); i++) if(tree2clique(i,tree) != -1) tree_ncliques(tree)++; int reps; double conv; for(reps=0; reps<maxiter; reps++) { // must re-order blocks //for(int block=0; block<treeschedule.cols(); block++){ for(int block=treeschedule.cols()-1; block>=0; block--) { // need not re-order trees, but why not... // helps if someone specifies not parallel trees // for(int treenum=treeschedule.rows()-1; treenum>=0; treenum--){ #pragma omp parallel for schedule(dynamic) num_threads(NTHREAD) for(int treenum=0; treenum<treeschedule.rows(); treenum++) { MatrixXd S (nvals,nvals); MatrixXd m0(nvals,1); int tree = treeschedule(treenum,block); if(tree==-1) continue; int ncliques = tree_ncliques(tree); for(int c0=2*ncliques-1; c0>=0; c0--) { int c, mode; if(c0<ncliques) { c = tree2clique(c0,tree); mode = 1; } else { c = tree2clique(ncliques - 1 - (c0-ncliques),tree); mode = 2; } //cout << "BW c " << c << " mode " << mode << endl; int i = pairs(c,0); int j = pairs(c,1); if( mode==1 ) { for(int yi=0; yi<nvals; yi++) n(yi, i) = 1; for(int k=0; k<N1.cols(); k++) { int d = N1(i, k); if(d==-2) continue; for(int yi=0; yi<nvals; yi++) n(yi, i) *= m1(yi, d); } for(int k=0; k<N2.cols(); k++) { int d = N2(i, k); if(d==-2) continue; for(int yi=0; yi<nvals; yi++) n(yi, i) *= m2(yi, d); } // n.col(i) = n.col(i).array().pow(rho); if(rho==1) { //nothing } else if(rho==.5) { n.col(i) = n.col(i).array().sqrt(); } else n.col(i) = n.col(i).array().pow(rho); // compute m(y_j) for(int yj=0; yj<nvals; yj++) { m0(yj) = 0; for(int yi=0; yi<nvals; yi++) { int index = yi + yj*nvals; S(yi,yj) = psi_ij(index, c)*psi_i(yi, i)*n(yi, i)/m1(yi, c); m0(yj) += S(yi,yj); } } double k = S.sum(); MatrixXd dm0 = dm2.col(c)/k; dm0.array() -= (dm2.col(c).array()*m0.array()).sum()/(k*k); MatrixXd dn = 0*n.col(i); for(int yj=0; yj<nvals; yj++) { for(int yi=0; yi<nvals; yi++) { int index = yi + yj*nvals; dpsi_ij(index,c) += dm0(yj)*S(yi,yj)/psi_ij(index,c); dpsi_i(yi,i) += dm0(yj)*S(yi,yj)/psi_i(yi,i); dn(yi) += dm0(yj)*S(yi,yj)/n(yi,i); dm1(yi,c) -= dm0(yj)*S(yi,yj)/m1(yi,c); } } for(int yi=0; yi<nvals; yi++) { for(int k=0; k<N1.cols(); k++) { int d = N1(i, k); if(d==-2) continue; dm1(yi,d) += rho*dn(yi)*n(yi,i)/m1(yi,d); } for(int k=0; k<N2.cols(); k++) { int d = N2(i, k); if(d==-2) continue; dm2(yi,d) += rho*dn(yi)*n(yi,i)/m2(yi,d); } } dm2.col(c) *= 0.0; if( dorec ) for(int yj=nvals-1; yj>=0; yj--) { w(tree)=w(tree)-1; m2(yj,c)=mstor(w(tree),tree); } } else if( mode==2 ) { for( int yj=0; yj<nvals; yj++) n(yj, j) = 1; for(int k=0; k<N1.cols(); k++) { int d = N1(j, k); if(d==-2) continue; for( int yj=0; yj<nvals; yj++) n(yj, j) *= m1(yj, d); } for(int k=0; k<N2.cols(); k++) { int d = N2(j, k); if(d==-2) continue; for( int yj=0; yj<nvals; yj++) n(yj, j) *= m2(yj, d); } // n.col(j) = n.col(j).array().pow(rho); if(rho==1) { //nothing } else if(rho==.5) { n.col(j) = n.col(j).array().sqrt(); } else n.col(j) = n.col(j).array().pow(rho); for(int yi=0; yi<nvals; yi++) { m0(yi) = 0; for(int yj=0; yj<nvals; yj++) { int index = yi + yj*nvals; S(yi,yj) = psi_ij(index, c)*psi_i(yj, j)*n(yj, j)/m2(yj, c); m0(yi) += S(yi,yj); } } double k = S.sum(); MatrixXd dm0 = dm1.col(c)/k; dm0.array() -= (dm1.col(c).array()*m0.array()).sum()/(k*k); MatrixXd dn = 0*n.col(i); for(int yj=0; yj<nvals; yj++) { for(int yi=0; yi<nvals; yi++) { int index = yi + yj*nvals; dpsi_ij(index,c) += dm0(yi)*S(yi,yj)/psi_ij(index,c); dpsi_i(yj,j) += dm0(yi)*S(yi,yj)/psi_i(yj,j); dn(yj) += dm0(yi)*S(yi,yj)/n(yj,j); dm2(yj,c) -= dm0(yi)*S(yi,yj)/m2(yj,c); } } for(int yj=0; yj<nvals; yj++) { for(int k=0; k<N1.cols(); k++) { int d = N1(j, k); if(d==-2) continue; dm1(yj, d) += rho*dn(yj)*n(yj, j)/m1(yj, d); } for(int k=0; k<N2.cols(); k++) { int d = N2(j, k); if(d==-2) continue; dm2(yj, d) += rho*dn(yj)*n(yj, j)/m2(yj, d); } } dm1.col(c) *= 0.0; if( dorec ) for(int yi=nvals-1; yi>=0; yi--) { w(tree)=w(tree)-1; m1(yi,c)=mstor(w(tree),tree); } } } } } } }
// mcmc_helper(im,im_prev,buf,int(xwho),int(xwho2)); void mexFunction(int nlhs, mxArray *plhs[], int nrhs, const mxArray *prhs[]){ // trw_simple_helper(model,c_ij, psi_i, rho, n, m1, m2); // need from model struct: //model = // // nnodes: 10000 //ncliques: 20000 // nvals: 2 // pairs: [20000x2 double] // N1: {10000x1 cell} // N2: {10000x1 cell} int i=0; int nnodes = mapdouble(mxGetField(prhs[i],0,"nnodes"))(0); int ncliques = mapdouble(mxGetField(prhs[i],0,"ncliques"))(0); int nvals = mapdouble(mxGetField(prhs[i],0,"nvals"))(0); MatrixXi pairs = mapdouble(mxGetField(prhs[i],0,"pairs")).cast<int>(); pairs.array() -= 1; MatrixXi N1 = mapdouble(mxGetField(prhs[i],0,"N1")).cast<int>(); N1.array() -= 1; MatrixXi N2 = mapdouble(mxGetField(prhs[i],0,"N2")).cast<int>(); N2.array() -= 1; //vector<MatrixXi> N1; //vector<MatrixXi> N2; //mxArray *mxN1 = mxGetField(prhs[i],0,"N1"); //mxArray *mxN2 = mxGetField(prhs[i],0,"N2"); //for(int node=0; node<nnodes; node++){ // N1.push_back( mapdouble(mxGetCell(mxN1,node)).cast<int>() ); // N2.push_back( mapdouble(mxGetCell(mxN2,node)).cast<int>() ); // N1[node].cwise() -= 1; // N2[node].cwise() -= 1; //} i++; MatrixMd psi_ij = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd psi_i = mapdouble(prhs[i++]); double rho = mapdouble(prhs[i++])(0); int maxiter = mapdouble(prhs[i++])(0); double damp = mapdouble(prhs[i++])(0); double convthresh = mapdouble(prhs[i++])(0); MatrixMd n = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd m1 = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd m2 = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd b_i = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd b_ij = mapdouble(prhs[i++]); MatrixMd Z_ij = mapdouble(prhs[i++]); MatrixXd b_i_save = b_i; MatrixXd S (nvals,nvals); MatrixXd m0(nvals,1); int reps; double conv; for(reps=0; reps<maxiter; reps++){ for(int c0=0; c0<ncliques*2; c0++){ int c, mode; if(c0<ncliques){ c = c0; mode = 1; } else{ c = ncliques - 1 - (c0-ncliques); mode = 2; } int i = pairs(c,0); int j = pairs(c,1); if( mode==1 ){ for(int yi=0; yi<nvals; yi++) n(yi, i) = 1; for(int k=0; k<N1.cols(); k++){ int d = N1(i, k); if(d==-2) continue; for(int yi=0; yi<nvals; yi++) n(yi, i) *= m1(yi, d); } for(int k=0; k<N2.cols(); k++){ int d = N2(i, k); if(d==-2) continue; for(int yi=0; yi<nvals; yi++) n(yi, i) *= m2(yi, d); } for(int yi=0; yi<nvals; yi++) n(yi, i) = pow(n(yi, i), rho); // compute m(y_j) for(int yj=0; yj<nvals; yj++){ m0(yj) = 0; for(int yi=0; yi<nvals; yi++){ int index = yi + yj*nvals; S(yi,yj) = psi_ij(index, c)*psi_i(yi, i)*n(yi, i)/m1(yi, c); m0(yj) += S(yi,yj); } } double k = S.sum(); m2.col(c) = m0/k; } else{ for( int yj=0; yj<nvals; yj++) n(yj, j) = 1; for(int k=0; k<N1.cols(); k++){ int d = N1(j, k); if(d==-2) continue; for( int yj=0; yj<nvals; yj++) n(yj, j) *= m1(yj, d); } for(int k=0; k<N2.cols(); k++){ int d = N2(j, k); if(d==-2) continue; for( int yj=0; yj<nvals; yj++) n(yj, j) *= m2(yj, d); } for( int yj=0; yj<nvals; yj++) n(yj, j) = pow(n(yj, j), rho); for(int yi=0; yi<nvals; yi++){ m0(yi) = 0; for(int yj=0; yj<nvals; yj++){ int index = yi + yj*nvals; S(yi,yj) = psi_ij(index, c)*psi_i(yj, j)*n(yj, j)/m2(yj, c); m0(yi) += S(yi,yj); } } double k = S.sum(); m1.col(c) = m0/k; } } b_i = n.array()*psi_i.array(); norm_cols(b_i); conv = (b_i-b_i_save).array().abs().maxCoeff(); //cout << "reps: " << reps << " conv: " << conv << endl; if(conv < convthresh) break; b_i_save = b_i; } //cout << "reps: " << reps << " conv: " << conv << endl; b_ij = psi_ij; for(int c=0; c<ncliques; c++){ int i = pairs(c,0); int j = pairs(c,1); for(int yi=0; yi<nvals; yi++){ for(int yj=0; yj<nvals; yj++){ int index = yi + yj*nvals; b_ij(index,c) = b_ij(index,c)*psi_i(yi,i)*psi_i(yj,j)*n(yi,i)*n(yj,j)/m1(yi,c)/m2(yj,c); } } } Z_ij = b_ij.colwise().sum(); for(int c=0; c<ncliques; c++) b_ij.col(c) = b_ij.col(c)/Z_ij(c); plhs[0] = mxCreateDoubleMatrix(1, 1, mxREAL); double *outArray; outArray = mxGetPr(plhs[0]); outArray[0] = reps; }