DRef DataManager::Import(QDataStream& in)
{
qint32 type;
qint32 version;
in >> version;
in >> type;
if (type == BOI_STD_D(Invalid))
{
return DRef();
}
// TODO: If the type is a recognized StandardDataType then
// the uuid read should be skipped to avoid any extra
// unnecessary processing (see QDataStream::skipRawData
// and the QString section in "Serializing Qt Data Types").
QString uuid;
in >> uuid;
QByteArray byteArray;
in >> byteArray;
if (version == BOI_STD_D_VERSION)
{
if (type >= StandardDataTypes::NumTypes)
{
type = ConvertUuid(uuid);
}
}
else
{
/*
* For unknown versions, see if the
* uuid is supported by the system.
*/
type = ConvertUuid(uuid);
}
if (type != -1)
{
QBuffer buffer(&byteArray);
buffer.open(QIODevice::ReadOnly);
QDataStream tempIn(&buffer);
Data* pData = GetDataInstance(type);
pData->Import(tempIn);
buffer.close();
return DRef(pData);
}
return DRef();
}
void streamContentHandler::generate(utility::outputStream& os, const vmime::encoding& enc,
const string::size_type maxLineLength) const
{
if (!m_stream)
return;
// Managed data is already encoded
if (isEncoded())
{
// The data is already encoded but the encoding specified for
// the generation is different from the current one. We need
// to re-encode data: decode from input buffer to temporary
// buffer, and then re-encode to output stream...
if (m_encoding != enc)
{
ref <utility::encoder::encoder> theDecoder = m_encoding.getEncoder();
ref <utility::encoder::encoder> theEncoder = enc.getEncoder();
theEncoder->getProperties()["maxlinelength"] = maxLineLength;
theEncoder->getProperties()["text"] = (m_contentType.getType() == mediaTypes::TEXT);
m_stream->reset(); // may not work...
std::ostringstream oss;
utility::outputStreamAdapter tempOut(oss);
theDecoder->decode(*m_stream, tempOut);
string str = oss.str();
utility::inputStreamStringAdapter tempIn(str);
theEncoder->encode(tempIn, os);
}
// No encoding to perform
else
{
m_stream->reset(); // may not work...
utility::bufferedStreamCopy(*m_stream, os);
}
}
// Need to encode data before
else
{
ref <utility::encoder::encoder> theEncoder = enc.getEncoder();
theEncoder->getProperties()["maxlinelength"] = maxLineLength;
theEncoder->getProperties()["text"] = (m_contentType.getType() == mediaTypes::TEXT);
m_stream->reset(); // may not work...
theEncoder->encode(*m_stream, os);
}
}
void stringContentHandler::generate(utility::outputStream& os,
const vmime::encoding& enc, const size_t maxLineLength) const
{
// Managed data is already encoded
if (isEncoded())
{
// The data is already encoded but the encoding specified for
// the generation is different from the current one. We need
// to re-encode data: decode from input buffer to temporary
// buffer, and then re-encode to output stream...
if (m_encoding != enc)
{
shared_ptr <utility::encoder::encoder> theDecoder = m_encoding.getEncoder();
shared_ptr <utility::encoder::encoder> theEncoder = enc.getEncoder();
theEncoder->getProperties()["maxlinelength"] = maxLineLength;
theEncoder->getProperties()["text"] = (m_contentType.getType() == mediaTypes::TEXT);
utility::inputStreamStringProxyAdapter in(m_string);
std::ostringstream oss;
utility::outputStreamAdapter tempOut(oss);
theDecoder->decode(in, tempOut);
string str = oss.str();
utility::inputStreamStringAdapter tempIn(str);
theEncoder->encode(tempIn, os);
}
// No encoding to perform
else
{
m_string.extract(os);
}
}
// Need to encode data before
else
{
shared_ptr <utility::encoder::encoder> theEncoder = enc.getEncoder();
theEncoder->getProperties()["maxlinelength"] = maxLineLength;
theEncoder->getProperties()["text"] = (m_contentType.getType() == mediaTypes::TEXT);
utility::inputStreamStringProxyAdapter in(m_string);
theEncoder->encode(in, os);
}
}
void IMAPMessagePartContentHandler::generate
(utility::outputStream& os, const vmime::encoding& enc, size_t maxLineLength) const
{
shared_ptr <IMAPMessage> msg = constCast <IMAPMessage>(m_message.lock());
shared_ptr <messagePart> part = constCast <messagePart>(m_part.lock());
// Data is already encoded
if (isEncoded())
{
// The data is already encoded but the encoding specified for
// the generation is different from the current one. We need
// to re-encode data: decode from input buffer to temporary
// buffer, and then re-encode to output stream...
if (m_encoding != enc)
{
// Extract part contents to temporary buffer
std::ostringstream oss;
utility::outputStreamAdapter tmp(oss);
msg->extractPart(part, tmp, NULL);
// Decode to another temporary buffer
utility::inputStreamStringProxyAdapter in(oss.str());
std::ostringstream oss2;
utility::outputStreamAdapter tmp2(oss2);
shared_ptr <utility::encoder::encoder> theDecoder = m_encoding.getEncoder();
theDecoder->decode(in, tmp2);
// Reencode to output stream
string str = oss2.str();
utility::inputStreamStringAdapter tempIn(str);
shared_ptr <utility::encoder::encoder> theEncoder = enc.getEncoder();
theEncoder->getProperties()["maxlinelength"] = maxLineLength;
theEncoder->getProperties()["text"] = (m_contentType.getType() == mediaTypes::TEXT);
theEncoder->encode(tempIn, os);
}
// No encoding to perform
else
{
msg->extractPart(part, os);
}
}
// Need to encode data before
else
{
// Extract part contents to temporary buffer
std::ostringstream oss;
utility::outputStreamAdapter tmp(oss);
msg->extractPart(part, tmp, NULL);
// Encode temporary buffer to output stream
shared_ptr <utility::encoder::encoder> theEncoder = enc.getEncoder();
theEncoder->getProperties()["maxlinelength"] = maxLineLength;
theEncoder->getProperties()["text"] = (m_contentType.getType() == mediaTypes::TEXT);
utility::inputStreamStringAdapter is(oss.str());
theEncoder->encode(is, os);
}
}
virtual void THallEffect::filterTo(TSignal & s)
{
TSignal * in;
unsigned int NumberOfPoints;
// если это комбинированный сигнал.
if( s[0]<-1.0 && s.back() >1.0)
{
feat(); // его надо усреднить
// фильтровать будем усредненный сигнал
}
// если это обычный сигнал - фильтруем как есть.
in=signal;
NumberOfPoints=in.size();
// В эти массивы будут достраиваться данные для отрицательных магнитных полей.
// Это очень мило, а если это сигнал для отрицательного магнитного поля?
// То теоретически достраивается положительная часть.
// Надо пофиксить тут комменты на адекватные действительности.
TSignal tempIn(2*NumberOfPoints);
TSignal tempOut(2*NumberOfPoints);
// формируем сигнал для фильтра.
// достраивая его в отрицательные магнитные поля.
for (unsigned int i = 0; i < NumberOfPoints; i++)
{
/*
Давайте внимательно сюда посмотрим.
У эффекта Холла отрицательная симметрия, относительно точки
B==0;
С чего вообще я взял, что это нулевой элемент? /(О_о)\
Получается для сигнала с положительным магнитным полем - это выполняется.
Для сигнала комбинированного, т.е. уже объединенного - это выполняется,
потому что фильтруется усредненный сигнал (по сути имеющий только значения
положительного магнитного поля.
Для отрицательного магнитного поля сие равенство, насколько мне ясно - не выполняется.
*/
tempIn[i]=-(*inB)[NumberOfPoints-i-1];
tempIn[i+NumberOfPoints]=(*in)[i];
}
/*
В случае отрицательного магнитного поля надо инвертировать порядок элементов
Потому что впереди выстраиваются значения для положительного магнитного поля.
*/
if(tempIn[0]>1.0)
{
std::reverse(tempIn.begin(),tempIn.end());
}
// фильтруем
TrForMassiveFilter(tempIn,tempOut,filterParams.filterLength,filterParams.SamplingFrequecy,
filterParams.BandwidthFrequency,filterParams.AttenuationFrequency);
// Размер внутри фильтра меняется, в зависимости от длины фильтра.
NumberOfPoints=tempOut.size();
s.clear();
for(unsigned int i=fP.filterLength;i<NumberOfPoints;i++)
{
s.push_back(tempOut[i]);
}
}
//its okay if the column file does not contain all the names in the fasta file, since some distance may have been above a cutoff,
//but no sequences can be in the column file that are not in oldfasta. also, if a distance is above the cutoff given then remove it.
//also check to make sure the 2 files have the same alignment length.
bool DistanceCommand::sanityCheck() {
try{
bool good = true;
//make sure the 2 fasta files have the same alignment length
ifstream in;
m->openInputFile(fastafile, in);
int fastaAlignLength = 0;
if (in) {
Sequence tempIn(in);
fastaAlignLength = tempIn.getAligned().length();
}
in.close();
ifstream in2;
m->openInputFile(oldfastafile, in2);
int oldfastaAlignLength = 0;
if (in2) {
Sequence tempIn2(in2);
oldfastaAlignLength = tempIn2.getAligned().length();
}
in2.close();
if (fastaAlignLength != oldfastaAlignLength) { m->mothurOut("fasta files do not have the same alignment length."); m->mothurOutEndLine(); return false; }
//read fasta file and save names as well as adding them to the alignDB
set<string> namesOldFasta;
ifstream inFasta;
m->openInputFile(oldfastafile, inFasta);
while (!inFasta.eof()) {
if (m->control_pressed) { inFasta.close(); return good; }
Sequence temp(inFasta);
if (temp.getName() != "") {
namesOldFasta.insert(temp.getName()); //save name
alignDB.push_back(temp); //add to DB
}
m->gobble(inFasta);
}
inFasta.close();
//read through the column file checking names and removing distances above the cutoff
ifstream inDist;
m->openInputFile(column, inDist);
ofstream outDist;
string outputFile = column + ".temp";
m->openOutputFile(outputFile, outDist);
string name1, name2;
float dist;
while (!inDist.eof()) {
if (m->control_pressed) { inDist.close(); outDist.close(); m->mothurRemove(outputFile); return good; }
inDist >> name1 >> name2 >> dist; m->gobble(inDist);
//both names are in fasta file and distance is below cutoff
if ((namesOldFasta.count(name1) == 0) || (namesOldFasta.count(name2) == 0)) { good = false; break; }
else{
if (dist <= cutoff) {
outDist << name1 << '\t' << name2 << '\t' << dist << endl;
}
}
}
inDist.close();
outDist.close();
if (good) {
m->mothurRemove(column);
rename(outputFile.c_str(), column.c_str());
}else{
m->mothurRemove(outputFile); //temp file is bad because file mismatch above
}
return good;
}
catch(exception& e) {
m->errorOut(e, "DistanceCommand", "sanityCheck");
exit(1);
}
}
