Ejemplos de SamRecord::setMapQuality en C++ (Cpp)

Ejemplo n.º 1

Archivo: SamFilter.cpp Proyecto: Griffan/FASTQuick

void SamFilter::filterRead(SamRecord& record)
{
    // Filter the read by marking it as unmapped.
    uint16_t flag = record.getFlag(); 
    SamFlag::setUnmapped(flag);
    // Clear N/A flags.
    flag &= ~SamFlag::PROPER_PAIR;
    flag &= ~SamFlag::SECONDARY_ALIGNMENT;
    flag &= ~SamFlag::SUPPLEMENTARY_ALIGNMENT;
    record.setFlag(flag);
    // Clear Cigar
    record.setCigar("*");
    // Clear mapping quality
    record.setMapQuality(0);
}