PetscErrorCode DPsi(AppCtx *user)
{
PetscErrorCode ierr;
PetscScalar Evf=user->Evf,Eif=user->Eif,kBT=user->kBT,A=user->A;
PetscScalar *cv_p,*ci_p,*eta_p,*logcv_p,*logci_p,*logcvi_p,*DPsiv_p,*DPsii_p,*DPsieta_p;
PetscInt n,i;
PetscFunctionBeginUser;
ierr = VecGetLocalSize(user->cv,&n);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecGetArray(user->cv,&cv_p);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecGetArray(user->ci,&ci_p);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecGetArray(user->eta,&eta_p);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecGetArray(user->logcv,&logcv_p);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecGetArray(user->logci,&logci_p);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecGetArray(user->logcvi,&logcvi_p);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecGetArray(user->DPsiv,&DPsiv_p);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecGetArray(user->DPsii,&DPsii_p);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecGetArray(user->DPsieta,&DPsieta_p);CHKERRQ(ierr);
ierr = Llog(user->cv,user->logcv);CHKERRQ(ierr);
ierr = Llog(user->ci,user->logci);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecCopy(user->cv,user->cvi);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecAXPY(user->cvi,1.0,user->ci);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecScale(user->cvi,-1.0);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecShift(user->cvi,1.0);CHKERRQ(ierr);
ierr = Llog(user->cvi,user->logcvi);CHKERRQ(ierr);
for (i=0; i<n; i++)
{
DPsiv_p[i] = (eta_p[i]-1.0)*(eta_p[i]-1.0)*(Evf + kBT*(logcv_p[i] - logcvi_p[i])) + eta_p[i]*eta_p[i]*2*A*(cv_p[i]-1);
DPsii_p[i] = (eta_p[i]-1.0)*(eta_p[i]-1.0)*(Eif + kBT*(logci_p[i] - logcvi_p[i])) + eta_p[i]*eta_p[i]*2*A*ci_p[i];
DPsieta_p[i] = 2.0*(eta_p[i]-1.0)*(Evf*cv_p[i] + Eif*ci_p[i] + kBT*(cv_p[i]* logcv_p[i] + ci_p[i]* logci_p[i] + (1-cv_p[i]-ci_p[i])*logcvi_p[i])) + 2.0*eta_p[i]*A*((cv_p[i]-1.0)*(cv_p[i]-1.0) + ci_p[i]*ci_p[i]);
}
ierr = VecRestoreArray(user->cv,&cv_p);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecRestoreArray(user->ci,&ci_p);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecRestoreArray(user->eta,&eta_p);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecRestoreArray(user->logcv,&logcv_p);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecRestoreArray(user->logci,&logci_p);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecRestoreArray(user->logcvi,&logcvi_p);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecRestoreArray(user->DPsiv,&DPsiv_p);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecRestoreArray(user->DPsii,&DPsii_p);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecRestoreArray(user->DPsieta,&DPsieta_p);CHKERRQ(ierr);
PetscFunctionReturn(0);
}
PetscErrorCode DPsi(AppCtx *user)
{
PetscErrorCode ierr;
PetscScalar Evf=user->Evf,A=user->A,B=user->B,cv0=user->cv0;
PetscScalar *cv_p,*eta_p,*logcv_p,*logcv2_p,*DPsiv_p,*DPsieta_p;
PetscInt n,i;
PetscFunctionBeginUser;
ierr = VecGetLocalSize(user->cv,&n);
ierr = VecGetArray(user->cv,&cv_p);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecGetArray(user->eta,&eta_p);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecGetArray(user->logcv,&logcv_p);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecGetArray(user->logcv2,&logcv2_p);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecGetArray(user->DPsiv,&DPsiv_p);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecGetArray(user->DPsieta,&DPsieta_p);CHKERRQ(ierr);
ierr = Llog(user->cv,user->logcv);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecCopy(user->cv,user->work1);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecScale(user->work1,-1.0);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecShift(user->work1,1.0);CHKERRQ(ierr);
ierr = Llog(user->work1,user->logcv2);CHKERRQ(ierr);
for (i=0; i<n; i++)
{
DPsiv_p[i] = (eta_p[i]-1.0)*(eta_p[i]-1.0)*(eta_p[i]+1.0)*(eta_p[i]+1.0)*(Evf + logcv_p[i] - logcv2_p[i]) - 2.0*A*(cv_p[i] - cv0)*eta_p[i]*(eta_p[i]+2.0)*(eta_p[i]-1.0)*(eta_p[i]-1.0) + 2.0*B*(cv_p[i] - 1.0)*eta_p[i]*eta_p[i];
DPsieta_p[i] = 4.0*eta_p[i]*(eta_p[i]-1.0)*(eta_p[i]+1.0)*(Evf*cv_p[i] + cv_p[i]*logcv_p[i] + (1.0-cv_p[i])*logcv2_p[i]) - A*(cv_p[i] - cv0)*(cv_p[i] - cv0)*(4.0*eta_p[i]*eta_p[i]*eta_p[i] - 6.0*eta_p[i] + 2.0) + 2.0*B*(cv_p[i]-1.0)*(cv_p[i]-1.0)*eta_p[i];
}
ierr = VecRestoreArray(user->cv,&cv_p);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecRestoreArray(user->eta,&eta_p);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecGetArray(user->logcv,&logcv_p);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecGetArray(user->logcv2,&logcv2_p);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecRestoreArray(user->DPsiv,&DPsiv_p);CHKERRQ(ierr);
ierr = VecRestoreArray(user->DPsieta,&DPsieta_p);CHKERRQ(ierr);
PetscFunctionReturn(0);
}
