const Part* Chain::getPart (const string& label) const { for (int i=0; i <listOfParts.size (); i++) { Part* p = listOfParts[i]; if (label == p->getPartLabel ()) return p; } return NULL; }
int Chain::getPartIndex ( const string& label ) const { for (int i=0; i < listOfParts.size (); i++) { Part* p = listOfParts[i]; if (p->getPartLabel () == label) return i; } return -1; }
void Chain::Output (ostream& os) const { os << "5' - "; int numP = listOfParts.size (); for (int cnt =0; cnt < numP; cnt++) { Part* p = listOfParts[cnt]; os << p->getDbId () << "(" << p->getPartType () << "," << p->getPartLabel () << ") - " ; } os << "3'"; }
void Chain::Output (ostream& os) const { os << "\n5' ---- "; int numP = listOfParts.size (); for (int cnt =0; cnt < numP; cnt++) { Part* p = listOfParts[cnt]; os << "\n " << p->getPartRef (); if (p->isBinded) os << "*"; os << "(" << p->getPartType () << "," << p->getPartLabel () << ") " ; } os << "\n---- 3'"; }