C++ (Cpp) bam_record::mate_target_id примеры использования

Пример #1

Файл: RemoteMateReadUtil.cpp Проект: Illumina/manta

bool
isMateInsertionEvidenceCandidate(
    const bam_record& bamRead,
    const unsigned minMapq)
{
    if (! bamRead.is_paired()) return false;
    if (bamRead.isNonStrictSupplement()) return false;
    if (bamRead.is_unmapped() || bamRead.is_mate_unmapped()) return false;

    if (bamRead.map_qual() < minMapq) return false;

    if (bamRead.target_id() < 0) return false;
    if (bamRead.mate_target_id() < 0) return false;

    if (bamRead.target_id() != bamRead.mate_target_id()) return true;

    /// TODO: better candidate definition based on fragment size distro:
    static const int minSize(10000);
    return (std::abs(bamRead.pos()-bamRead.mate_pos()) >= minSize);
}

Пример #2

Файл: SVLocusScanner.cpp Проект: ctb/quast

FragmentSizeType::index_t
SVLocusScanner::
_getFragmentSizeType(
    const bam_record& bamRead,
    const unsigned defaultReadGroupIndex) const
{
    using namespace FragmentSizeType;
    if (bamRead.target_id() != bamRead.mate_target_id()) return DISTANT;
    const int32_t fragmentSize(std::abs(bamRead.template_size()));
    return classifySize(_stats[defaultReadGroupIndex], fragmentSize);
}