//this function is called from within the bamreader
void callBack_bambi(fcb *fff){
if(fff==NULL){
// fprintf(stderr,"SEnding NULL this is a killswitch");
selector(NULL);//<-send NULL which acts as a killswitch
}else{
funkyPars *fp = allocFunkyPars();
fp->for_callback=fff;
fp->refId = fp->for_callback->refId;
selector(fp);
}
}
funkyPars *vcfReader::fetch(int chunkSize){
// fprintf(stderr,"fetch:%d curChr:%d\n\n",chunkSize,curChr);
static int eof=0;
if(eof)
return NULL;
funkyPars *r = allocFunkyPars();
// r->likes=r->post=NULL;
r->likes=new double*[chunkSize];
r->post=new double*[chunkSize];
for(int i=0;i<chunkSize;i++){
memset(r->likes,0,chunkSize*sizeof(double*));
memset(r->post,0,chunkSize*sizeof(double*));
}
r->posi=new int[chunkSize];
r->major = new char[chunkSize];
r->minor = new char[chunkSize];
memset(r->major,0,chunkSize);
memset(r->minor,0,chunkSize);
// fprintf(stderr,"curChr:%d\n",curChr);
r->refId = curChr;
static int changed =0;
reread:
int i=0;
if(changed){
// fprintf(stderr,"inchange\n");
int p = parseline(r->likes,r->post,r->major[0],r->minor[0]);
if(p>0)
r->posi[i++]=p-1;
}
changed=0;
int cnt=i;//counter for the in-array position.
buf=original;
for(;i<chunkSize;i++){
if(0==aio::tgets(gz,&buf,&len)){
fprintf(stderr,"\t-> Done reading vcffile\n");fflush(stderr);
eof=1;
break;
}
if(buf!=original)
original=buf;
// fprintf(stderr,"in for loop2\n");
buf[strlen(buf)-1] = '\0';
saveptr=buf;
char *tmp = strchr(saveptr,'\t');
tmp[0]='\0';
char *chr = saveptr;
saveptr=tmp+1;
aMap::const_iterator it=revMap->find(chr);
if(it==revMap->end()){
fprintf(stderr,"Problem finding chromosome: %s in fai file\n",chr);
exit(0);
}
if(curChr==-1){
//init chr
r->refId=curChr=it->second;
}
if(curChr!=it->second){
changed =1;
curChr=it->second;
// fprintf(stderr,"breaking for change of chr\n");
break;
}
// fprintf(stderr,"in for loop3\n");
int p = parseline(r->likes+cnt,r->post+cnt,r->major[cnt],r->minor[cnt]);
// fprintf(stderr,"in for loop4\n");
buf=original;
if(p==0)
continue;
else{
r->posi[cnt]=p-1;
cnt++;//only update cnt
}
}
r->nInd=nInd;
r->numSites=cnt;
// fprintf(stderr,"\t-> r->nind:%d r->numSites:%d r->refId:%d\n",r->nInd,r->numSites,r->refId);
if(r->numSites==0&&eof!=1)
goto reread;
// fprintf(stderr,"\t-> r->nind:%d r->numSites:%d r->refId:%d\n",r->nInd,r->numSites,r->refId);
return r;
}
funkyPars *beagle_reader::fetch(int chunksize){
char refToChar[256] = {
0,1,2,3,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//15
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//31
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//47
0,1,2,3,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//63
4,0,4,1,4,4,4,2,4,4,4,4,4,4,4,4,//79
4,4,4,4,3,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//95
4,0,4,1,4,4,4,2,4,4,4,4,4,4,4,4,//111
4,4,4,4,3,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//127
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//143
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//159
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//175
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//191
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//207
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//223
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//239
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4//255
};
static const char *delims = "\t \n";
static const char *delims2 = "_\t \n";
double **post = new double*[chunksize];
funkyPars * myfunky =allocFunkyPars();
myfunky->posi = new int[chunksize];
myfunky->major = new char[chunksize];
myfunky->minor = new char[chunksize];
for(int s=0;s<chunksize;s++)
post[s] = new double[nInd*3];
int nSites=0;
static int positions =0;//every site is a new position across different chunks
static int lastRefId =-1;
static int changed =0;
if(changed){
//parse an entire site:
myfunky->refId = lastRefId;
myfunky->posi[nSites] = atoi(strtok_r(NULL,delims2,&buffer))-1;
myfunky->major[nSites] = refToChar[strtok_r(NULL,delims,&buffer)[0]];
myfunky->minor[nSites] = refToChar[strtok_r(NULL,delims,&buffer)[0]];
parsepost(buffer,post[nSites],nInd,delims);
nSites++;
changed =0;
}
buffer=original;
while(gzgets(gz,buffer,bytesPerLine)) {
if(strlen(buffer)==bytesPerLine-1){
fprintf(stderr,"\t-> Increase -bytesPerLine value\n");
exit(0);
}
if(intName){
char *tok = strtok_r(buffer,delims2,&buffer);
aMap ::const_iterator it = revMap->find(tok);
if(it==revMap->end()){
fprintf(stderr,"\t-> Problem finding chr:%s from faifile\n",tok);
exit(0);
}
if(lastRefId==-1)
lastRefId = it->second;
if(lastRefId!=it->second){
changed =1;
lastRefId = it->second;
break;
}
lastRefId = it->second;
myfunky->refId = lastRefId;
myfunky->posi[nSites] = atoi(strtok_r(NULL,delims2,&buffer))-1;
}
else{
char *tok = strtok_r(buffer,delims,&buffer);
myfunky->refId = 0;
myfunky->posi[nSites] = positions++;
}
myfunky->major[nSites] = refToChar[strtok_r(NULL,delims,&buffer)[0]];
myfunky->minor[nSites] = refToChar[strtok_r(NULL,delims,&buffer)[0]];
parsepost(buffer,post[nSites],nInd,delims);
buffer=original;
nSites++;
if(nSites>=chunksize)
break;
}
if(nSites<chunksize){
for(int s=nSites;s<chunksize;s++)
delete[] post[s];
}
myfunky->nInd=nInd;
myfunky->post=post;
myfunky->numSites = nSites;
if(nSites==0){
delete [] post;
deallocFunkyPars(myfunky);
return(NULL);
}
return(myfunky);
}
funkyPars *mpileup::fetch(int chunksize){
static const char *delims = "\t \n";
funkyPars * myfunky =allocFunkyPars();
myfunky->posi = new int[chunksize];
myfunky->ref = new char[chunksize];
myfunky->chk = new chunkyT;
myfunky->chk->nd = new tNode **[chunksize];
myfunky->chk->refPos = NULL;
int nSites=0;
static int lastRefId =-1;
static int changed =0;
aMap ::const_iterator it;
if(changed){
//parse an entire site:
myfunky->refId = lastRefId;
myfunky->posi[nSites] = atoi(strtok_r(NULL,delims,&buffer))-1;
myfunky->ref[nSites] = refToInt[strtok_r(NULL,delims,&buffer)[0]];
myfunky->chk->nd[nSites++] = parseNd(buffer,nInd,delims,minQ);
changed =0;
}
buffer=original;
while(aio::tgets(gz,&buffer,&l)) {
if(buffer!=original)
original=buffer;
char *tok = strtok_r(buffer,delims,&buffer);
it=revMap->find(tok);
if(it==revMap->end()){
fprintf(stderr,"\t-> Problems finding reference \'%s\' in fai file\n",tok);
exit(0);
}
if(lastRefId==-1)
lastRefId = it->second;
if(lastRefId!=it->second){
changed =1;
lastRefId = it->second;
myfunky->refId = lastRefId;
break;
}
lastRefId = it->second;
myfunky->refId = lastRefId;
myfunky->posi[nSites] = atoi(strtok_r(NULL,delims,&buffer))-1;
myfunky->ref[nSites] = refToInt[strtok_r(NULL,delims,&buffer)[0]];
myfunky->chk->nd[nSites++] = parseNd(buffer,nInd,delims,minQ);
buffer=original;
if(nSites>=chunksize)
break;
}
// fprintf(stderr,"afterloop\n");
myfunky->nInd=myfunky->chk->nSamples= nInd;
myfunky->numSites = myfunky->chk->nSites=nSites;
//fprintf(stderr,"\nchange2 %d\tnSites %d\tlastRefId\t%d %d %d\n",lastRefId,nSites,lastRefId,myfunky->refId,it->second);
// fflush(stderr);
if(nSites==0 && changed == 0){
deallocFunkyPars(myfunky);
return(NULL);
}
return(myfunky);
}
