Esempi in C++ (Cpp) per BamFile

Esempio n. 1

File: BaiIndexedBamReader.cpp Progetto: pezmaster31/pbbam

 BaiIndexedBamReaderPrivate(const BamFile& file,
                            const GenomicInterval& interval)
     : htsIndex_(nullptr)
     , htsIterator_(nullptr)
 {
     LoadIndex(file.Filename());
     Interval(file.Header(), interval);
 }

Esempio n. 2

File: DataSet.cpp Progetto: Debian/pbbam

DataSet::DataSet(const BamFile& bamFile)
    : d_(DataSetIO::FromUri(bamFile.Filename()))
    , path_(FileUtils::CurrentWorkingDirectory())
{
    CreatedAt(internal::ToIso8601(CurrentTime()));
}

Esempio n. 3

File: DataSetTypes.cpp Progetto: Debian/pbbam

ExternalResource::ExternalResource(const BamFile& bamFile)
    : IndexedDataType("PacBio.SubreadFile.SubreadBamFile",
                      bamFile.Filename(),
                      "ExternalResource",
                      XsdType::BASE_DATA_MODEL)
{ }

Esempio n. 4

File: DataSet.cpp Progetto: PacificBiosciences/pbbam

DataSet::DataSet(const BamFile& bamFile)
    : d_(DataSetIO::FromUri(bamFile.Filename()))
    , path_(FileUtils::CurrentWorkingDirectory())
{
    InitDefaults(*this);
}