コード例 #1
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ファイル: seq_vector.cpp プロジェクト: svn2github/ncbi_tk
CSeqVector::CSeqVector(const CSeq_loc& loc, const CTSE_Handle& top_tse,
                       EVectorCoding coding, ENa_strand strand)
    : m_Scope(top_tse.GetScope()),
      m_SeqMap(CSeqMap::GetSeqMapForSeq_loc(loc, &top_tse.GetScope())),
      m_TSE(top_tse),
      m_Strand(strand),
      m_Coding(CSeq_data::e_not_set)
{
    m_Size = m_SeqMap->GetLength(m_Scope);
    m_Mol = m_SeqMap->GetMol();
    SetCoding(coding);
}
コード例 #2
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ファイル: tse_handle.cpp プロジェクト: svn2github/ncbi_tk
CScopeInfo_Base::CScopeInfo_Base(const CTSE_Handle& tse,
                                 const CTSE_Info_Object& info)
    : m_TSE_ScopeInfo(&tse.x_GetScopeInfo()),
      m_TSE_Handle(tse),
      m_ObjectInfo(&reinterpret_cast<const CObject&>(info))
{
    _ASSERT(x_Check(fForceZero | fForceInfo));
}
コード例 #3
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ファイル: tse_handle.cpp プロジェクト: svn2github/ncbi_tk
bool CTSE_Handle::OrderedBefore(const CTSE_Handle& tse) const
{
    if ( *this == tse ) {
        return false;
    }
    const CTSE_ScopeInfo& info1 = x_GetScopeInfo();
    const CTSE_ScopeInfo& info2 = tse.x_GetScopeInfo();
    CTSE_ScopeInfo::TBlobOrder order1 = info1.GetBlobOrder();
    CTSE_ScopeInfo::TBlobOrder order2 = info2.GetBlobOrder();
    if ( order1 != order2 ) {
        _ASSERT((order1 < order2) || (order2 < order1));
        return order1 < order2;
    }
    if ( info1.GetLoadIndex() != info2.GetLoadIndex() ) {
        return info1.GetLoadIndex() < info2.GetLoadIndex();
    }
    return *this < tse;
}
コード例 #4
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ファイル: seq_entry_handle.cpp プロジェクト: swuecho/igblast
CSeq_entry_Handle::CSeq_entry_Handle(const CSeq_entry_Info& info,
                                     const CTSE_Handle& tse)
    : m_Info(tse.x_GetScopeInfo().GetScopeLock(tse, info))
{
}
コード例 #5
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ファイル: seq_entry_handle.cpp プロジェクト: swuecho/igblast
CSeq_entry_Handle::CSeq_entry_Handle(const CTSE_Handle& tse)
    : m_Info(tse.x_GetScopeInfo().GetScopeLock(tse, tse.x_GetTSE_Info()))
{
}