void printAuxBuffered(uint8_t *s, uint8_t *sStop,kstring_t &str ) {
// fprintf(stderr,"\ncomp:%p vs %p\n",s,sStop);
while (s < sStop) {
uint8_t type;
kputc('\t', &str);kputc(s[0], &str);kputc(s[1], &str); kputc(':', &str);
// fprintf(stderr,"\t%c%c:",s[0],s[1]);
s += 2; type = *s; ++s;
// fprintf(stderr,"\ntype=%c\n",type);//,(char)*s);
// kputc('\t', &str); kputsn((char*)key, 2, &str); kputc(':', &str);
if (type == 'A') { kputsn("A:", 2, &str); kputc(*s, &str); ++s; }
else if (type == 'C') { kputsn("i:", 2, &str); kputw(*s, &str); ++s; }
else if (type == 'c') { kputsn("i:", 2, &str); kputw(*(int8_t*)s, &str); ++s; }
else if (type == 'S') { kputsn("i:", 2, &str); kputw(*(uint16_t*)s, &str); s += 2; }
else if (type == 's') { kputsn("i:", 2, &str); kputw(*(int16_t*)s, &str); s += 2; }
else if (type == 'I') { kputsn("i:", 2, &str); kputuw(*(uint32_t*)s, &str); s += 4; }
else if (type == 'i') { kputsn("i:", 2, &str); kputw(*(int32_t*)s, &str); s += 4; }
else if (type == 'f') { ksprintf(&str, "f:%g", *(float*)s); s += 4; }
else if (type == 'd') { ksprintf(&str, "d:%lg", *(double*)s); s += 8; }
else if (type == 'Z' || type == 'H') { kputc(type, &str); kputc(':', &str); while (*s) kputc(*s++, &str); ++s; }
else if (type == 'B') {
uint8_t sub_type = *(s++);
int32_t n;
memcpy(&n, s, 4);
s += 4; // no point to the start of the array
kputc(type, &str); kputc(':', &str); kputc(sub_type, &str); // write the typing
for (int i = 0; i < n; ++i) {
kputc(',', &str);
if ('c' == sub_type || 'c' == sub_type) { kputw(*(int8_t*)s, &str); ++s; }
else if ('C' == sub_type) { kputw(*(uint8_t*)s, &str); ++s; }
else if ('s' == sub_type) { kputw(*(int16_t*)s, &str); s += 2; }
else if ('S' == sub_type) { kputw(*(uint16_t*)s, &str); s += 2; }
else if ('i' == sub_type) { kputw(*(int32_t*)s, &str); s += 4; }
else if ('I' == sub_type) { kputuw(*(uint32_t*)s, &str); s += 4; }
else if ('f' == sub_type) { ksprintf(&str, "%g", *(float*)s); s += 4; }
}
}
}
// fprintf(stderr,"done\n");
}
char *bam_format1_core(const bam_header_t *header, const bam1_t *b, int of)
{
uint8_t *s = bam1_seq(b), *t = bam1_qual(b);
int i;
const bam1_core_t *c = &b->core;
kstring_t str;
str.l = str.m = 0; str.s = 0;
kputsn(bam1_qname(b), c->l_qname-1, &str); kputc('\t', &str);
if (of == BAM_OFDEC) { kputw(c->flag, &str); kputc('\t', &str); }
else if (of == BAM_OFHEX) ksprintf(&str, "0x%x\t", c->flag);
else { // BAM_OFSTR
for (i = 0; i < 16; ++i)
if ((c->flag & 1<<i) && bam_flag2char_table[i])
kputc(bam_flag2char_table[i], &str);
kputc('\t', &str);
}
if (c->tid < 0) kputsn("*\t", 2, &str);
else {
if (header) kputs(header->target_name[c->tid] , &str);
else kputw(c->tid, &str);
kputc('\t', &str);
}
kputw(c->pos + 1, &str); kputc('\t', &str); kputw(c->qual, &str); kputc('\t', &str);
if (c->n_cigar == 0) kputc('*', &str);
else {
for (i = 0; i < c->n_cigar; ++i) {
kputw(bam1_cigar(b)[i]>>BAM_CIGAR_SHIFT, &str);
kputc("MIDNSHP"[bam1_cigar(b)[i]&BAM_CIGAR_MASK], &str);
}
}
kputc('\t', &str);
if (c->mtid < 0) kputsn("*\t", 2, &str);
else if (c->mtid == c->tid) kputsn("=\t", 2, &str);
else {
if (header) kputs(header->target_name[c->mtid], &str);
else kputw(c->mtid, &str);
kputc('\t', &str);
}
kputw(c->mpos + 1, &str); kputc('\t', &str); kputw(c->isize, &str); kputc('\t', &str);
if (c->l_qseq) {
for (i = 0; i < c->l_qseq; ++i) kputc(bam_nt16_rev_table[bam1_seqi(s, i)], &str);
kputc('\t', &str);
if (t[0] == 0xff) kputc('*', &str);
else for (i = 0; i < c->l_qseq; ++i) kputc(t[i] + 33, &str);
} else kputsn("*\t*", 3, &str);
s = bam1_aux(b);
while (s < b->data + b->data_len) {
uint8_t type, key[2];
key[0] = s[0]; key[1] = s[1];
s += 2; type = *s; ++s;
kputc('\t', &str); kputsn((char*)key, 2, &str); kputc(':', &str);
if (type == 'A') { kputsn("A:", 2, &str); kputc(*s, &str); ++s; }
else if (type == 'C') { kputsn("i:", 2, &str); kputw(*s, &str); ++s; }
else if (type == 'c') { kputsn("i:", 2, &str); kputw(*(int8_t*)s, &str); ++s; }
else if (type == 'S') { kputsn("i:", 2, &str); kputw(*(uint16_t*)s, &str); s += 2; }
else if (type == 's') { kputsn("i:", 2, &str); kputw(*(int16_t*)s, &str); s += 2; }
else if (type == 'I') { kputsn("i:", 2, &str); kputuw(*(uint32_t*)s, &str); s += 4; }
else if (type == 'i') { kputsn("i:", 2, &str); kputw(*(int32_t*)s, &str); s += 4; }
else if (type == 'f') { ksprintf(&str, "f:%g", *(float*)s); s += 4; }
else if (type == 'd') { ksprintf(&str, "d:%lg", *(double*)s); s += 8; }
else if (type == 'Z' || type == 'H') { kputc(type, &str); kputc(':', &str); while (*s) kputc(*s++, &str); ++s; }
}
return str.s;
}
