// generates a random allele frequency in 1/i scaled by alpha
// bounded by the number of copies at the locus
int random_allele_frequency(int copies, double alpha) {
return min((int) floor(1 / genrand_real1() * alpha), copies);
}
void parameter_generation(double parameter[], double ref_parameter[])
{
double unit_r, exponent;
int i;
/* [0,1] 単位乱数を用意する */
unit_r = genrand_real1();
/* [0,10] の乱数に変換 */
exponent = 10.0*unit_r;
/* ランダムな値をログスケールで発生させる */
parameter[0] = 1.0e-6*pow(10.0, exponent);
/* [0,1] 単位乱数を用意する */
unit_r = genrand_real1();
/* [0,10] の乱数に変換 */
exponent = 10.0*unit_r;
/* ランダムな値をログスケールで発生させる */
parameter[1] = 1.0e-6*pow(10.0, exponent);
/* [0,1] 単位乱数を用意する */
unit_r = genrand_real1();
/* [0,10] の乱数に変換 */
exponent = 10.0*unit_r;
/* ランダムな値をログスケールで発生させる */
parameter[2] = 1.0e-6*pow(10.0, exponent);
/* [0,1] 単位乱数を用意する */
unit_r = genrand_real1();
/* [0,10] の乱数に変換 */
exponent = 10.0*unit_r;
/* ランダムな値をログスケールで発生させる */
parameter[3] = 1.0e-6*pow(10.0, exponent);
/* [0,1] 単位乱数を用意する */
unit_r = genrand_real1();
/* [0,10] の乱数に変換 */
exponent = 10.0*unit_r;
/* ランダムな値をログスケールで発生させる */
parameter[12] = 1.0e-6*pow(10.0, exponent);
/* [0,1] 単位乱数を用意する */
unit_r = genrand_real1();
/* [0,10] の乱数に変換 */
exponent = 10.0*unit_r;
/* ランダムな値をログスケールで発生させる */
parameter[13] = 1.0e-6*pow(10.0, exponent);
/* [0,1] 単位乱数を用意する */
unit_r = genrand_real1();
/* [0,10] の乱数に変換 */
exponent = 10.0*unit_r;
/* ランダムな値をログスケールで発生させる */
parameter[14] = 1.0e-6*pow(10.0, exponent);
/* [0,1] 単位乱数を用意する */
unit_r = genrand_real1();
/* [0,10] の乱数に変換 */
exponent = 10.0*unit_r;
/* ランダムな値をログスケールで発生させる */
parameter[15] = 1.0e-6*pow(10.0, exponent);
}
int expovariate(double lambda) {
return -log(genrand_real1()) / lambda;
}
int main (int argc, char* argv[])
{
float mean, var, range, a, b, *dat;
size_t nbuf, nsiz;
int seed;
size_t i;
bool normal, rep;
sf_file in, out;
sf_init (argc,argv);
in = sf_input ("in");
out = sf_output("out");
if (SF_FLOAT != sf_gettype(in)) sf_error("Need float input");
if (!sf_getint("seed",&seed)) seed = time(NULL);
/* random seed */
init_genrand((unsigned long) seed);
if (!sf_getbool("type",&normal)) normal=true;
/* noise distribution, y: normal, n: uniform */
if (!sf_getfloat("var",&var)) {
/* noise variance */
if (!sf_getfloat("range",&range)) {
/* noise range (default=1) */
a = 1.;
} else {
a = normal? 2.*range/9. : 2.*range;
}
} else {
a = normal? sqrtf(var): sqrtf(12*var);
}
if (!sf_getfloat("mean",&mean)) mean=0;
/* noise mean */
b = normal? mean: mean - 0.5*a;
if (!sf_getbool("rep",&rep)) rep=false;
/* if y, replace data with noise */
nbuf = BUFSIZ/sizeof(float);
dat = sf_floatalloc (nbuf);
for (nsiz = sf_filesize(in); nsiz > 0; nsiz -= nbuf) {
if (nbuf > nsiz) nbuf = nsiz;
if (rep) {
if (normal) {
for (i=0; i < nbuf; i++) {
dat[i] = a*sf_randn_one_bm() + b;
}
} else {
for (i=0; i < nbuf; i++) {
dat[i] = a*genrand_real1() + b;
}
}
} else {
sf_floatread(dat,nbuf,in);
if (normal) {
for (i=0; i < nbuf; i++) {
dat[i] += a*sf_randn_one_bm() + b;
}
} else {
for (i=0; i < nbuf; i++) {
dat[i] += a*genrand_real1() + b;
}
}
}
sf_floatwrite(dat,nbuf,out);
}
exit(0);
}
