funkyPars *beagle_reader::fetch(int chunksize){
char refToChar[256] = {
0,1,2,3,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//15
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//31
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//47
0,1,2,3,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//63
4,0,4,1,4,4,4,2,4,4,4,4,4,4,4,4,//79
4,4,4,4,3,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//95
4,0,4,1,4,4,4,2,4,4,4,4,4,4,4,4,//111
4,4,4,4,3,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//127
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//143
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//159
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//175
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//191
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//207
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//223
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,//239
4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4,4//255
};
static const char *delims = "\t \n";
static const char *delims2 = "_\t \n";
double **post = new double*[chunksize];
funkyPars * myfunky =allocFunkyPars();
myfunky->posi = new int[chunksize];
myfunky->major = new char[chunksize];
myfunky->minor = new char[chunksize];
for(int s=0;s<chunksize;s++)
post[s] = new double[nInd*3];
int nSites=0;
static int positions =0;//every site is a new position across different chunks
static int lastRefId =-1;
static int changed =0;
if(changed){
//parse an entire site:
myfunky->refId = lastRefId;
myfunky->posi[nSites] = atoi(strtok_r(NULL,delims2,&buffer))-1;
myfunky->major[nSites] = refToChar[strtok_r(NULL,delims,&buffer)[0]];
myfunky->minor[nSites] = refToChar[strtok_r(NULL,delims,&buffer)[0]];
parsepost(buffer,post[nSites],nInd,delims);
nSites++;
changed =0;
}
buffer=original;
while(gzgets(gz,buffer,bytesPerLine)) {
if(strlen(buffer)==bytesPerLine-1){
fprintf(stderr,"\t-> Increase -bytesPerLine value\n");
exit(0);
}
if(intName){
char *tok = strtok_r(buffer,delims2,&buffer);
aMap ::const_iterator it = revMap->find(tok);
if(it==revMap->end()){
fprintf(stderr,"\t-> Problem finding chr:%s from faifile\n",tok);
exit(0);
}
if(lastRefId==-1)
lastRefId = it->second;
if(lastRefId!=it->second){
changed =1;
lastRefId = it->second;
break;
}
lastRefId = it->second;
myfunky->refId = lastRefId;
myfunky->posi[nSites] = atoi(strtok_r(NULL,delims2,&buffer))-1;
}
else{
char *tok = strtok_r(buffer,delims,&buffer);
myfunky->refId = 0;
myfunky->posi[nSites] = positions++;
}
myfunky->major[nSites] = refToChar[strtok_r(NULL,delims,&buffer)[0]];
myfunky->minor[nSites] = refToChar[strtok_r(NULL,delims,&buffer)[0]];
parsepost(buffer,post[nSites],nInd,delims);
buffer=original;
nSites++;
if(nSites>=chunksize)
break;
}
if(nSites<chunksize){
for(int s=nSites;s<chunksize;s++)
delete[] post[s];
}
myfunky->nInd=nInd;
myfunky->post=post;
myfunky->numSites = nSites;
if(nSites==0){
delete [] post;
deallocFunkyPars(myfunky);
return(NULL);
}
return(myfunky);
}
funkyPars *mpileup::fetch(int chunksize){
static const char *delims = "\t \n";
funkyPars * myfunky =allocFunkyPars();
myfunky->posi = new int[chunksize];
myfunky->ref = new char[chunksize];
myfunky->chk = new chunkyT;
myfunky->chk->nd = new tNode **[chunksize];
myfunky->chk->refPos = NULL;
int nSites=0;
static int lastRefId =-1;
static int changed =0;
aMap ::const_iterator it;
if(changed){
//parse an entire site:
myfunky->refId = lastRefId;
myfunky->posi[nSites] = atoi(strtok_r(NULL,delims,&buffer))-1;
myfunky->ref[nSites] = refToInt[strtok_r(NULL,delims,&buffer)[0]];
myfunky->chk->nd[nSites++] = parseNd(buffer,nInd,delims,minQ);
changed =0;
}
buffer=original;
while(aio::tgets(gz,&buffer,&l)) {
if(buffer!=original)
original=buffer;
char *tok = strtok_r(buffer,delims,&buffer);
it=revMap->find(tok);
if(it==revMap->end()){
fprintf(stderr,"\t-> Problems finding reference \'%s\' in fai file\n",tok);
exit(0);
}
if(lastRefId==-1)
lastRefId = it->second;
if(lastRefId!=it->second){
changed =1;
lastRefId = it->second;
myfunky->refId = lastRefId;
break;
}
lastRefId = it->second;
myfunky->refId = lastRefId;
myfunky->posi[nSites] = atoi(strtok_r(NULL,delims,&buffer))-1;
myfunky->ref[nSites] = refToInt[strtok_r(NULL,delims,&buffer)[0]];
myfunky->chk->nd[nSites++] = parseNd(buffer,nInd,delims,minQ);
buffer=original;
if(nSites>=chunksize)
break;
}
// fprintf(stderr,"afterloop\n");
myfunky->nInd=myfunky->chk->nSamples= nInd;
myfunky->numSites = myfunky->chk->nSites=nSites;
//fprintf(stderr,"\nchange2 %d\tnSites %d\tlastRefId\t%d %d %d\n",lastRefId,nSites,lastRefId,myfunky->refId,it->second);
// fflush(stderr);
if(nSites==0 && changed == 0){
deallocFunkyPars(myfunky);
return(NULL);
}
return(myfunky);
}
