void normalize(Eigen::VectorXd& v)
{
if (v.sum() == 0.0)
{
std::cout << "ERRO no portfolio:\n";
std::cout << v;
std::cout << "ERRO no portfolio.";
system("pause");
}
v = (1.0/ v.sum())*v;
}
gaussian_process::gaussian_process( const Eigen::MatrixXd& domains
, const Eigen::VectorXd& targets
, const gaussian_process::covariance& covariance
, double self_covariance )
: domains_( domains )
, targets_( targets )
, covariance_( covariance )
, self_covariance_( self_covariance )
, offset_( targets.sum() / targets.rows() )
, K_( domains.rows(), domains.rows() )
{
if( domains.rows() != targets.rows() ) { COMMA_THROW( comma::exception, "expected " << domains.rows() << " row(s) in targets, got " << targets.rows() << " row(s)" ); }
targets_.array() -= offset_; // normalise
//use m_K as Kxx + variance*I, then invert it
//fill Kxx with values from covariance function
//for elements r,c in upper triangle
for( std::size_t r = 0; r < std::size_t( domains.rows() ); ++r )
{
K_( r, r ) = self_covariance_;
const Eigen::VectorXd& row = domains.row( r );
for( std::size_t c = r + 1; c < std::size_t( domains.rows() ); ++c )
{
K_( c, r ) = K_( r, c ) = covariance_( row, domains.row( c ) );
}
}
L_.compute( K_ ); // invert Kxx + variance * I to become (by definition) B
alpha_ = L_.solve( targets_ );
}
void PCATestCase::decorrelation()
{
OpenANN::RandomNumberGenerator rng;
const int N = 100;
const int D = 2;
Eigen::MatrixXd X(N, D);
rng.fillNormalDistribution(X);
// Linear transformation (correlation)
Eigen::MatrixXd A(D, D);
A << 1.0, 0.5, 0.5, 2.0;
Eigen::MatrixXd Xt = X * A.transpose();
// Decorrelation (without dimensionality reduction)
OpenANN::PCA pca(D);
pca.fit(Xt);
Eigen::MatrixXd Y = pca.transform(Xt);
// Covariance matrix should be identity matrix
Eigen::MatrixXd cov = Y.transpose() * Y;
ASSERT_EQUALS_DELTA(cov(0, 0), (double) N, 1e-5);
ASSERT_EQUALS_DELTA(cov(1, 1), (double) N, 1e-5);
ASSERT_EQUALS_DELTA(cov(0, 1), 0.0, 1e-5);
ASSERT_EQUALS_DELTA(cov(1, 0), 0.0, 1e-5);
Eigen::VectorXd evr = pca.explainedVarianceRatio();
double evrSum = evr.sum();
ASSERT_EQUALS_DELTA(evrSum, 1.0, 1e-5);
}
Eigen::VectorXd grad(const Eigen::VectorXd &x1, const Eigen::VectorXd &x2) const {
Eigen::VectorXd grad(_input_dim + 1);
Eigen::VectorXd z = (x1 - x2).cwiseQuotient(_ell).array().square();
double k = _sf2 * exp(-0.5 * z.sum());
grad.head(_input_dim) = z * k;
grad(_input_dim) = 2.0 * k;
return grad;
}
Solver(const int N, const int m, double* alpha_in, double* beta_in, double* t_in, double* yerr) {
Eigen::Map<Eigen::VectorXd> alpha(alpha_in, m);
Eigen::Map<Eigen::VectorXd> beta(beta_in, m);
Eigen::Map<Eigen::VectorXd> t(t_in, N);
Eigen::Map<Eigen::VectorXd> d(yerr, N);
for (int i=0; i<N; i++) {
d(i) = alpha.sum() + yerr[i]*yerr[i];
}
this->N = N;
this->m = m;
grp_ = new GRP(N, m, alpha, beta, t, d);
};
void calcMeanAndCovarWeighedVectorized(const Eigen::MatrixXf &input, const Eigen::VectorXd &inputWeights, Eigen::MatrixXf &out_covMat, Eigen::VectorXf &out_mean,Eigen::MatrixXf &temp)
{
out_mean=input.col(0); //to resize
out_mean.setZero();
double wSumInv=1.0/inputWeights.sum();
for (int k=0;k<inputWeights.size();k++){
double w=inputWeights[k];
out_mean+=input.col(k)*(float)(w*wSumInv);
}
out_mean = input.rowwise().mean();
temp = (input.colwise() - out_mean);
for (int k=0;k<inputWeights.size();k++){
temp.col(k) *= (float)(sqrt(inputWeights(k)*wSumInv)); //using square roots, as we only want the normalized weights to be included once for each result element in the multiplication below
}
out_covMat = temp*temp.transpose();
}
SimuEuro(const option & o, long path, const std::vector<double> & RN){
opt=o;
N= path;
asset_price.resize(N);
asset_price.setZero();
option_value= asset_price;
for (long i=0; i< N; i++) {
asset_price(i)=opt.S* exp((opt.r- opt.q)*opt.T-.5*opt.sigma*opt.sigma*opt.T+ opt.sigma* sqrt(opt.T)* RN[i]);
if(opt.Call) option_value(i)= fmax(asset_price(i)- opt.K,0.0);
else option_value(i)= fmax(-asset_price(i)+opt.K, 0.0);
}
mean= option_value.sum()/ option_value.size() * exp(-opt.T*opt.r);
stdiv= option_value.squaredNorm()/ option_value.size()* exp(-opt.r*opt.T *2);
stdiv= stdiv- pow(mean,2.0);
stdiv= sqrt(stdiv/ N);
};
int cMathUtil::SampleDiscreteProb(const Eigen::VectorXd& probs)
{
assert(std::abs(probs.sum() - 1) < 0.00001);
double rand = RandDouble();
int rand_idx = gInvalidIdx;
int num_probs = static_cast<int>(probs.size());
for (int i = 0; i < num_probs; ++i)
{
double curr_prob = probs[i];
rand -= curr_prob;
if (rand <= 0)
{
rand_idx = i;
break;
}
}
return rand_idx;
}
SimuEuro(const option &o, long path, unsigned int seed= int(time(0))) {
opt=o;
N= path;
asset_price.resize(N);
asset_price.setZero();
option_value= asset_price;
boost::mt19937 eng(seed);
boost::normal_distribution<double> normal(0.0, 1.0);
boost::variate_generator<boost::mt19937&, boost::normal_distribution<double>> rng(eng, normal);
for (long i=0; i< N; i++) {
asset_price(i)=opt.S* exp((opt.r- opt.q)*opt.T-.5*opt.sigma*opt.sigma*opt.T+ opt.sigma* sqrt(opt.T)* rng());
if(opt.Call) option_value(i)= fmax(asset_price(i)- opt.K,0.0);
else option_value(i)= fmax(-asset_price(i)+opt.K, 0.0);
}
mean= option_value.sum()/ option_value.size() * exp(-opt.T*opt.r);
stdiv= option_value.squaredNorm()/ option_value.size()* exp(-opt.r*opt.T *2);
stdiv= stdiv- pow(mean,2.0);
stdiv= sqrt(stdiv/ N);
};
IEFSolver aniso_solver(symm);
aniso_solver.buildAnisotropicMatrix(cavity, gf_i, gf_o, op);
IEFSolver iso_solver(symm);
iso_solver.buildIsotropicMatrix(cavity, gf_i, gf_o, op);
int size = cavity.size();
Eigen::VectorXd fake_mep = computeMEP(cavity.elements(), charge);
THEN("the total apparent surface charge is") {
Eigen::VectorXd aniso_fake_asc = aniso_solver.computeCharge(fake_mep);
Eigen::VectorXd iso_fake_asc = iso_solver.computeCharge(fake_mep);
int nr_irrep = cavity.pointGroup().nrIrrep();
double totalAnisoASC = aniso_fake_asc.sum() * nr_irrep;
double totalIsoASC = iso_fake_asc.sum() * nr_irrep;
CAPTURE(totalASC);
CAPTURE(totalAnisoASC);
CAPTURE(totalASC - totalAnisoASC);
REQUIRE(totalIsoASC == Approx(totalAnisoASC));
REQUIRE(totalASC == Approx(totalAnisoASC).epsilon(1.0e-03));
}
}
/*! \class IEFSolver
* \test \b pointChargeGePolC2 tests IEFSolver using a point charge with a GePol
* cavity in C2 symmetry
* We are forcing the usage of the buildAnisotropicMatrix method.
* The results are compared with Gauss' theorem and the results from the
SEXP cleanZ(SEXP X,SEXP Z,SEXP bic_vide_vect,SEXP methode_BIC,SEXP plot,SEXP bla,SEXP Rstar)
{
BEGIN_RCPP
//déclaration des varibles
const Map<MatrixXd> matZ(as<Map<MatrixXd> >(Z));//Z
const Map<MatrixXd> matX(as<Map<MatrixXd> >(X));//X
const Map<VectorXd> Bic_vide_vect(as<Map<VectorXd> >(bic_vide_vect));//bic_vide_vect
bool star = Rcpp::as<bool>(Rstar); // BICstar
Rcpp::NumericVector met_BIC(methode_BIC),Plot(plot),Bla(bla);
typedef Rcpp::NumericVector::iterator vec_iterator;
vec_iterator imet_BIC=met_BIC.begin(),iplot=Plot.begin(),ibla=Bla.begin();
int p=matZ.cols();//nombre de colonne de la matrice Z
Eigen::MatrixXd Zopt;//meilleur Z obtenu
double Bicbest;//BIC associe au meilleur modèle
Eigen::VectorXd bicvect;//vecteur BIC des matrices Z retenues
Eigen::MatrixXd newZ;//matrice Z modifie a chaque etapes
Eigen::MatrixXd list_cand;//matrice qui contient les coordonnées des candidats (liste candidats)
int compte;//permet de cree la matrice liste en désignant le numéro du candidat (liste candidats)
int nbcand;//nombre de candidats
int numcand;//numero du candidat
int i_loc;//premiere coordonnee du candidat (modification Z)
int j_loc;//duexieme coordonnee du candidat (modification Z)
Eigen::MatrixXd Zcand;//matrice Z du candidat (modification Z)
Eigen::VectorXd BIC_cand;//vecteur qui contient les BIC de chaque colonne des la matrice Zcand (calcul du BIC)
double Sum_BIC_cand;//somme des BIC de BIC_cand (calcul BIC)
Eigen::VectorXd stock_bool;//vecteur qui permet de savoir si un candidat peut etre choisi (stock)
Eigen::VectorXd stock_BIC;//vecteur qui contient le BIC de tout les candidats (stock)
double sumbic;//BIC de chaque etapes
double BIC_min;
bool minimum;
int i;
int iret;
nbcand=matZ.sum();
Eigen::VectorXd bic_etape(nbcand);//vecteur qui stock le BIC de chaque etapes
Eigen::VectorXd complexite_etape(nbcand);//vecteur qui stock la complexite de Z a chaque etapes
Eigen::VectorXd BIC_step;//vecteur qui stock le BIC de chaque etapes
Eigen::VectorXd complexite_step ;//vecteur qui stock la compléxité de Z a chaque etapes
// Eigen::ArrayXXd SumCol(1,p);//SumCol est un vecteur qui contient la somme de chaque colonne de Zcand (modification Z)
//initialisation
bicvect=BicZ_cpp2(matX,matZ,Bic_vide_vect,imet_BIC[0]);
//somme a la main
sumbic=bicvect.sum();
if (star)
{
sumbic=sumbic-ProbaZ_cpp(matZ);
}
if (ibla[0]>0)
{
Rcout<<sumbic<<"\n";
}
Bicbest =sumbic;
Zopt=matZ;
newZ=matZ;
compte=nbcand+1;
int step =0;
while(step<nbcand)
{
list_cand.resize(compte-1,2);//le nombre de candidats est la complexite du modele
compte=0;//initialisation du vecteur liste designe le numero du candidat
//liste candidats (couples [i,j])
// list_cand.resize(nbcand,2);//le nombre de candidats est la complexite du modele
for(int m=0;m<p;m++)//parcours ligne
{
for(int n=0;n<p;n++)//parcours colonne
{
if(newZ(m,n)==1)//on cherche les candidats
{
list_cand(compte,0)=m;//stock la ligne du candidat
list_cand(compte,1)=n;//stock la colonne du candidat
compte=compte+1;//passage au candidat suivant
}
}
}
//pour chaque candidat
for (numcand=0;numcand<compte;numcand++)
{
//modification (calcul du Z) (Zcand avec methode (rejet ou relax) Z,i,j,methode="relax", p2max=inf,rmax=inf)
i_loc=list_cand(numcand,0);
j_loc=list_cand(numcand,1);
Zcand=newZ;
Zcand(i_loc,j_loc)=1-Zcand(i_loc,j_loc);//modification de Z par rapport au candidat selectionne
//calcul du bic (du nouveau Z genere) (bicZ)
BIC_cand=BicZ_cpp(matX,Zcand,Bic_vide_vect,bicvect,imet_BIC[0],newZ);//calcul du vecteur BIC du candidat
Sum_BIC_cand=BIC_cand.sum();
if (star)
{
Sum_BIC_cand=Sum_BIC_cand-ProbaZ_cpp(Zcand);
}
//stockage du BIC
stock_BIC.resize(compte);
stock_BIC(numcand)=Sum_BIC_cand;
}
//choix du candidat retenu (tirage au sort ou meilleur selon le cas)
BIC_min=Bicbest;
minimum=false;
for(i=0;i<compte;i++)
{
if(stock_BIC(i)<Bicbest)//si on a trouve un minimum
{
iret=i;//on retient sa position
minimum=true;
Bicbest=stock_BIC(i);//on modifie Bicbest
}
}
if (minimum==true)//si il y a un minimum, on y va
{
Zopt=newZ;//initialisation a la stationarite
Zopt(list_cand(iret,0),list_cand(iret,1))=1-Zopt(list_cand(iret,0),list_cand(iret,1));//modification du Zopt
bicvect=BicZ_cpp(matX,Zopt,Bic_vide_vect,bicvect,imet_BIC[0],newZ);//calcul du vecteur BIC du nouveau Zopt
newZ=Zopt;
//partie commentaires
if (ibla[0]>0)
{
Rcout<<"etape : "<<step<<"\n";
Rcout<<" Bicbest: "<<Bicbest<<" complexite: "<<newZ.sum()<<"\n";
if (ibla[0]==2)
{
Rcout<<"nb_cand "<<compte<<"BIC min "<<BIC_min<<"\n";
}
}
//partie graphiques
if(iplot[0]==1)//si on veut des graphiques on mets a jour les vecteurs
{
bic_etape (step)=Bicbest;
complexite_etape (step)=newZ.sum();
}
step=step+1;//passage a l'etape suivante s'il y a eu un minimum
}
else//pas de minimum
{
if (ibla[0]>0){
Rcout<<"nettoyage fini";
}
step=nbcand+1;//arret des etapes
}
}//fin des etapes
if(iplot[0]==1)
{
BIC_step.resize(nbcand-compte);//on met les vecteurs sorti de bonne dimension
complexite_step.resize(nbcand-compte);
if(nbcand-compte>0)//s'il y'a eu au moins une etape alors on tranfert les donnees des vecteurs
{
for(int k=0;k<nbcand-compte;k++)
{
BIC_step(k)=bic_etape(k);
complexite_step(k)=complexite_etape(k);
}
}
return List::create(
Named("Z")= newZ,
Named("Z_opt")= Zopt,
Named("bic_opt")= Bicbest,
Named("bic_step")= BIC_step,
Named("complexity_step")= complexite_step
);
}
else
{
return List::create(
Named("Z")= newZ,
Named("Z_opt")= Zopt,
Named("bic_opt")= Bicbest
);
}
END_RCPP
}
SEXP rechercheZ_relax(SEXP X,SEXP Z,SEXP bic_vide_vect,SEXP methode_tirage,SEXP methode_BIC,SEXP Rmax,SEXP p2max,SEXP Maxiter,SEXP plot,SEXP best,SEXP better,SEXP random,SEXP bla,SEXP nb_opt_max,SEXP Rexact,SEXP Rstar)
{
BEGIN_RCPP
//déclaration des varibles
const Map<MatrixXd> matZ(as<Map<MatrixXd> >(Z));//Z
const Map<MatrixXd> matX(as<Map<MatrixXd> >(X));//X
const Map<VectorXd> Bic_vide_vect(as<Map<VectorXd> >(bic_vide_vect));//bic_vide_vect
bool Exact = Rcpp::as<bool>(Rexact); // length vector
bool star = Rcpp::as<bool>(Rstar); // BICstar
Rcpp::NumericVector met_tirage(methode_tirage),met_BIC(methode_BIC),rmax(Rmax),P2max(p2max),maxiter(Maxiter),Plot(plot),Best(best),Better(better),Random(random),Bla(bla),Nb_opt_max(nb_opt_max);
typedef Rcpp::NumericVector::iterator vec_iterator;
vec_iterator imet_tirage = met_tirage.begin(),imet_BIC=met_BIC.begin(),irmax=rmax.begin(),ip2max=P2max.begin(),imaxiter=maxiter.begin(),iplot=Plot.begin(),ibest=Best.begin(),ibetter=Better.begin(),irandom=Random.begin(),ibla=Bla.begin(),inb_opt_max=Nb_opt_max.begin();
int p=matZ.cols();//nombre de colonne de la matrice Z
Eigen::MatrixXd Zopt;//meilleur Z obtenu
double Bicbest;//BIC associé au meilleur modèle
Eigen::VectorXd bicvect;//vecteur BIC des matrices Z retenues
Eigen::MatrixXd newZ;//matrice Z modifié à chaque étapes
Eigen::MatrixXd list_cand;//matrice qui contient les coordonnées des candidats
int nbcand=0;//nombre de candidats
int nb_opt;//nombre de fois ou on a retrouve bicbest
int step_opt=0;//étape où l'on découvre BIC_opt
int sumZ=0;
int k;//nombre du tirage aleatoire (liste candidats)
int compte;//permet de cree la matrice liste en désignant le numéro du candidat (liste candidats)
int i;//coordonnée (x ou y) des candidats (liste candidats)
int rand1;//nombre aleatoire pour la 3ème méthode de tirage des candidats (liste candidats)
int rand2;//nombre aleatoire pour la 3ème méthode de tirage des candidats (liste candidats)
int numcand;//numero du candidat
int i_loc;//premiere coordonnée du candidat (modification Z)
int j_loc;//duexième coordonnée du candidat (modification Z)
int realisable;//booléen qui permet de savoir si on peut effectuer un changement dans Z (modification Z)
Eigen::MatrixXd Zcand;//matrice Z du candidat (modification Z)
Eigen::ArrayXXd SumCol(1,Zcand.cols());//SumCol est un vecteur qui contient la somme de chaque colonne de Zcand (modification Z)
int val;//permet de mettre une colonne et une ligne a 0 (modification Z)
Eigen::VectorXd BIC_cand;//vecteur qui contient les BIC de chaque colonne des la matrice Zcand (calcul du BIC)
double Sum_BIC_cand;//somme des BIC de BIC_cand (calcul BIC)
Eigen::VectorXd stock_bool;//vecteur qui permet de savoir si un candidat peut etre choisi (stock)
Eigen::VectorXd stock_BIC;//vecteur qui contient le BIC de tout les candidats (stock)
double sumbic;//BIC de chaque etapes
Eigen::VectorXd bic_etape (imaxiter[0]);//vecteur qui stock le BIC de chaque etapes
Eigen::VectorXd complexite_etape (imaxiter[0]);//vecteur qui stock la compléxité de Z a chaque etapes
Eigen::VectorXd etape (imaxiter[0]);//vecteur qui stock le type de changement de chaque etapes
bool station;//permet de savoir si on est stationnaire ou non
//initialisation
Zopt = MatrixXd::Zero(p,p);
//somme a la main
Bicbest = Bic_vide_vect.sum();
bicvect=BicZ_cpp(matX,matZ,Bic_vide_vect,Bic_vide_vect,imet_BIC[0],Zopt);
//somme a la main
sumbic=bicvect.sum();
if(star){
sumbic=sumbic-ProbaZ_cpp(matZ);
}
if (ibla[0]>0)
{
Rcout<<sumbic<<"\n";
}
if (sumbic<Bicbest)
{
Bicbest =sumbic;
Zopt=matZ;
}
newZ=matZ;
int step =0;
if (imet_tirage[0]==0)//methode de changement de la ligne et de la colonne
{
nbcand=2*p-2;
list_cand.resize(nbcand,2);//2p-2 candidats
}
else if(imet_tirage[0]==-1)
{
nbcand=p-1;
list_cand.resize(nbcand,2);//p-1 candidats (colonne uniquement)
}
else if(imet_tirage[0]==-2)
{
nbcand=p*(p-1);
list_cand.resize(nbcand,2);//p-1 candidats (colonne uniquement)
}
else if(imet_tirage[0]>0)//methode de tirage aléatoire
{
nbcand=imet_tirage[0];
list_cand.resize(nbcand,2);//le nombre de candidats est determine pas l'utilisateur
}
else if(imet_tirage[0]!=-3) //si methode a une valeur aberante
{
throw std::range_error("methode de tirage incorrecte");
}
if (irandom[0]==0)
{
ibetter[0]=1;
ibest[0]=1;
}
else if (ibetter[0]==1)
{
ibest[0]=1;
}
nb_opt=0;
while(step<imaxiter[0])
// initialisation des variables
{
compte=0;//initialisation du vecteur liste désigne le numéro du candidat
//liste candidats (couples [i,j])
if (imet_tirage[0]==0)//methode de changement de la ligne et de la colonne
{
k=int(p*runif(1)[0]);//on tire un numero aleatoire pour savoir quel est la ligne et la colonne de candidats
for(i=0;i<p;i++)
{
if(i!=k)//on ne veut pas avoir de 1 sur la diagonale
{
list_cand(compte,0)=i;
list_cand(compte,1)=k;
compte=compte+1;
list_cand(compte,0)=k;
list_cand(compte,1)=i;
compte=compte+1;
}
}
}
else if (imet_tirage[0]==-1)//seulement la colonne
{
k=int(p*runif(1)[0]);
for(i=0;i<p;i++)
{
if(i!=k)
{
list_cand(compte,0)=i;
list_cand(compte,1)=k;
compte=compte+1;
}
}
}
else if (imet_tirage[0]==-2)//tout le monde sauf la diagonale
{
for(k=0;k<p;k++)
{
for(i=0;i<p;i++)
{
if(i!=k)
{
list_cand(compte,0)=i;
list_cand(compte,1)=k;
compte=compte+1;
}
}
}
}
else if (imet_tirage[0]==-3)//tout le monde sauf la diagonale
{
nbcand=0;
sumZ=newZ.sum();
if(sumZ!=0)
{
list_cand.resize(newZ.sum(),2);//autant de candidats que de points
}
for(k=0;k<p;k++)
{
for(i=0;i<p;i++)
{
if(i!=k)
{
if(newZ(i,k)!=0)
{
list_cand(compte,0)=i;
list_cand(compte,1)=k;
compte=compte+1;
nbcand++;
}
}
}
}
if(nbcand==0)//aucun candidat donc on arrête
{
step=imaxiter[0]+10;
}
}
else if (imet_tirage[0]>0)//methode de tirage aléatoire
{
for(i=0;i<nbcand;i++)
{
rand1=int(p*runif(1)[0]);//nombres aleatoire pour avoir le numero de la ligne
rand2=int(p*runif(1)[0]);//nombres aleatoire pour avoir le numero de la colonne
if (rand1==rand2)//on ne veut pas de 1 sur la diagonale
{
if(rand1<p-1)
{
rand2=rand1+1;
}
else
{
rand2=rand1-1;
}
}
list_cand(i,0)=rand1;
list_cand(i,1)=rand2;
}
}
//pour chaque candidat
for (numcand=0;numcand<nbcand;numcand++)
{
//modification (calcul du Z) (Zcand avec methode (rejet ou relax) Z,i,j,methode="relax", p2max=inf,rmax=inf)
i_loc=list_cand(numcand,0);
j_loc=list_cand(numcand,1);
realisable=1;//le changement est vrai par defaut
Zcand=newZ;
Zcand(i_loc,j_loc)=1-Zcand(i_loc,j_loc);
for(val=0;val<Zcand.cols();val++)//la ligne et la colonne deviennent 0 car on est en mode rejet
{
Zcand(val,i_loc)=0;
Zcand(j_loc,val)=0;
}
if (Zcand.col(j_loc).sum()>irmax[0])
{
realisable=0;
}
else
{
SumCol=Zcand.colwise().sum();//SumCol est un vecteur qui contient la somme de chaque colonne de Zcand
if ((SumCol > 0).count()>ip2max[0])//si SumCol a plus de p2max valeur > 0 alors on ne modifiera pas la matrice
{
realisable=0;
}
}
//calcul du bic (du nouveau Z généré) (bicZ)
if (realisable==0)
{
Sum_BIC_cand=0;
}
else
{
BIC_cand=BicZ_cpp(matX,Zcand,Bic_vide_vect,bicvect,imet_BIC[0],newZ);
if(Exact){
for(val=0;val<BIC_cand.size();val++){
if(BIC_cand(val)==0){
Rcout <<val+1<< " depends on";
//on recherche l'emplacement des 1 dans le vecteur colonne (variables a droite)
for(int i=0;i<=p-1;i++)
{
if (Zcand(i,val)==1)
{
Rcout<< " "<< i+1 << " ";
}//fin if
}//fin for i
Rcout<<"\n";
step=imaxiter[0];
}
}
}
Sum_BIC_cand=BIC_cand.sum();
if(star){
Sum_BIC_cand=Sum_BIC_cand-ProbaZ_cpp(Zcand);
}
}
//stockage des valeurs (bic,changement)
stock_bool.resize(nbcand);
stock_bool(numcand)=realisable;
stock_BIC.resize(nbcand);
stock_BIC(numcand)=Sum_BIC_cand;
}
//choix du candidat retenu (tirage au sort ou meilleur selon le cas)
int nb_cand_retenu=stock_bool.sum()+1;//nombre de candidats retenu (certain ne peuvent pas etre pri en compte)
// à faire à la main
Eigen::VectorXd ind_stock_bool1(nb_cand_retenu-1);//vecteur contenant les numeros des individus retenus
Eigen::VectorXd stockBIC1(nb_cand_retenu);//vecteur contenant les bic des individus retenus
int compteur=0;//compteur permattant de remplir stockBIC1 et ind_stock_bool1
int bettercand=0;
int iret,jret;//coordonnees du candidat ayant le meilleur bic depuis le debut
double sumcum=0;
int cha;
int w;
NumericVector ran;
Eigen::VectorXd bicweight(nb_cand_retenu);
double sumexp=0;
double BIC_min=sumbic;
station=false;
stockBIC1(0)=sumbic;
for (i=0;i<stock_BIC.size();i++)//on garde que les individus retunus
{
if(stock_bool(i,0)==1)
{
ind_stock_bool1(compteur)=i;//seulement les individus possibles
stockBIC1(compteur+1)=stock_BIC(i);
if(stockBIC1(compteur+1)<BIC_min)//on cherche le plus petit BIC
{
BIC_min=stockBIC1(compteur+1);
bettercand=compteur+1;
}
compteur=compteur+1;
}
}
//prise de décision
if(BIC_min<Bicbest) //regarde s'il y'a un BIC meilleur que le meuilleur rencontré
{
step_opt=step;
nb_opt=0;//il y a un nouveau bicbest donc le compteur revient a 0
Bicbest=BIC_min;
iret=list_cand(ind_stock_bool1(bettercand-1),0);//-1 a cause de la stationarité
jret=list_cand(ind_stock_bool1(bettercand-1),1);
Zopt=newZ;//initialisation à la stationarité
Zopt(iret,jret)=1-Zopt(iret,jret);
if (Zopt(iret,jret)==1)//si on a ajouter
{
for(cha=0;cha<p;cha++)
{
Zopt(cha,iret)=0;
Zopt(jret,cha)=0;
}
}
if (ibla[0]>0)
{
Rcout<<step<<" Bicbest: "<<Bicbest<<" complexite: "<<Zopt.sum()<<"\n";
if (ibla[0]==2)
{
Rcout<<"nb_cand "<<nb_cand_retenu<<"BIC min "<<BIC_min<<"\n";
}
}
if(ibest[0]==1)//on a vu le meilleur absolu donc si on veut y aller, on y va
{
bicvect=BicZ_cpp(matX,Zopt,Bic_vide_vect,bicvect,imet_BIC[0],newZ);
newZ=Zopt;
sumbic=Bicbest;
}
else //tirage au sort
{
bicweight=stockBIC1;
for (int v=0;v<nb_cand_retenu;v++)
{
bicweight(v)=bicweight(v)-BIC_min;
bicweight(v)=exp(-bicweight(v)/2);
sumexp=sumexp+bicweight(v);
}
w=-1;//initialisation candidat choisi (il est a -1 car on va rajouter un "+1" avec le while)
ran=runif(1);
sumcum=0;
while (ran[0]>=sumcum)//choix du candidat
{
w++;
bicweight(w)=bicweight(w)/sumexp;
sumcum=sumcum+bicweight(w);
}
if(w==0)
{
station=true;
}
else
{
iret=list_cand(ind_stock_bool1(w-1),0);//-1 car stationarité en premier dans bicweight
jret=list_cand(ind_stock_bool1(w-1),1);
Zcand=newZ;
Zcand(iret,jret)=1-Zcand(iret,jret);
if (Zcand(iret,jret)==1)//si on a ajouter
{
for(cha=0;cha<p;cha++)
{
Zcand(cha,iret)=0;
Zcand(jret,cha)=0;
}
}
bicvect=BicZ_cpp(matX,Zcand,Bic_vide_vect,bicvect,imet_BIC[0],newZ);
newZ=Zcand;
sumbic=stockBIC1(w);
}
}
}
else if(nb_cand_retenu==1) //si la stationarité est le seul candidat
{
station=true;
}
else if(ibetter[0]==1 && bettercand!=0)//si on a un meilleur local et qu'on veut y aller, on y va
{
iret=list_cand(ind_stock_bool1(bettercand-1),0);//-1 a cause de la stationarité
jret=list_cand(ind_stock_bool1(bettercand-1),1);
Zcand=newZ;
Zcand(iret,jret)=1-Zcand(iret,jret);
if (Zcand(iret,jret)==1)//si on a ajouter
{
for(cha=0;cha<p;cha++)
{
Zcand(cha,iret)=0;
Zcand(jret,cha)=0;
}
}
bicvect=BicZ_cpp(matX,Zcand,Bic_vide_vect,bicvect,imet_BIC[0],newZ);
newZ=Zcand;
sumbic=BIC_min;
}
else if (irandom[0]==0)
{
station=true;
}
else//tirage au sort (on a pas de saut systématique)
{
bicweight=stockBIC1;
for (int v=0;v<nb_cand_retenu;v++)
{
bicweight(v)=bicweight(v)-BIC_min;
bicweight(v)=exp(-bicweight(v)/2);
sumexp=sumexp+bicweight(v);
}
w=-1;//initialisation candidat choisi (il est a -1 car on va rajouter un "+1" avec le while)
ran=runif(1);
sumcum=0;
while (ran[0]>=sumcum)//choix du candidat
{
w++;
bicweight(w)=bicweight(w)/sumexp;
sumcum=sumcum+bicweight(w);
}
if(w==0)
{
station=true;
}
else
{
iret=list_cand(ind_stock_bool1(w-1),0);//-1 car stationarité en premier dans bicweight
jret=list_cand(ind_stock_bool1(w-1),1);
Zcand=newZ;
Zcand(iret,jret)=1-Zcand(iret,jret);
if (Zcand(iret,jret)==1)//i we have added
{
for(cha=0;cha<p;cha++)
{
Zcand(cha,iret)=0;
Zcand(jret,cha)=0;
}
}
bicvect=BicZ_cpp(matX,Zcand,Bic_vide_vect,bicvect,imet_BIC[0],newZ);
newZ=Zcand;
sumbic=stockBIC1(w);
}
}
if(sumbic==Bicbest)//on regarde si le le BIC est le meme que le BIC optimal
{
nb_opt=nb_opt+1;//si c'est le cas alors on a retrouve une fois de plus BICbest
if(nb_opt==inb_opt_max[0])//si on a atteint le nombre maximum de fois ou on a retrouvé BICbest
{
imaxiter[0]=step;//alors on sort du while
Rcout<<"convergence atteinte";
}
}
if(iplot[0]==1)//si on veut des graphiques on mets à jour les vecteurs
{
bic_etape (step)=sumbic;
complexite_etape (step)=newZ.sum();
if (station==true)
{
etape (step)=2;//stationarité
}
else if(newZ(iret,jret)==0)
{
etape (step)=0;//suppression
}
else
{
etape (step)=1;//ajout
}
}
if(ibla[0]>2)
{
Rcout<<step<<" BIC local: "<<sumbic<<" compléxité local: "<<newZ.sum()<<"\n";
}
step=step+1;
}//fin des étapes (while)
if(iplot[0]==1)
{
Eigen::VectorXd BIC_step(step);//on met les vecteurs sorti de bonne dimension
Eigen::VectorXd complexite_step(step);
if(step>1)//s'il y'a eu au moins une etape alors on tranfert les donnees des vecteurs
{
for(int k=0;k<step;k++)
{
BIC_step(k)=bic_etape(k);
complexite_step(k)=complexite_etape(k);
}
}
return List::create(
Named("Z")= newZ,
Named("bic_loc")= sumbic,
Named("Z_opt")= Zopt,
Named("bic_opt")= Bicbest,
Named("bic_step")= BIC_step,
Named("complexity_step")= complexite_step,
Named("step")= etape,
Named("step_opt")= step_opt
);
}
else
{
return List::create(
Named("Z")= newZ,
Named("bic_loc")= sumbic,
Named("Z_opt")= Zopt,
Named("bic_opt")= Bicbest,
Named("step_opt")= step_opt
);
}
END_RCPP
}
SEXP cleancolZ(SEXP X,SEXP Z,SEXP bic_vide_vect,SEXP methode_BIC,SEXP plot,SEXP bla,SEXP Rstar)
{
BEGIN_RCPP
//declaration des variables
const Map<MatrixXd> matZ(as<Map<MatrixXd> >(Z));//Z
const Map<MatrixXd> matX(as<Map<MatrixXd> >(X));//X
const Map<VectorXd> Bic_vide_vect(as<Map<VectorXd> >(bic_vide_vect));//bic_vide_vect
bool star = Rcpp::as<bool>(Rstar); // BICstar
Rcpp::NumericVector met_BIC(methode_BIC),Plot(plot),Bla(bla);
typedef Rcpp::NumericVector::iterator vec_iterator;
vec_iterator imet_BIC=met_BIC.begin(),iplot=Plot.begin(),ibla=Bla.begin();
int p=matZ.cols();//nombre de colonne de la matrice Z
Eigen::MatrixXd Zopt;//meilleur Z obtenu
double Bicbest;//BIC associe au meilleur modele
Eigen::VectorXd bicvect;//vecteur BIC des matrices Z retenues
Eigen::MatrixXd newZ;//matrice Z modifie a chaque etapes
Eigen::VectorXd list_cand;//vecteur qui contient les indices des colonnes candidates (liste candidats)
int compte=0;//permet de cree la matrice liste en designant le numero du candidat (liste candidats)
int nbcand;//nombre de candidats
int numcand;//numero du candidat
int i_loc;//premiere coordonnee du candidat (modification Z)
Eigen::MatrixXd Zcand;//matrice Z du candidat (modification Z)
Eigen::ArrayXXd SumCol(1,p);//SumCol est un vecteur qui contient la somme de chaque colonne de Zcand (modification Z)
Eigen::VectorXd BIC_cand;//vecteur qui contient les BIC de chaque colonne des la matrice Zcand (calcul du BIC)
double Sum_BIC_cand;//somme des BIC de BIC_cand (calcul BIC)
Eigen::VectorXd stock_BIC;//vecteur qui contient le BIC de tout les candidats (stock)
double sumbic;//BIC de chaque etapes
double BIC_min;
bool minimum;
int i;
int iret=1;
Eigen::VectorXd bic_etape;//vecteur qui stock le BIC de chaque etapes
Eigen::VectorXd complexite_etape;//vecteur qui stock la complexite de Z a chaque etapes
Eigen::VectorXd BIC_step;//vecteur qui stock le BIC de chaque etapes
Eigen::VectorXd complexite_step ;//vecteur qui stock la complexite de Z a chaque etapes
//initialisation
bicvect=BicZ_cpp2(matX,matZ,Bic_vide_vect,imet_BIC[0]);
//somme a la main
sumbic=bicvect.sum();
if(star)
{
sumbic=sumbic-ProbaZ_cpp(matZ);
}
if (ibla[0]>0)
{
Rcout<<sumbic<<"\n";
}
Bicbest =sumbic;
Zopt=matZ;
newZ=matZ;
int step =0;
SumCol=matZ.colwise().sum();//nombre d'elements dans chaque colonne
nbcand=(SumCol>0).count();//nombre de colonnes candidates (quand il y'a au moins 1 element dans une colonne)
list_cand.resize(nbcand);//le nombre de candidats est la complexite du modele
bic_etape.resize(nbcand);
complexite_etape.resize(nbcand);
while(step<nbcand)
{
compte=0;//initialisation du vecteur liste designe le numero du candidat
//liste candidats (couples [i,j])
for(int n=0;n<p;n++)//parcours les colonnes
{
if(newZ.col(n).sum()>0)//on cherche les candidats
{
list_cand(compte)=n;//stock la colonne du candidat
compte=compte+1;//passage au candidat suivant
}
}
stock_BIC.resize(compte);
//pour chaque candidat
for (numcand=0;numcand<compte;numcand++)
{
//modification (calcul du Z) (Zcand avec methode (rejet ou relax) Z,i,j,methode="relax", p2max=inf,rmax=inf)
Zcand=newZ;
for(i_loc=0;i_loc<p;i_loc++)//parcours des lignes
{
Zcand(i_loc,list_cand(numcand))=0;//modification de Z par rapport a la colonne candidate
}
//calcul du bic (du nouveau Z genere)
BIC_cand=BicZ_cpp(matX,Zcand,Bic_vide_vect,bicvect,imet_BIC[0],newZ);//calcul du vecteur BIC du candidat
Sum_BIC_cand=BIC_cand.sum();
if (star)
{
Sum_BIC_cand=Sum_BIC_cand-ProbaZ_cpp(Zcand);
}
//stockage du BIC
stock_BIC(numcand)=Sum_BIC_cand;
}
//on regarde la meilleur candidat
BIC_min=Bicbest;//initialisation BIC_min
minimum=false;
for(i=0;i<compte;i++)
{
if(stock_BIC(i)<Bicbest)//si on a trouve un minimum
{
iret=i;//on retient sa position
minimum=true;
Bicbest=stock_BIC(i);//on modifie Bicbest
}
}
if (minimum==true)//si il y a un minimum, on y va
{
Zopt=newZ;//initialisation a la stationarite
for(int i_opt=0;i_opt<p;i_opt++)//on met la colonne a 0
{
Zopt(i_opt,list_cand(iret))=0;
}
bicvect=BicZ_cpp(matX,Zopt,Bic_vide_vect,bicvect,imet_BIC[0],newZ);//calcul du vecteur BIC du nouveau Zopt
newZ=Zopt;
//partie commentaires
if (ibla[0]>0)
{
Rcout<<"etape : "<<step<<"\n";
Rcout<<" Bicbest: "<<Bicbest<<" complexite: "<<newZ.sum()<<"\n";
if (ibla[0]==2)
{
Rcout<<"nb_cand "<<compte<<"BIC min "<<BIC_min<<"\n";
}
}
//partie graphiques
if(iplot[0]==1)//si on veut des graphiques on mets a jour les vecteurs
{
bic_etape(step)=Bicbest;
complexite_etape(step)=newZ.sum();
}
step=step+1;//passage a l'etape suivante s'il y a eu un minimum
}
else//pas de minimum
{
if (ibla[0]>0){
Rcout<<"nettoyage fini";
}
step=nbcand+1;//arret des etapes
}
}//fin des étapes
if(iplot[0]==1)//si on veut des graphiques on mets a jour les vecteurs
{
BIC_step.resize(nbcand-compte);//on redimensionne pour les plot
complexite_step.resize(nbcand-compte);
if(nbcand-compte>0)//si il y'a eu au moins une etape
{
for(int k=0;k<nbcand-compte;k++)
{
BIC_step(k)=bic_etape(k);
complexite_step(k)=complexite_etape(k);
}
}
return List::create(
Named("Z")= newZ,
// Named("Z_opt")= Zopt,
Named("bic_opt")= Bicbest,
Named("bic_step")= BIC_step,
Named("complexity_step")= complexite_step
);
}
else
{
return List::create(
Named("Z")= newZ,
// Named("Z_opt")= Zopt,
Named("bic_opt")= Bicbest
);
}
END_RCPP
}
int main(int argc, char *argv[])
{
using namespace std;
// Load a mesh in OFF format
igl::readOBJ(TUTORIAL_SHARED_PATH "/camel_b.obj", V, F);
Eigen::MatrixXd bnd_uv, uv_init;
Eigen::VectorXd M;
igl::doublearea(V, F, M);
std::vector<std::vector<int>> all_bnds;
igl::boundary_loop(F, all_bnds);
// Heuristic primary boundary choice: longest
auto primary_bnd = std::max_element(all_bnds.begin(), all_bnds.end(), [](const std::vector<int> &a, const std::vector<int> &b) { return a.size()<b.size(); });
Eigen::VectorXi bnd = Eigen::Map<Eigen::VectorXi>(primary_bnd->data(), primary_bnd->size());
igl::map_vertices_to_circle(V, bnd, bnd_uv);
bnd_uv *= sqrt(M.sum() / (2 * igl::PI));
if (all_bnds.size() == 1)
{
if (bnd.rows() == V.rows()) // case: all vertex on boundary
{
uv_init.resize(V.rows(), 2);
for (int i = 0; i < bnd.rows(); i++)
uv_init.row(bnd(i)) = bnd_uv.row(i);
}
else
{
igl::harmonic(V, F, bnd, bnd_uv, 1, uv_init);
if (igl::flipped_triangles(uv_init, F).size() != 0)
igl::harmonic(F, bnd, bnd_uv, 1, uv_init); // fallback uniform laplacian
}
}
else
{
// if there is a hole, fill it and erase additional vertices.
all_bnds.erase(primary_bnd);
Eigen::MatrixXi F_filled;
igl::topological_hole_fill(F, bnd, all_bnds, F_filled);
igl::harmonic(F_filled, bnd, bnd_uv ,1, uv_init);
uv_init = uv_init.topRows(V.rows());
}
Eigen::VectorXi b; Eigen::MatrixXd bc;
igl::scaf_precompute(V, F, uv_init, scaf_data, igl::MappingEnergyType::SYMMETRIC_DIRICHLET, b, bc, 0);
// Plot the mesh
igl::opengl::glfw::Viewer viewer;
viewer.data().set_mesh(V, F);
const auto& V_uv = uv_scale * scaf_data.w_uv.topRows(V.rows());
viewer.data().set_uv(V_uv);
viewer.callback_key_down = &key_down;
// Enable wireframe
viewer.data().show_lines = true;
// Draw checkerboard texture
viewer.data().show_texture = true;
std::cerr << "Press space for running an iteration." << std::endl;
std::cerr << "Press 1 for Mesh 2 for UV" << std::endl;
// Launch the viewer
viewer.launch();
}
template <typename PointSource, typename PointTarget> int
TransformationEstimationJointOptimize<PointSource, PointTarget>::OptimizationFunctor::operator() (const Eigen::VectorXd &x, Eigen::VectorXd &fvec) const
{
const pcl::PointCloud<PointSource> & src_points = *estimator_->tmp_src_;
const pcl::PointCloud<PointTarget> & tgt_points = *estimator_->tmp_tgt_;
const std::vector<int> & src_indices = *estimator_->tmp_idx_src_;
const std::vector<int> & tgt_indices = *estimator_->tmp_idx_tgt_;
const std::vector<int> & src_indices_dfp = *estimator_->tmp_idx_src_dfp_;
const std::vector<int> & tgt_indices_dfp = *estimator_->tmp_idx_tgt_dfp_;
const std::vector<int> & src_indices_handles = *estimator_->tmp_idx_src_handles_;
const std::vector<int> & tgt_indices_handles = *estimator_->tmp_idx_tgt_handles_;
const float visualWeight = estimator_->visualFeatureWeight;
const float denseWeight = estimator_->denseCloudWeight;
const float handleWeight = estimator_->handleFeatureWeight;
// Initialize the warp function with the given parameters
Eigen::VectorXf params = x.cast<float> ();
estimator_->warp_point_->setParam (params);
Eigen::Matrix4f curr_transformation_matrix = estimator_->warp_point_->getTransform ();
//std::cout << "[OptimizationFunctor::operator()] current transform = " << std::endl << curr_transformation_matrix << std::endl;
//std::cerr << "[error function] before visual points: " << fvec.sum() << "\n";
// Sum of squared distances of distinctive feature points
// double diff_value_dfp = 0;
const double dfp_factor = visualWeight/number_dfp;
for (int i = 0; i < number_dfp; ++i)
{
std::cerr << "[error function] entered visual points loop: " << fvec.sum() << "\n";
const PointSource & p_src = src_points.points[src_indices_dfp[i]];
const PointTarget & p_tgt = tgt_points.points[tgt_indices_dfp[i]];
// Transform the source point based on the current warp parameters
PointSource p_src_warped;
estimator_->warp_point_->warpPoint (p_src, p_src_warped);
// Estimate the distance (cost function)
// diff_value_dfp += estimator_->computeDistance (p_src_warped, p_tgt);
fvec[i] = dfp_factor * estimator_->computeDistance (p_src_warped, p_tgt);
}
//std::cerr << "[error function] after visual points: " << fvec.sum() << "\n";
const double p_factor = (denseWeight)/number_p;
for (int i = 0; i < number_p; ++i)
{
const PointSource & p_src = src_points.points[src_indices[i]];
const PointTarget & p_tgt = tgt_points.points[tgt_indices[i]];
// Transform the source point based on the current warp parameters
PointSource p_src_warped;
estimator_->warp_point_->warpPoint (p_src, p_src_warped);
// Estimate the distance (cost function)
// diff_value_p += estimator_->computeDistance (p_src_warped, p_tgt);
fvec[i+number_dfp] = p_factor * estimator_->computeDistancePointToPlane (p_src_warped, p_tgt);
if(fvec[i+number_dfp] != fvec[i+number_dfp])
{
std::cerr << "i: " << i << " is nan! fvec[i]= " << fvec[i+number_dfp] << "\n";
std::cerr << "source point : " << p_src << "\n";
std::cerr << "source point warped: " << p_src_warped << "\n";
std::cerr << "target point : " << p_tgt << "\n";
}
// std::cerr << "fvec point " << (int)i << ":" << fvec[i+number_dfp] << "\n";
}
//std::cerr << "[error function] after points and features: " << fvec.sum() << "\n";
const double handle_factor = (handleWeight)/number_handle_p;
double totalError = 0.0;
for (int i = 0; i < number_handle_p; ++i)
{
const PointSource & p_src = src_points.points[src_indices_handles[i]];
const PointTarget & p_tgt = tgt_points.points[tgt_indices_handles[i]];
// Transform the source point based on the current warp parameters
PointSource p_src_warped;
estimator_->warp_point_->warpPoint (p_src, p_src_warped);
// Estimate the distance (cost function)
// diff_value_p += estimator_->computeDistance (p_src_warped, p_tgt);
fvec[i+number_dfp+number_p] = handle_factor * estimator_->computeDistance (p_src_warped, p_tgt);
totalError += fvec[i+number_dfp+number_p];
//std::cerr << "i: " << i << " src indice: " << src_indices_handles[i] << " src point: " << p_src_warped
// << " tgt indice: " << tgt_indices_handles[i] << " tgt point: " << p_tgt
//std::cerr << "i: " << i << " Distance error: " << fvec[i+number_dfp+number_p] << "\n";
//std::cerr << "fvec handle point " << (int)i << ":" << fvec[i+number_dfp+number_p] << "\n";
}
//std::cerr << "[error function] after points and features and handles: " << fvec.sum() << "\n";
//fvec[0] = totalError;
//for (int i = 1; i < (number_handle_p + number_p + number_dfp); ++i)
//{
// std::cerr << "i: " << i << "error: " << fvec[i] << "\n";
// fvec[i] = 0.0;
//}
//std::cerr << "[error functino] fvec total error : " << fvec.sum() << "\n";
//std::cerr << "[error functino] my total error : " << totalError << "\n";
//std::cerr << "##############Other debug info: ##########\n"
// << "Visual weight: " << visualWeight << " visual points: " << number_dfp << " visual factor: " << dfp_factor << "\n"
// << "dense weight: " << denseWeight << " dense points: " << number_p << " dense factor: " << p_factor << "\n"
// << "handle weight: " << handleWeight << " handle points: " << number_handle_p << " handle factor: " << handle_factor << "\n";
// Divide by number of points
// diff_value_p = diff_value_p/number_p;
// Update function value
// fvec[0] = ((alpha * diff_value_dfp) + ((1-alpha) * diff_value_p))*1000;
//std::cout << "[OptimizationFunctor::operator()] fvec.blueNorm = " << fvec.blueNorm() << std::endl;
return (0);
}
void state::compute(int want, FitContext *fc)
{
state *st = (state*) this;
auto *oo = this;
for (auto c1 : components) {
if (c1->fitFunction) {
omxFitFunctionCompute(c1->fitFunction, want, fc);
} else {
omxRecompute(c1, fc);
}
}
if (!(want & FF_COMPUTE_FIT)) return;
int nrow = components[0]->rows;
for (auto c1 : components) {
if (c1->rows != nrow) {
mxThrow("%s: component '%s' has %d rows but component '%s' has %d rows",
oo->name(), components[0]->name(), nrow, c1->name(), c1->rows);
}
}
Eigen::VectorXd expect;
Eigen::VectorXd rowResult;
int numC = components.size();
Eigen::VectorXd tp(numC);
double lp=0;
for (int rx=0; rx < nrow; ++rx) {
if (expectation->loadDefVars(rx) || rx == 0) {
omxExpectationCompute(fc, expectation, NULL);
if (!st->transition || rx == 0) {
EigenVectorAdaptor Einitial(st->initial);
expect = Einitial;
if (expect.rows() != numC || expect.cols() != 1) {
omxRaiseErrorf("%s: initial prob matrix must be %dx%d not %dx%d",
name(), numC, 1, expect.rows(), expect.cols());
return;
}
}
if (st->transition && (st->transition->rows != numC || st->transition->cols != numC)) {
omxRaiseErrorf("%s: transition prob matrix must be %dx%d not %dx%d",
name(), numC, numC, st->transition->rows, st->transition->cols);
return;
}
}
for (int cx=0; cx < int(components.size()); ++cx) {
EigenVectorAdaptor Ecomp(components[cx]);
tp[cx] = Ecomp[rx];
}
if (st->verbose >= 4) {
mxPrintMat("tp", tp);
}
if (st->transition) {
EigenMatrixAdaptor Etransition(st->transition);
expect = (Etransition * expect).eval();
}
rowResult = tp.array() * expect.array();
double rowp = rowResult.sum();
rowResult /= rowp;
lp += log(rowp);
if (st->transition) expect = rowResult;
}
oo->matrix->data[0] = Global->llScale * lp;
if (st->verbose >= 2) mxLog("%s: fit=%f", oo->name(), lp);
}
void NuTo::StructureBase::ConstraintLinearEquationNodeToElementCreate(int rNode, int rElementGroup, NuTo::Node::eDof,
const double rTolerance,
Eigen::Vector3d rNodeCoordOffset)
{
const int dim = GetDimension();
Eigen::VectorXd queryNodeCoords = NodeGetNodePtr(rNode)->Get(Node::eDof::COORDINATES);
queryNodeCoords = queryNodeCoords + rNodeCoordOffset.head(dim);
std::vector<int> elementGroupIds = GroupGetMemberIds(rElementGroup);
ElementBase* elementPtr = nullptr;
Eigen::VectorXd elementNaturalNodeCoords;
bool nodeInElement = false;
for (auto const& eleId : elementGroupIds)
{
elementPtr = ElementGetElementPtr(eleId);
// Coordinate interpolation must be linear so the shape function derivatives are constant!
assert(elementPtr->GetInterpolationType().Get(Node::eDof::COORDINATES).GetTypeOrder() ==
Interpolation::eTypeOrder::EQUIDISTANT1);
const Eigen::MatrixXd& derivativeShapeFunctionsGeometryNatural =
elementPtr->GetInterpolationType()
.Get(Node::eDof::COORDINATES)
.DerivativeShapeFunctionsNatural(
Eigen::VectorXd::Zero(dim)); // just as _some_ point, as said, constant
// real coordinates of every node in rElement
Eigen::VectorXd elementNodeCoords = elementPtr->ExtractNodeValues(NuTo::Node::eDof::COORDINATES);
switch (mDimension)
{
case 2:
{
Eigen::Matrix2d invJacobian =
dynamic_cast<ContinuumElement<2>*>(elementPtr)
->CalculateJacobian(derivativeShapeFunctionsGeometryNatural, elementNodeCoords)
.inverse();
elementNaturalNodeCoords = invJacobian * (queryNodeCoords - elementNodeCoords.head(2));
}
break;
case 3:
{
Eigen::Matrix3d invJacobian =
dynamic_cast<ContinuumElement<3>*>(elementPtr)
->CalculateJacobian(derivativeShapeFunctionsGeometryNatural, elementNodeCoords)
.inverse();
elementNaturalNodeCoords = invJacobian * (queryNodeCoords - elementNodeCoords.head(3));
}
break;
default:
throw NuTo::Exception(std::string(__PRETTY_FUNCTION__) + ": \t Only implemented for 2D and 3D");
}
if ((elementNaturalNodeCoords.array() > -rTolerance).all() and
elementNaturalNodeCoords.sum() <= 1. + rTolerance)
{
nodeInElement = true;
break;
}
}
if (not nodeInElement)
{
GetLogger() << "Natural node coordinates: \n" << elementNaturalNodeCoords << "\n";
throw Exception(__PRETTY_FUNCTION__, "Node is not inside any element.");
}
auto shapeFunctions =
elementPtr->GetInterpolationType().Get(Node::eDof::DISPLACEMENTS).ShapeFunctions(elementNaturalNodeCoords);
std::vector<Constraint::Equation> equations(dim); // default construction of Equation with rhs = Constant = 0
for (int iDim = 0; iDim < dim; ++iDim)
{
equations[iDim].AddTerm(Constraint::Term(*NodeGetNodePtr(rNode), iDim, 1.));
}
for (int iNode = 0; iNode < shapeFunctions.rows(); ++iNode)
{
int localNodeId = elementPtr->GetInterpolationType().Get(Node::eDof::DISPLACEMENTS).GetNodeIndex(iNode);
auto globalNode = elementPtr->GetNode(localNodeId, Node::eDof::DISPLACEMENTS);
// std::cout << "globalNodeId \t" << globalNodeId << std::endl;
double coefficient = -shapeFunctions(iNode, 0);
for (int iDim = 0; iDim < dim; ++iDim)
equations[iDim].AddTerm(Constraint::Term(*globalNode, iDim, coefficient));
}
Constraints().Add(Node::eDof::DISPLACEMENTS, equations);
}
TEST_CASE("Test solver for the IEFPCM with NH3 molecule and a GePol cavity", "[solver][iefpcm][iefpcm_gepol-NH3]")
{
Molecule molec = NH3();
double area = 0.4;
double probeRadius = 0.0;
double minRadius = 100.0;
GePolCavity cavity = GePolCavity(molec, area, probeRadius, minRadius);
cavity.saveCavity("nh3.npz");
double permittivity = 78.39;
Vacuum<AD_directional, CollocationIntegrator> gfInside = Vacuum<AD_directional, CollocationIntegrator>();
UniformDielectric<AD_directional, CollocationIntegrator> gfOutside =
UniformDielectric<AD_directional, CollocationIntegrator>(permittivity);
bool symm = true;
IEFSolver solver(symm);
solver.buildSystemMatrix(cavity, gfInside, gfOutside);
double Ncharge = 7.0;
double Hcharge = 1.0;
size_t size = cavity.size();
Eigen::VectorXd fake_mep = computeMEP(molec, cavity.elements());
// The total ASC for a dielectric is -Q*(epsilon-1)/epsilon
Eigen::VectorXd fake_asc = Eigen::VectorXd::Zero(size);
fake_asc = solver.computeCharge(fake_mep);
double totalASC = - (Ncharge + 3.0 * Hcharge) * (permittivity - 1) / permittivity;
double totalFakeASC = fake_asc.sum();
CAPTURE(totalASC - totalFakeASC);
REQUIRE(totalASC == Approx(totalFakeASC).epsilon(1.0e-03));
}
/// <summary>
/// use a kernel matrix and solve the svm problem
/// </summary>
/// <param name="Kernel">precomputed kernel</param>
DualSolution libSVMWrapper::Solve(const Eigen::MatrixXd &Kernel)
{
// unfortunately libsvm needs "svm_nodes", so we have to copy everything
// workaround pointer to matrix entries (eigen3 does not allow it?)
// copy entries (code from libSVM)
int j = 0, sc = NumberOfData + 1;
// TODO
// libSVM_x_space[j+k].value = *(Kernel.data() + (k-1)*NumberOfData + i); // by reference or pointer
#pragma omp parallel for
for (int i = 0; i < libSVM_Problem.l; i++)
{
j = (sc+1)*i ;
for (int k = 0; k < sc; k++)
{
libSVM_x_space[j].index = k + 1;
if (k == 0)
{
libSVM_x_space[j].value = i + 1;
}
else
{
libSVM_x_space[j+k].value = Kernel(i, k - 1);
}
}
j = ((sc+1)*i+sc) ;
libSVM_x_space[j+1].index = -1;
}
#ifdef DEBUG
for (int i = 0; i < libSVM_Problem.l; i++)
{
if ((int) libSVM_Problem.x[i][0].value <= 0 || (int) libSVM_Problem.x[i][0].value > sc)
{
printf("Wrong input format: sample_serial_number out of range\n");
exit(0);
}
}
const char *error_msg;
error_msg = svm_check_parameter(&libSVM_Problem, &libSVM_Parameter);
if (error_msg)
{
fprintf(stderr, "ERROR: %s\n", error_msg);
exit(1);
}
#endif
// train the model
if (libSVM_Model != NULL)
{
svm_free_model_content(libSVM_Model);
libSVM_Model = NULL;
}
libSVM_Model = svm_train(&libSVM_Problem, &libSVM_Parameter);
// extract results
// bias is easy
double Bias = -1 * libSVM_Model->rho[0];
// alpha should be dense now
Eigen::VectorXd Alpha = Eigen::MatrixXd::Zero(NumberOfData, 1);
for (int i = 0; i < libSVM_Model->l; i++)
{
Alpha(libSVM_Model->sv_indices[i] - 1) = (libSVM_Model->sv_coef[0][i] < 0) ? -1 * libSVM_Model->sv_coef[0][i] : libSVM_Model->sv_coef[0][i];
}
DualSolution DS;
DS.Bias = Bias;
DS.Alpha = Alpha;
Eigen::VectorXd tt = Alpha.cwiseProduct(Y);
// objective value of dual solution
DS.Value = Alpha.sum() - 0.5* (double)(tt.transpose() * (Kernel*tt));
return DS;
}