void SpinPointSpace::updateAddPeak( Spin* s )
{
// Dasselbe wie refill, aber nur für einen einzelnen Spin
if( !d_st.isNull() )
{
const bool showLink = d_showLinks && d_noesy != DimUndefined &&
d_st->getDimCount() > 1;
ElementSet inf;
if( d_showInferred || showLink )
inferPeaks( inf, s->getSystem(), s->getLabel() );
ElementSet links;
ElementSet::const_iterator j;
if( d_showInferred && !showLink )
{
for( j = inf.begin(); j != inf.end(); ++j )
_merge( this, d_res, (*j) );
}else if( showLink && !d_showInferred )
{
fillLinks( inf, links );
for( j = links.begin(); j != links.end(); ++j )
_merge( this, d_res, (*j) );
}else if( showLink && d_showInferred )
{
fillLinks( inf, links );
for( j = inf.begin(); j != inf.end(); ++j )
links.insert( (*j) );
for( j = links.begin(); j != links.end(); ++j )
_merge( this, d_res, (*j) );
}
}
}
void SpinPointSpace::refill()
{
d_res.clear();
if( !d_st.isNull() )
{
const bool showLink = d_showLinks && d_noesy != DimUndefined &&
d_st->getDimCount() > 1;
ElementSet resTuples;
if( d_showInferred || showLink )
{
const SpinBase::SpinSystemMap& sm = d_spins->getSystems();
SpinBase::SpinSystemMap::const_iterator sysIter;
for( sysIter = sm.begin(); sysIter != sm.end(); ++sysIter )
{
Element elem;
SpinSystem* sys = 0;
if( d_doPathsim )
{
sys = (*sysIter).second;
elem.setInfer(); // nur hier handelt es sich um echte Pfadsimulation; sonst cross-product
}
NmrExperiment* e = d_types->inferExperiment2( d_st, sys, d_spec );
// std::strstream out;
// e->printTable(out);
// qDebug() << out.str();
const PathTable& tbl = e->getTable();
PathTable::Table::const_iterator rowIter;
for( rowIter = tbl.begin(); rowIter != tbl.end(); ++rowIter )
fillTuples( elem, (*sysIter).second, (*rowIter), resTuples, DimX );
// fillTuples wird in jedem Fall mit dem System aufgerufen
}
}
ElementSet resLinks;
ElementSet::const_iterator j;
if( d_showInferred && !showLink )
{
for( j = resTuples.begin(); j != resTuples.end(); ++j )
d_res.insert( (*j) );
}else if( showLink && !d_showInferred )
{
fillLinks( resTuples, resLinks );
for( j = resLinks.begin(); j != resLinks.end(); ++j )
d_res.insert( (*j) );
}else if( showLink && d_showInferred )
{
fillLinks( resTuples, resLinks );
for( j = resTuples.begin(); j != resTuples.end(); ++j )
resLinks.insert( (*j) );
for( j = resLinks.begin(); j != resLinks.end(); ++j )
d_res.insert( (*j) );
}
}
SpinSpace::Update m( this, SpinSpace::Update::All );
notifyObservers( m );
}
ConstantPropLatticeElement* ConstantPropLattice::join(vector <LatticeElement*>& list_) {
ConstantPropLatticeElement* first = static_cast<ConstantPropLatticeElement*>(list_[0]);
ConstantPropLatticeElement* second = static_cast<ConstantPropLatticeElement*>(list_[1]);
ElementSet firstElementSet = first->getLatticeElement();
ElementSet secondElementSet = second->getLatticeElement();
secondElementSet.insert(firstElementSet.begin(), firstElementSet.end());
return new ConstantPropLatticeElement(secondElementSet);
}
void SpinPointSpace::fillLinks(const ElementSet& inf, ElementSet& res)
{
#ifdef _DEBUG
assert( d_st && d_st->getDimCount() > 1 && d_noesy != DimUndefined );
#endif
// Finde zuerst raus, zwischen welchen Dim es Noesy gibt.
// Wir gehen hier davon aus, dass immer nur ein Noesy-Step vorhanden ist.
// 8.3.04 Fred meint, showAll sei nicht nötig und es genüge, die Links
// auf NOESY zu beschränken.
// Eigentlich könnte man den NOESY-Step sogar auf den letzten Step beschränken.
const Dimension dim = d_st->getDimCount();
const AtomType noesyColor = d_st->getColor( d_noesy );
for( ElementSet::const_iterator i = inf.begin(); i != inf.end(); ++i )
{
// Gehe durch alle Points, die durch Pathsim gefunden wurden
Element p = (*i);
for( Dimension d = 0; d < dim; d++ )
{
p.reset();
if( d != d_noesy )
{
p.setLink( d, d_noesy );
Spin* me = p.d_point[ d ];
// Suche für jeden Pathsim-Point alle Links zur Noesy-Dim
for( Spin::Links::const_iterator l = me->getLinks().begin();
l != me->getLinks().end(); ++l )
{
Spin* other;
if( (*l)->getRhs() != me->getId() )
other = d_spins->getSpin( (*l)->getRhs() );
else
other = d_spins->getSpin( (*l)->getLhs() );
if( other && other->getAtom() == noesyColor )
{
if( d_showInferred )
// Trick, damit die intraresiduellen infered bleiben.
p.setInfer( me->getSystem() == other->getSystem() );
p.d_point[ d_noesy ] = other;
res.insert( p );
}
}
}
}
}
}
void SpinPointSpace::fillTuples( Element& elem, SpinSystem* sys,
const PathTable::Path& path, ElementSet& res, Dimension dim )
{
Q_ASSERT( d_st != 0 );
Q_ASSERT( sys != 0 );
// Wandert entlang den Anchor-Dimensions und fügt zuletzt das Tuple ein,
// wenn man überhaupt soweit kommt. Implizit findet auch eine
// Multiplikation über alle non-final-Kombinationen statt.
SpinSystem::Spins spins;
const SpinLabel& label = path[ dim ];
if( false ) // dim == d_noesy ) // ab CARA 1.9.1 werden alle NOESY von NmrExperiment explizit in Atome aufgelöst
{
spins = sys->findNoesySpins( d_st->getColor( dim ), d_showNulls, d_showOffs );
// Dieser Schritt holt sich einfach alle Spins der gegebenen Atomfarbe aus dem System, unabhängig
// vom SystemType bzw. ResidueType des Systems.
}else
{
spins = sys->findSpins( label.getTag(), label.getOff(), d_st->getColor( dim ),
d_showNulls, d_showOffs, d_showUnknown );
// Es werden auch non-finals verwendet.
// Diese müssen zumindest im Label übereinstimmen
if( label.getTag().isNull() )
elem.setInfer(false); // In diesem Fall hat findSpins ein cross-product gemacht; das
// kommt nur vor, wenn ResiType nicht bekannt oder SpecType keine Proc hat.
}
// QStringList tmp; // TEST
// for( SpinSystem::Spins::const_iterator i = spins.begin(); i != spins.end(); ++i )
// tmp << (*i)->getLabel().getTag().data();
// qDebug() << dim << label.getTag().data() << d_st->getColor( dim ).getAtomLabel() << tmp;
const Dimension dmax = d_st->getDimCount();
SpinSystem::Spins::const_iterator spinIter;
for( spinIter = spins.begin(); spinIter != spins.end(); ++spinIter )
{
elem.d_point[ dim ] = (*spinIter);
if( dim < dmax - 1 )
fillTuples( elem, sys, path, res, dim + 1 );
else
res.insert( elem );
}
}
void SysFilterSpace::refill()
{
d_res.clear();
if( d_sys )
{
ElementSet res;
SpinSpace::Iterator i, _end = d_host->end();
SpinSpace::Element e;
for( i = d_host->begin(); i != _end; ++i )
{
d_host->fetch( i, e );
e.setHigher();
e.setLower();
bool ok = false;
const Dimension dim = d_host->getDimCount();
for( Dimension d = 0; d < dim; d++ )
{
if( e.d_point[ d ]->getSystem() == d_sys )
{
e.setHigher( false );
e.setLower( false );
ok = true;
break;
}
}
if( d_showGhosts )
ok = true;
if( ok )
res.insert( e );
}
ElementSet::const_iterator j;
for( j = res.begin(); j != res.end(); ++j )
d_res.insert( (*j) );
}
SpinSpace::Update m( this, SpinSpace::Update::All );
notifyObservers( m );
}
void RangeFilterSpace::refill()
{
d_res.clear();
ElementSet res;
const Dimension dim = d_host->getDimCount();
if( d_dim >= DimX && d_dim < dim )
{
SpinSpace::Iterator i, _end = d_host->end();
SpinSpace::Element e;
PpmRange inner( d_orig + d_width * 0.5, d_orig - d_width * 0.5 );
PpmRange outer = inner;
if( d_showGhosts && d_planes > 0.0 )
outer.expand( d_planes - d_width );
bool ok;
bool ghost;
PPM shift;
Dimension d;
for( i = d_host->begin(); i != _end; ++i )
{
d_host->fetch( i, e );
shift = e.d_point[ d_dim ]->getShift( d_host->getSpec() );
e.setHigher();
e.setLower();
ghost = true;
if( inner.contains( shift ) )
{
ok = true;
ghost = false;
}else if( d_showGhosts && outer.contains( shift ) )
{
if( shift > inner.first )
e.setLower( false );
if( shift < inner.second )
e.setHigher( false );
ok = true;
}else
ok = false;
if( d_sys && ok )
{
ok = false;
for( d = 0; d < dim; d++ )
{
if( e.d_point[ d ]->getSystem() == d_sys )
{
e.setHigher( false );
e.setLower( false );
ok = true;
break;
}
}
if( d_showGhosts )
ok = true;
}else if( ok && !ghost )
{
e.setHigher( false );
e.setLower( false );
}
if( ok )
res.insert( e );
}
}
ElementSet::const_iterator j;
for( j = res.begin(); j != res.end(); ++j )
d_res.insert( (*j) );
SpinSpace::Update m( this, SpinSpace::Update::All );
notifyObservers( m );
}