bool ReadHasMeaningfulQualityValues(FASTQSequence &sequence)
{
if (sequence.qual.Empty() == true) {
return 0;
}
else {
int numZero=0, numNonZero=0;
if (sequence.qual.data == NULL) {
return false;
}
numZero = CountZero(sequence.qual.data, sequence.length);
numNonZero = sequence.length - numZero;
int subNumZero = 0, subNonZero = 0;
if (sequence.substitutionQV.data == NULL) {
return false;
}
subNumZero = CountZero(sequence.substitutionQV.data, sequence.length);
subNonZero = sequence.length - subNumZero;
if (numZero < 0.5*numNonZero and subNumZero < 0.5 * subNonZero) {
return true;
}
else {
return false;
}
}
}
// 90度座標のビットボードを通常の座標に戻す。
Bitboard Util::Reverse90(Bitboard bitboard90) {
// 通常座標に変換する。
Bitboard bitboard = 0;
for (;bitboard90; bitboard90 &= bitboard90 - 1) {
// 90度座標の位置を得る。
Square square90 = CountZero(bitboard90);
// 変換して追加。
bitboard |= SQUARE[R_ROT90[square90]];
}
// 返す。
return bitboard;
}
// 135度座標のビットボードを通常の座標に戻す。
Bitboard Util::Reverse135(Bitboard bitboard135) {
// 通常座標に変換する。
Bitboard bitboard = 0;
for (;bitboard135; bitboard135 &= bitboard135 - 1) {
// 135度座標の位置を得る。
Square square135 = CountZero(bitboard135);
// 変換して追加。
bitboard |= SQUARE[R_ROT135[square135]];
}
// 返す。
return bitboard;
}
// 45度座標のビットボードを通常の座標に戻す。
Bitboard Util::Reverse45(Bitboard bitboard45) {
// 通常座標に変換する。
Bitboard bitboard = 0;
for (;bitboard45; bitboard45 &= bitboard45 - 1) {
// 45度座標の位置を得る。
Square square45 = CountZero(bitboard45);
// 変換して追加。
bitboard |= SQUARE[R_ROT45[square45]];
}
// 返す。
return bitboard;
}