C++ (Cpp) MultiModel::set_parameter_value примеры использования

Пример #1

Файл: analyze_distances.C Проект: sibonli/BAli-Phy

void estimate_tree(const alignment& A,
		   SequenceTree& T,
		   substitution::MultiModel& smodel,
		   const vector<int>& parameters)
{
  //------- Estimate branch lengths -------------//
  log_branch_likelihood score2(A,smodel,T,parameters);
  
  // Initialize starting point
  optimize::Vector start(0.1, T.n_branches() + parameters.size());
  for(int b=0;b<T.n_branches();b++)
    start[b] = log(T.branch(b).length());
  for(int i=0;i<parameters.size();i++)
    start[i+T.n_branches()] = smodel.get_parameter_value_as<Double>( parameters[i] );

  //    optimize::Vector end = search_gradient(start,score);
  //    optimize::Vector end = search_basis(start,score);
  optimize::Vector end = search_gradient(start,score2,1e-3);

  for(int b=0;b<T.n_branches();b++)
    T.branch(b).set_length(exp(end[b]));

  for(int i=0;i<parameters.size();i++)
    smodel.set_parameter_value(parameters[i], end[i+T.n_branches()]);

  smodel.set_rate(1);
}