void ProRataXmlProcessors::setPeptide( const QString &qsLocus, const QString &qsChromatogramId )
{
setProtein( qsLocus );
if ( getText( qdeCurrentPeptideElement,
QString( "CHROMATOGRAM_IDENTIFIER" ) ).trimmed() !=
qsChromatogramId.trimmed() )
{
qdeCurrentPeptideElement = qdeCurrentProteinElement.firstChildElement( "CHROMATOGRAM" );
goToPeptideNode( qsChromatogramId );
}
}
ProRataProteinTuple * ProRataXmlProcessors::getProtein( const QString & qsLocus )
{
setProtein( qsLocus );
if ( ! qdeCurrentProteinElement.isNull() )
{
if ( processProtein( qdeCurrentProteinElement ) )
{
return prptProteinSeletedData;
}
}
return NULL;
}
ProRataPeptideTuple * ProRataXmlProcessors::getPeptide( const QString & qsLocus,
const QString & qsChromatogramId )
{
setProtein( qsLocus );
setPeptide( qsLocus, qsChromatogramId );
if ( ! qdeCurrentPeptideElement.isNull() )
{
if ( processPeptide( qdeCurrentPeptideElement ) )
{
return prdtPeptideSeletedData;
}
}
return NULL;
}
bool ProteinDatabase::getFirstProtein()
{
bool bnewProtein = true; //false if fail to retrieve a new protein
string sline = "";
iProteinId = 1;
bstayCurrentOriginalPeptide = false;
bstayCurrentProtein = true;
scurrentProteinName = snextProteinName;
snextProteinName = "";
scurrentProtein = "";
iclCheck = 0;
sline.clear();
getline(db_stream, sline);
if (bScreenOutput)
cout<<"Processing protein #"<<iProteinId<<"\r";
if (sline.at(0) == '>')
{
// cout<<sline<<endl;
// cout<<sline.find_first_of(" \t\f\v\n\r")<<endl;
scurrentProteinName = sline.substr(1, sline.find_first_of(" \t\f\v\n\r")-1);
while (!db_stream.eof())
{
sline.clear();
getline(db_stream, sline);
if (sline =="")
continue;
if(sline.find_first_not_of(" \r\n") != string::npos)
{
if (sline.at(0) == '>')
{
snextProteinName= sline.substr(1, sline.find_first_of(" \t\f\v\n\r")-1);
break;
}else
{
RemoveIllegalResidue(sline);
scurrentProtein = scurrentProtein + sline.substr(0, sline.find_last_not_of("\r\n")+1);
}
}
}
setProtein();
}else
bnewProtein = false;
return bnewProtein;
}
int main(int argc, char** argv) {
// comprimento da aresta do cubo do ligante
double cubeLig_edge;
char str[MAX], lig_name[MAX], aux[11];
Leaf *root, *leaf;
int sum, *p_sum, a;
Protein new_protein;
Ligante new_ligante;
LiganteList *ligant_list;
// armazena o valor da aresta do cubo em volta de cada ligante
fgets(str, sizeof (str), stdin);
sscanf(str, " %lf", &cubeLig_edge);
fgets(str, sizeof (str), stdin);
sscanf(str, " %s %s", aux, lig_name);
// declara a lista de Ligantes que será utilizada no final
// para exibir na tela de forma ordenada.
ligant_list = NULL;
ligant_list = (LiganteList *) malloc( sizeof(LiganteList) );
ligant_list->header = NULL;
ligant_list->header = (Ligante *) malloc( sizeof(Ligante) );
ligant_list->header->prox = NULL;
// Enquanto não for inserido '-1'
while (aux[0] != '-' && aux[1] != '1') {
// declara uma nova raiz para a árvore
root = NULL;
root = (Leaf *) malloc(sizeof (Leaf)*2);
root->is_leaf = 1;
root->protein.isSet = 0;
for(a = 0; a< 8; a++){
root->sons[a] = NULL;
}
//seta a soma das interações do ligante em 0
sum = 0;
p_sum = ∑
// lê e insere no cubo alocado as coordenadas
// de seus pontos extremos na raiz.
setCubeCoords(root);
fgets(str, sizeof (str), stdin);
// ---- Leitura das Proteínas
while (str[0] == 'P') {
// cria uma nova proteína:
// - aloca espaço para ela
// - recebe as coordenadas do stdin
new_protein = getNewProtein(str);
// percorre a raiz e encontra a folha
// referente às coordenadas da nova proteína.
leaf = findLeaf(root, new_protein.point);
// função recursiva que insere a proteína
// na folha escolhida.
setProtein(leaf, new_protein);
fgets(str, sizeof (str), stdin);
}
// ---- Leitura dos Ligantes
while (str[0] == 'L') {
// agora recebemos os ligantes:
new_ligante = getNewLigante(str);
// copia o nome do ligante para ele.
strcpy(new_ligante.name, lig_name);
// função recursiva para somar as iterações.
getPointsInsideBox(root, new_ligante, cubeLig_edge, p_sum);
// recebe a soma final
new_ligante.sum = sum;
fgets(str, sizeof (str), stdin);
}
// Insere de forma ordenada o ligante na lista.
putLiganteOnLiganteList(new_ligante, ligant_list);
// Limpa a árvore e todos seus filhos
freeLeafs(root);
sscanf(str, " %s %s", aux, lig_name);
}
// ---- Resultado no STDOUT
printResult(ligant_list);
return (EXIT_SUCCESS);
}
