Ejemplos de SamRecord::getIntegerTag en C++ (Cpp)

Ejemplo n.º 1

Archivo: Revert.cpp Proyecto: rtchen/gotcloud

bool Revert::updateCigar(SamRecord& samRecord)
{
    // Get the OC tag, which is a string.
    const String* oldCigar = samRecord.getStringTag(SamTags::ORIG_CIGAR_TAG);
    // Get the OP tag, which is an integer.
    int* oldPos = samRecord.getIntegerTag(SamTags::ORIG_POS_TAG);

    bool status = true;
    if(oldCigar != NULL)
    {
        // The old cigar was found, so set it in the record.
        status &= samRecord.setCigar((*oldCigar).c_str());

        if(!myKeepTags)
        {
            // Remove the tag.
            status &= samRecord.rmTag(SamTags::ORIG_CIGAR_TAG, SamTags::ORIG_CIGAR_TAG_TYPE);
        }
    }
    if(oldPos != NULL)
    {
        // The old position was found, so set it in the record.
        status &= samRecord.set1BasedPosition(*oldPos);

        if(!myKeepTags)
        {
            // Remove the tag.
            status &= samRecord.rmTag(SamTags::ORIG_POS_TAG, SamTags::ORIG_POS_TAG_TYPE);
        }
    }

    return(status);
}