inline static int16_t smith_waterman_farrar(Objeto*o, char *sec_database, int16_t long_sec_database){
int32_t * aux_Max;
int16_t ret_max = 0;
__m512i vGapOpen, vGapExtend, zero;
__m512i vF, vH, vMax, vE_j, vAux0;
int segLen = (64 / sizeof(int32_t));
int numSeg = (long_sec_ref + 63 / sizeof(int32_t)) / (64 / sizeof(int32_t));
int32_t cog[segLen] __attribute__((aligned(64)));
int32_t ceg[segLen] __attribute__((aligned(64)));
//
for(int x=0;x<segLen;x++) {
cog[x] = coste_open_gap;
ceg[x] = coste_extend_gap;
}
vGapOpen = _mm512_load_epi32(cog);
vGapExtend = _mm512_load_epi32(ceg);
zero = _mm512_xor_epi32(zero, zero);
vMax = _mm512_xor_epi32(vMax, vMax); // vMax = <0, 0, ..., 0>
for(int j=0; j<long_profile; j++){
o->columnaPrevia_Max[j] = 0;
//o->columna_Up[j] = 0;
o->columna_Left[j] = 0;
}
for(int x=0; x<long_sec_database; x++){
// vF = <0, 0, ..., 0>
vF = _mm512_xor_epi32(vF, vF);
// vH = vHStore[numSeg - 1] << 1
vH = _mm512_load_epi32(o->columnaPrevia_Max + (numSeg - 1) * segLen);
vH = shiftRight(vH);
//
int8_t pos_letra_database = letras[(int)(sec_database[x])];
//printf("Letra %d %c %d\n", x, sec_database[x], pos_letra_database);
int32_t offset = pos_letra_database * long_profile;
int j;
for(j=0; j<numSeg; j++){
// vH = vH + vProfile[letra][j]
int32_t * valor_match = profile + offset;
offset += segLen;
vAux0 = _mm512_load_epi32(valor_match);
vH = _mm512_add_epi32(vH, vAux0);
// vMax = max(vMax, vH);
vMax = _mm512_max_epi32(vMax, vH);
// vE[j] = max(vH, vE[j])
// vH = max(vH, vF)
vE_j = _mm512_load_epi32(o->columna_Left + j*segLen);
vH = _mm512_max_epi32(vH, vE_j);
vH = _mm512_max_epi32(vH, vF);
// vHStore[j] = vH
_mm512_store_epi32(o->columnaActual_Max + j*segLen, vH);
// vAux = vH - vGapOpen
vAux0 = _mm512_sub_epi32(vH, vGapOpen);
vAux0 = _mm512_max_epi32(vAux0, zero);
// vE[j] = vE[j] - vGapExtend
vE_j = _mm512_sub_epi32(vE_j, vGapExtend);
vE_j = _mm512_max_epi32(vE_j, zero);
// vE[j] = max(vE[j], vAux)
vE_j = _mm512_max_epi32(vE_j, vAux0);
_mm512_store_epi32(o->columna_Left + j*segLen, vE_j);
// vF = vF - vGapExtend
vF = _mm512_sub_epi32(vF, vGapExtend);
vF = _mm512_max_epi32(vF, zero);
// vF = max(vF, vAux)
vF = _mm512_max_epi32(vF, vAux0);
// vH = vHLoad[j]
vH = _mm512_load_epi32(o->columnaPrevia_Max + j*segLen);
}
// Optimización de SWAT
/*
for(int x=0; x<long_profile; x++){
printf("vMax[%d]=%d\n", x, o->columnaActual_Max[x]);
}
printf("Numseg: %d\n", numSeg);
displayV("F", vF);
*/
// vF = vF << 1
vF = shiftRight(vF);
j = 0;
do { // while(AnyElement(vF > vHStore[j] - vGapOpen
vH = _mm512_load_epi32(o->columnaActual_Max + j*segLen);
vAux0 = _mm512_sub_epi32(vH, vGapOpen);
vAux0 = _mm512_max_epi32(vAux0, zero);
__mmask16 mascara = _mm512_cmpgt_epi32_mask (vF, vAux0);
if (mascara == 0) break;
// vHStore[j] = max(vHStore[j], vF)
vH = _mm512_max_epi32(vH, vF);
_mm512_store_epi32(o->columnaActual_Max + j*segLen, vH);
// vF = vF - vGapExtend
vF = _mm512_sub_epi32(vF, vGapExtend);
vF = _mm512_max_epi32(vF, zero);
if (++j >= numSeg) {
// vF = vF << 1
vF = shiftRight(vF);
j = 0;
}
} while(1);
//
aux_Max = o->columnaActual_Max;
o->columnaActual_Max = o->columnaPrevia_Max;
o->columnaPrevia_Max = aux_Max;
//
}
int32_t max[segLen] __attribute__((aligned(64)));
_mm512_store_epi32(max, vMax);
for(int x=1;x<segLen;x++) {
if(max[0] < max[x]) max[0] = max[x];
}
if (max[0] > 32767) max[0] = 32767;
ret_max = max[0];
return ret_max;
}
void extern
avx512f_test (void)
{
m = _mm512_cmpgt_epi32_mask (x, x);
m = _mm512_mask_cmpgt_epi32_mask (3, x, x);
}
